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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10858 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Tetrahymena thermophila mitochondrial ATP synthase - central stalk/cring | ||||||||||||
マップデータ | Local-resolution filtered full map of T. thermophila ATP synthase central stalk/c-ring | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | mitochondria (ミトコンドリア) / ATP synthase (ATP合成酵素) / central stalk / c-ring (土星の環) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / hydrolase activity / lipid binding / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kock Flygaard R / Muhleip A | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Type III ATP synthase is a symmetry-deviated dimer that induces membrane curvature through tetramerization. 著者: Rasmus Kock Flygaard / Alexander Mühleip / Victor Tobiasson / Alexey Amunts / 要旨: Mitochondrial ATP synthases form functional homodimers to induce cristae curvature that is a universal property of mitochondria. To expand on the understanding of this fundamental phenomenon, we ...Mitochondrial ATP synthases form functional homodimers to induce cristae curvature that is a universal property of mitochondria. To expand on the understanding of this fundamental phenomenon, we characterized the unique type III mitochondrial ATP synthase in its dimeric and tetrameric form. The cryo-EM structure of a ciliate ATP synthase dimer reveals an unusual U-shaped assembly of 81 proteins, including a substoichiometrically bound ATPTT2, 40 lipids, and co-factors NAD and CoQ. A single copy of subunit ATPTT2 functions as a membrane anchor for the dimeric inhibitor IF. Type III specific linker proteins stably tie the ATP synthase monomers in parallel to each other. The intricate dimer architecture is scaffolded by an extended subunit-a that provides a template for both intra- and inter-dimer interactions. The latter results in the formation of tetramer assemblies, the membrane part of which we determined to 3.1 Å resolution. The structure of the type III ATP synthase tetramer and its associated lipids suggests that it is the intact unit propagating the membrane curvature. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10858.map.gz | 472.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10858-v30.xml emd-10858.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10858_fsc.xml | 21.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10858.png | 37.3 KB | ||
マスクデータ | emd_10858_msk_1.map | 824 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10858.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_10858_half_map_1.map.gz emd_10858_half_map_2.map.gz | 671.4 MB 672.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10858 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10858 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local-resolution filtered full map of T. thermophila ATP synthase central stalk/c-ring | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10858_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_10858_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_10858_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mitochondrial ATP synthase, central stalk/c-ring
全体 | 名称: Mitochondrial ATP synthase, central stalk/c-ring |
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要素 |
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-超分子 #1: Mitochondrial ATP synthase, central stalk/c-ring
超分子 | 名称: Mitochondrial ATP synthase, central stalk/c-ring / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
-分子 #1: subunit c
分子 | 名称: subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 3.6.1.34 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 8.083702 KDa |
配列 | 文字列: MLLVKAVKVL VMGGCMLPIA FGALGTGVLF AGFNVALSRN PEETESLFNN TLMGFALIET FIFMSIGLGF FVLFAA UniProtKB: ATP synthase F0 subunit 9 |
-分子 #2: subunit gamma
分子 | 名称: subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 32.915152 KDa |
配列 | 文字列: MFGLASKGFI NTSLVMVPQM NFGANLKQLK IRMKAIGSIK KITKAMKMVA ASKMKAETSR LENGRNFAVG SVQKMLENES YVQKKKSTT APKSTLLVPI TSDKGLCGSV NSSIVREVKR LALNNRSAFG LLPVGEKGSS GLSRPFPDLL KSSIVNIQNV N FPTAAAIA ...文字列: MFGLASKGFI NTSLVMVPQM NFGANLKQLK IRMKAIGSIK KITKAMKMVA ASKMKAETSR LENGRNFAVG SVQKMLENES YVQKKKSTT APKSTLLVPI TSDKGLCGSV NSSIVREVKR LALNNRSAFG LLPVGEKGSS GLSRPFPDLL KSSIVNIQNV N FPTAAAIA HQVSTQGAGY DQVTLIYNHF KNAISYVVKH QELLPRAQFL NLFKYVTRHE AVEPELEYSK NYFFELYMAS SV YNALLNS SASEQASRMN AMENASKNAG EILSKLTLDY NKARQAKITM ELIEIISGAS IV UniProtKB: ATP synthase subunit gamma |
-分子 #3: subunit delta
分子 | 名称: subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 17.892537 KDa |
配列 | 文字列: MFTRFVTQPT LLTQTQRALF SALTKKQKME VTLRTPYKEY LANFDGFSRI TAKTNEASLV IQNKTPASLY VLPPGPLKIR FTSEVKNVS GDFLHTGGWV IVHADNTCEI NVMDLFDRKE VRADQFEKGN IQDLDTLAGK YAAKSRKSTV RLFTKATTQ UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #4: subunit epsilon
分子 | 名称: subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 7.986336 KDa |
配列 | 文字列: MCIEFAFKKA GIPIVRNFLH STEGVIYGLP QRVQRNLAIN YTVKQYKEGK AVSAKTIKTL QEAFPSKGDT K UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.75 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 165000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.9 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |