+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10954 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Condensin complex from S.cerevisiae ATP-free apo bridged state: overall map | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lee B-G / Cawood C / Gutierrez-Escribano P / Nakane T / Merkel F / Hassler M / Haering CH / Aragon L / Lowe J | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structures of holo condensin reveal a subunit flip-flop mechanism. 著者: Byung-Gil Lee / Fabian Merkel / Matteo Allegretti / Markus Hassler / Christopher Cawood / Léa Lecomte / Francis J O'Reilly / Ludwig R Sinn / Pilar Gutierrez-Escribano / Marc Kschonsak / Sol ...著者: Byung-Gil Lee / Fabian Merkel / Matteo Allegretti / Markus Hassler / Christopher Cawood / Léa Lecomte / Francis J O'Reilly / Ludwig R Sinn / Pilar Gutierrez-Escribano / Marc Kschonsak / Sol Bravo / Takanori Nakane / Juri Rappsilber / Luis Aragon / Martin Beck / Jan Löwe / Christian H Haering / 要旨: Complexes containing a pair of structural maintenance of chromosomes (SMC) family proteins are fundamental for the three-dimensional (3D) organization of genomes in all domains of life. The ...Complexes containing a pair of structural maintenance of chromosomes (SMC) family proteins are fundamental for the three-dimensional (3D) organization of genomes in all domains of life. The eukaryotic SMC complexes cohesin and condensin are thought to fold interphase and mitotic chromosomes, respectively, into large loop domains, although the underlying molecular mechanisms have remained unknown. We used cryo-EM to investigate the nucleotide-driven reaction cycle of condensin from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Our structures of the five-subunit condensin holo complex at different functional stages suggest that ATP binding induces the transition of the SMC coiled coils from a folded-rod conformation into a more open architecture. ATP binding simultaneously triggers the exchange of the two HEAT-repeat subunits bound to the SMC ATPase head domains. We propose that these steps result in the interconversion of DNA-binding sites in the catalytic core of condensin, forming the basis of the DNA translocation and loop-extrusion activities. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10954.map.gz | 186.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10954-v30.xml emd-10954.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10954.png | 47.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10954 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10954 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10954_validation.pdf.gz | 247.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10954_full_validation.pdf.gz | 246.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10954_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10954 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10954 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10954.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Condensin
全体 | 名称: Condensin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Condensin
超分子 | 名称: Condensin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: complex of 5 protein subunits: Smc2; Smc4; Brn1; Ycs4; Ycg1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 500 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 名称: Tris |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10000 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |