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万見
- EMDB-11312: Structure of the Shigella MxiH needle filament attached to the ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11312
タイトルStructure of the Shigella MxiH needle filament attached to the basal body
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Needle filament of the type III secretion system
    • タンパク質・ペプチド: Protein MxiH
キーワードType 3 secretion system / Shigella / Helical reconstruction / Needle filament. / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Lunelli M / Kotov V
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)311374 ドイツ
European Commission653706 ドイツ
引用ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2021
タイトル: Helical reconstruction of and needle filaments attached to type 3 basal bodies.
著者: Vadim Kotov / Michele Lunelli / Jiri Wald / Michael Kolbe / Thomas C Marlovits /
要旨: Gram-negative pathogens evolved a syringe-like nanomachine, termed type 3 secretion system, to deliver protein effectors into the cytoplasm of host cells. An essential component of this system is a ...Gram-negative pathogens evolved a syringe-like nanomachine, termed type 3 secretion system, to deliver protein effectors into the cytoplasm of host cells. An essential component of this system is a long helical needle filament that protrudes from the bacterial surface and connects the cytoplasms of the bacterium and the eukaryotic cell. Previous structural research was predominantly focused on reconstituted type 3 needle filaments, which lacked the biological context. In this work we introduce a facile procedure to obtain high-resolution cryo-EM structure of needle filaments attached to the basal body of type 3 secretion systems. We validate our approach by solving the structure of PrgI filament and demonstrate its utility by obtaining the first high-resolution cryo-EM reconstruction of Shigella MxiH filament. Our work paves the way to systematic structural characterization of attached type 3 needle filaments in the context of mutagenesis studies, protein structural evolution and drug development.
履歴
登録2020年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zni
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zni
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11312.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11312.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 300 pix.
= 415.107 Å		1.38 Å/pix.
x 300 pix.
= 415.107 Å		1.38 Å/pix.
x 300 pix.
= 415.107 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38369 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.22955813 - 0.44250318
平均 (標準偏差)0.00052550255 (±0.01636469)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 415.107 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.383691.383691.38369
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z415.107415.107415.107
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.2300.4430.001

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11312_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11312_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Needle filament of the type III secretion system

全体名称: Needle filament of the type III secretion system
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Needle filament of the type III secretion system
    • タンパク質・ペプチド: Protein MxiH

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超分子 #1: Needle filament of the type III secretion system

超分子名称: Needle filament of the type III secretion system / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Structure obtained from needles attached to the basal body
由来(天然)生物種: Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌)

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分子 #1: Protein MxiH

分子名称: Protein MxiH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 23 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 11.060279 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌)
配列文字列:
MASWSHPQFE KIEGRMSVTV PNDDWTLSSL SETFDDGTQT LQGELTLALD KLAKNPSNPQ LLAEYQSKLS EYTLYRNAQS NTVKVIKDV DAAIIQNFR

UniProtKB: Type 3 secretion system needle filament protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
100.0 mMSodium chlorideNaCl
5.0 mMEDTA
0.02 %DDM
25.0 mMbiotin
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5238 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.322 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 64.3 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 19348
Segment selection選択した数: 101369
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2mme


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6zni:
Structure of the Shigella MxiH needle filament attached to the basal body

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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