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万見
- EMDB-11194: COPII on membranes, outer coat vertex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11194
タイトルCOPII on membranes, outer coat vertex
マップデータCOPII on membranes - outer coat vertex
試料
  • 複合体: COPII coat assembled on lipid bilayer
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC31
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC13
  • リガンド: water
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SECRETION / TRAFFICKING
機能・相同性
機能・相同性情報


Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / COPII-coated vesicle cargo loading / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat ...Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / COPII-coated vesicle cargo loading / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / mating projection tip / SUMOylation of RNA binding proteins / endoplasmic reticulum organization / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / vacuolar membrane / endoplasmic reticulum exit site / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / ERAD pathway / positive regulation of TORC1 signaling / cell periphery / protein import into nucleus / protein transport / nuclear envelope / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Protein transport protein SEC31 / Protein transport protein SEC31 / Protein transport protein SEC31-like / SRA1/Sec31 / Steroid receptor RNA activator (SRA1) / Ancestral coatomer element 1, Sec16/Sec31 / Sec23-binding domain of Sec16 / Sec13/Seh1 family / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. ...Protein transport protein SEC31 / Protein transport protein SEC31 / Protein transport protein SEC31-like / SRA1/Sec31 / Steroid receptor RNA activator (SRA1) / Ancestral coatomer element 1, Sec16/Sec31 / Sec23-binding domain of Sec16 / Sec13/Seh1 family / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein SEC31 / Protein transport protein SEC13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Zanetti G / Hutchings J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T002670/1 英国
European Research Council (ERC)852915 CRYTOCOP 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of the complete, membrane-assembled COPII coat reveals a complex interaction network.
著者: Joshua Hutchings / Viktoriya G Stancheva / Nick R Brown / Alan C M Cheung / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti /
要旨: COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat ...COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat assembly and cargo recruitment, and the outer coat forming cages assumed to scaffold membrane curvature. Here we visualise the complete, membrane-assembled COPII coat by cryo-electron tomography and subtomogram averaging, revealing the full network of interactions within and between coat layers. We demonstrate the physiological importance of these interactions using genetic and biochemical approaches. Mutagenesis reveals that the inner coat alone can provide membrane remodelling function, with organisational input from the outer coat. These functional roles for the inner and outer coats significantly move away from the current paradigm, which posits membrane curvature derives primarily from the outer coat. We suggest these interactions collectively contribute to coat organisation and membrane curvature, providing a structural framework to understand regulatory mechanisms of COPII trafficking and secretion.
履歴
登録2020年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月17日-
マップ公開2021年2月17日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zg6
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zg6
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11194.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈COPII on membranes - outer coat vertex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.66 Å/pix.
x 128 pix.
= 340.48 Å		2.66 Å/pix.
x 128 pix.
= 340.48 Å		2.66 Å/pix.
x 128 pix.
= 340.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.3 / ムービー #1: 2.3
最小 - 最大-4.0945144 - 10.996238999999999
平均 (標準偏差)0.000000000619141 (±1.1350511)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 340.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.662.662.66
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z340.480340.480340.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ120120120
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-4.09510.9960.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11194_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11194_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11194_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : COPII coat assembled on lipid bilayer

全体名称: COPII coat assembled on lipid bilayer
要素
  • 複合体: COPII coat assembled on lipid bilayer
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC31
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC13
  • リガンド: water

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超分子 #1: COPII coat assembled on lipid bilayer

超分子名称: COPII coat assembled on lipid bilayer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

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分子 #1: Protein transport protein SEC31

