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- PDB-6sjj: A new modulated crystal structure of ANS complex of St John's wor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sjj
タイトルA new modulated crystal structure of ANS complex of St John's wort Hyp-1 protein with 36 protein molecules in the asymmetric unit of the supercell
要素PR-10 protein
キーワードPLANT PROTEIN / PLANT HORMONE BINDING / PHYTOHORMONE BINDING / CYTOKININ / PLANT DEFENSE / PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN / PR-10 PROTEIN / HYPERICIN / DEPRESSION / PR-10 FOLD / HYDROPHOBIC CAVITY / GLYCINE-RICH LOOP / ANS DISPLACEMENT ASSAY (ADA) / COMMENSURATELY MODULATED SUPERSTRUCTURE / TETARTOHEDRAL TWINNING
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / CITRATE ANION / PR-10 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hypericum perforatum (セイヨウオトギリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Smietanska, J. / Sliwiak, J. / Gilski, M. / Dauter, Z. / Strzalka, R. / Wolny, J. / Jaskolski, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: A new modulated crystal structure of the ANS complex of the St John's wort Hyp-1 protein with 36 protein molecules in the asymmetric unit of the supercell.
著者: Smietanska, J. / Sliwiak, J. / Gilski, M. / Dauter, Z. / Strzalka, R. / Wolny, J. / Jaskolski, M.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PR-10 protein
A: PR-10 protein
R: PR-10 protein
Q: PR-10 protein
P: PR-10 protein
O: PR-10 protein
N: PR-10 protein
M: PR-10 protein
L: PR-10 protein
K: PR-10 protein
J: PR-10 protein
I: PR-10 protein
H: PR-10 protein
G: PR-10 protein
F: PR-10 protein
E: PR-10 protein
D: PR-10 protein
C: PR-10 protein
f: PR-10 protein
e: PR-10 protein
d: PR-10 protein
c: PR-10 protein
b: PR-10 protein
a: PR-10 protein
Z: PR-10 protein
Y: PR-10 protein
X: PR-10 protein
W: PR-10 protein
V: PR-10 protein
U: PR-10 protein
T: PR-10 protein
S: PR-10 protein
j: PR-10 protein
i: PR-10 protein
h: PR-10 protein
g: PR-10 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)709,450214
ポリマ－659,69636
非ポリマー49,754178
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area122800 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area271170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.850, 145.850, 385.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 36分子 BARQPONMLKJIHGFEDCfedcbaZYXWVU...

#1: タンパク質 ...
PR-10 protein


分子量: 18324.898 Da / 分子数: 36 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hypericum perforatum (セイヨウオトギリ)
遺伝子: PR10.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A160HRF0

-
非ポリマー , 6種, 330分子

#2: 化合物...
ChemComp-2AN / 8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / 8-アニリノ-1-ナフタレンスルホン酸


分子量: 299.344 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES buffer pH 7.5, 1.3 M sodium citrate precipitant pH 6.3, 1:1 protein:reservoir volume ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月12日
放射モノクロメーター: SI(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.241
11K, H, -L20.242
11-K, -H, -L30.233
11h,-k,-l40.284
反射解像度: 2.3→31.58 Å / Num. obs: 127324 / % possible obs: 99.28 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 67.46 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 6.22
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.691 / Num. unique obs: 24778 / CC1/2: 0.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N3E

4n3e


解像度: 2.3→31.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 7.176 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogen atoms were added at riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 3974 1.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.2264 123350 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 322.63 Å2 / Biso mean: 67.461 Å2 / Biso min: 16.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.22 Å2-0 Å2-10.81 Å2
2--6.51 Å20 Å2
3---19.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→31.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44726 0 3465 152 48343
Biso mean--67.44 46.63 -
残基数----5777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01549551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01743786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8371.76767452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0861.693101409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.54255741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.324.0782082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.806157547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.52515102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.26113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0254912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.0210938
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.356 Å / Rfactor Rfree error: 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.18 24778 -
obs--94.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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