[日本語] English
万見
- EMDB-22365: Structure of GABAA receptor inside synapse -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22365
タイトルStructure of GABAA receptor inside synapse
マップデータGABAA receptor inside synapse
試料
  • 複合体: gamma-aminobutyric acid receptor
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Liu YT / Tao CL / Zhang X / Xia W / Shi DQ / Qi L / Xu C / Sun R / Li XW / Lau PM ...Liu YT / Tao CL / Zhang X / Xia W / Shi DQ / Qi L / Xu C / Sun R / Li XW / Lau PM / Zhou ZH / Bi GQ
資金援助 中国, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31630030 中国
National Science Foundation (NSF, United States)GM071940 米国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0505300 中国
引用ジャーナル: Nat Neurosci / 年: 2020
タイトル: Mesophasic organization of GABA receptors in hippocampal inhibitory synapses.
著者: Yun-Tao Liu / Chang-Lu Tao / Xiaokang Zhang / Wenjun Xia / Dong-Qing Shi / Lei Qi / Cheng Xu / Rong Sun / Xiao-Wei Li / Pak-Ming Lau / Z Hong Zhou / Guo-Qiang Bi /
要旨: Information processing in the brain depends on specialized organization of neurotransmitter receptors and scaffolding proteins within the postsynaptic density. However, how these molecules are ...Information processing in the brain depends on specialized organization of neurotransmitter receptors and scaffolding proteins within the postsynaptic density. However, how these molecules are organized in situ remains largely unknown. In this study, template-free classification of oversampled sub-tomograms was used to analyze cryo-electron tomograms of hippocampal synapses. We identified type-A GABA receptors (GABARs) in inhibitory synapses and determined their in situ structure at 19-Å resolution. These receptors are organized hierarchically: from GABAR super-complexes with a preferred inter-receptor distance of 11 nm but variable relative angles, through semi-ordered, two-dimensional receptor networks with reduced Voronoi entropy, to mesophasic assembly with a sharp phase boundary. These assemblies likely form via interactions among postsynaptic scaffolding proteins and receptors and align with putative presynaptic vesicle release sites. Such mesophasic self-organization might allow synapses to achieve a 'Goldilocks' state, striking a balance between stability and flexibility and enabling plasticity in information processing.
履歴
登録2020年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2020年12月9日-
現状2020年12月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22365.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22365.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GABAA receptor inside synapse
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.35 Å/pix.
x 64 pix.
= 278.4 Å		4.35 Å/pix.
x 64 pix.
= 278.4 Å		4.35 Å/pix.
x 64 pix.
= 278.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0005 / ムービー #1: 0.0005
最小 - 最大-0.0030204917 - 0.0026686105
平均 (標準偏差)0.00001078810 (±0.00041162316)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 278.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.354.354.35
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z278.400278.400278.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.0030.0030.000

-
添付データ

-
ハーフマップ: GABAA receptor inside synapse

ファイルemd_22365_half_map_1.map
注釈GABAA receptor inside synapse
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: GABAA receptor inside synapse

ファイルemd_22365_half_map_2.map
注釈GABAA receptor inside synapse
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : gamma-aminobutyric acid receptor

全体名称: gamma-aminobutyric acid receptor
要素
  • 複合体: gamma-aminobutyric acid receptor

-
超分子 #1: gamma-aminobutyric acid receptor

超分子名称: gamma-aminobutyric acid receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: brain / 組織: hippocampus / 細胞中の位置: synaptic membrane
分子量理論値: 250 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.3
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample is cultured hippocampal neurons.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
詳細: Tilt series were collected first from 0 to -60 and then from +2 to +60 at 2 intervals using FEI Xplore 3D software, with the defocus value set at -12 to -18 um, and the total electron dosage ...詳細: Tilt series were collected first from 0 to -60 and then from +2 to +60 at 2 intervals using FEI Xplore 3D software, with the defocus value set at -12 to -18 um, and the total electron dosage of about 100 e-/A2. The final pixel size was 0.755 nm. For the analysis of GABAARs, cryoET data were collected using a Titan Krios (Thermo Fisher) equipped with a Volta phase plate (VPP), a post-column energy filter (Gatan image filter), and a K2 Summit direct electron detector (Gatan). The energy filter slit was set at 20 eV. The Titan Krios was operated at an acceleration voltage of 300 KV. When VPP was used, the defocus value was maintained at -1 um; otherwise, it was maintained at -4 um. The VPP was conditioned by pre-irradiation for 60 s to achieve an initial phase shift of about 0.3pi. Images were collected by the K2 camera in counting mode or super-resolution mode. When counting mode was used, the pixel size was 0.435 nm. For super-resolution mode image, the final pixel size was 0.265 nm. Tilt series were acquired using SerialEM49 with two tilt schemes: from +48 to -60 and from +50 to +66 at an interval of 2; from +48 to -60 and from +51 to +66 at an interval of 3. The total accumulated dose is ~150 e-/A2. For sub-tomogram analysis, 6 grids were used for data collection. Totally, 32 and 40 inhibitory synapses were imaged with and without VPP, respectively.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 9706
抽出トモグラム数: 70 / 使用した粒子像数: 307091 / ソフトウェア - 名称: IMOD
CTF補正ソフトウェア - 名称: NOVACTF
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る