分子名称: Protein transport protein SEC31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 138.833422 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVKLAEFSRT ATFAWSHDKI PLLVSGTVSG TVDANFSTDS SLELWSLLAA DSEKPIASLQ VDSKFNDLDW SHNNKIIAGA LDNGSLELY STNEANNAIN SMARFSNHSS SVKTVKFNAK QDNVLASGGN NGEIFIWDMN KCTESPSNYT PLTPGQSMSS V DEVISLAW ...文字列:
MVKLAEFSRT ATFAWSHDKI PLLVSGTVSG TVDANFSTDS SLELWSLLAA DSEKPIASLQ VDSKFNDLDW SHNNKIIAGA LDNGSLELY STNEANNAIN SMARFSNHSS SVKTVKFNAK QDNVLASGGN NGEIFIWDMN KCTESPSNYT PLTPGQSMSS V DEVISLAW NQSLAHVFAS AGSSNFASIW DLKAKKEVIH LSYTSPNSGI KQQLSVVEWH PKNSTRVATA TGSDNDPSIL IW DLRNANT PLQTLNQGHQ KGILSLDWCH QDEHLLLSSG RDNTVLLWNP ESAEQLSQFP ARGNWCFKTK FAPEAPDLFA CAS FDNKIE VQTLQNLTNT LDEQETETKQ QESETDFWNN VSREESKEKP SVFHLQAPTW YGEPSPAAHW AFGGKLVQIT PDGK GVSIT NPKISGLESN TTLSEALKTK DFKPLINQRL VKVIDDVNEE DWNLLEKLSM DGTEEFLKEA LAFDNDESDA QDDAN NEKE DDGEEFFQQI ETNFQPEGDF SLSGNIEQTI SKNLVSGNIK SAVKNSLEND LLMEAMVIAL DSNNERLKES VKNAYF AKY GSKSSLSRIL YSISKREVDD LVENLDVSQW KFISKAIQNL YPNDIAQRNE MLIKLGDRLK ENGHRQDSLT LYLAAGS LD KVASIWLSEF PDLEDKLKKD NKTIYEAHSE CLTEFIERFT VFSNFINGSS TINNEQLIAK FLEFINLTTS TGNFELAT E FLNSLPSDNE EVKTEKARVL IASGKSLPAQ NPATATTSKA KYTNAKTNKN VPVLPTPGMP STTSIPSMQA PFYGMTPGA SANALPPKPY VPATTTSAPV HTEGKYAPPS QPSMASPFVN KTNSSTRLNS FAPPPNPYAT ATVPATNVST TSIPQNTFAP IQPGMPIMG DYNAQSSSIP SQPPINAVSG QTPHLNRKAN DGWNDLPLKV KEKPSRAKAV SVAPPNILST PTPLNGIPAN A ASTMPPPP LSRAPSSVSM VSPPPLHKNS RVPSLVATSE SPRASISNPY APPQSSQQFP IGTISTANQT SNTAQVASSN PY APPPQQR VATPLSGGVP PAPLPKASNP YAPTATTQPN GSSYPPTGPY TNNHTMTSPP PVFNKPPTGP PPISMKKRSN KLA SIEQNP SQGATYPPTL SSSASPLQPS QPPTLASQVN TSAENVSHEI PADQQPIVDF LKEELARVTP LTPKEYSKQL KDCD KRLKI LFYHLEKQDL LTQPTIDCLH DLVALMKEKK YKEAMVIHAN IATNHAQEGG NWLTGVKRLI GIAEATLN

UniProtKB: Protein transport protein SEC31

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分子 #2: Protein transport protein SEC13

分子名称: Protein transport protein SEC13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 33.082965 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVVIANAHNE LIHDAVLDYY GKRLATCSSD KTIKIFEVEG ETHKLIDTLT GHEGPVWRVD WAHPKFGTIL ASCSYDGKVL IWKEENGRW SQIAVHAVHS ASVNSVQWAP HEYGPLLLVA SSDGKVSVVE FKENGTTSPI IIDAHAIGVN SASWAPATIE E DGEHNGTK ...文字列:
MVVIANAHNE LIHDAVLDYY GKRLATCSSD KTIKIFEVEG ETHKLIDTLT GHEGPVWRVD WAHPKFGTIL ASCSYDGKVL IWKEENGRW SQIAVHAVHS ASVNSVQWAP HEYGPLLLVA SSDGKVSVVE FKENGTTSPI IIDAHAIGVN SASWAPATIE E DGEHNGTK ESRKFVTGGA DNLVKIWKYN SDAQTYVLES TLEGHSDWVR DVAWSPTVLL RSYLASVSQD RTCIIWTQDN EQ GPWKKTL LKEEKFPDVL WRASWSLSGN VLALSGGDNK VTLWKENLEG KWEPAGEVHQ

UniProtKB: Protein transport protein SEC13

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 424 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
グリッド詳細: C-FLAT GRIDS
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 3.5 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 3.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 14099
抽出トモグラム数: 149 / 使用した粒子像数: 150000
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: Dynamo
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2pm6


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6zg6:
COPII on membranes, outer coat vertex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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