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- EMDB-10569: Capsid-neck interface of empty GTA particle, asymmetric reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10569
タイトルCapsid-neck interface of empty GTA particle, asymmetric reconstruction
マップデータcapsid-neck interface of empty GTA particle, asymmetric reconstruction
試料
  • 複合体: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent
    • 複合体: Capsid
      • 複合体: Head spike
        • タンパク質・ペプチド: Head spike base Rcc01079
        • タンパク質・ペプチド: Head spike fiber Rcc01080
      • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein Rcc01687
    • 複合体: Connector
      • タンパク質・ペプチド: Portal protein Rcc01684
      • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein Rcc01688
    • 複合体: Tail
      • タンパク質・ペプチド: Stopper protein Rcc01689
      • タンパク質・ペプチド: Tail terminator protein Rcc01690
機能・相同性Phage capsid / Phage capsid family / : / : / Phage major capsid protein, HK97 family
機能・相同性情報
生物種Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.15 Å
データ登録者Bardy P / Fuzik T / Hrebik D / Pantucek R / Beatty JT / Plevka P
資金援助 チェコ, 7件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (Czech Republic)LQ1601 チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0070 チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LM2011033 チェコ
Czech Science Foundation15-21631Y チェコ
Czech Science Foundation18-17810S チェコ
European Molecular Biology Organization3041 チェコ
Grant Agency of the Czech Republic18-13064S チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of DNA delivery of a gene transfer agent.
著者: Pavol Bárdy / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Roman Pantůček / J Thomas Beatty / Pavel Plevka /
要旨: Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the ...Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the mechanism by which GTAs deliver DNA into cells is unknown. Here we present the structure of the GTA of Rhodobacter capsulatus (RcGTA) and describe the conformational changes required for its DNA ejection. The structure of RcGTA resembles that of a tailed phage, but it has an oblate head shortened in the direction of the tail axis, which limits its packaging capacity to less than 4,500 base pairs of linear double-stranded DNA. The tail channel of RcGTA contains a trimer of proteins that possess features of both tape measure proteins of long-tailed phages from the family Siphoviridae and tail needle proteins of short-tailed phages from the family Podoviridae. The opening of a constriction within the RcGTA baseplate enables the ejection of DNA into bacterial periplasm.
履歴
登録2019年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月22日-
マップ公開2020年7月22日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10569.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈capsid-neck interface of empty GTA particle, asymmetric reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 544.256 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 544.256 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 544.256 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.054859895 - 0.114790924
平均 (標準偏差)0.0011558058 (±0.0072772116)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 544.256 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0631.0631.063
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z544.256544.256544.256
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0550.1150.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent

全体名称: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent
要素
  • 複合体: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent
    • 複合体: Capsid
      • 複合体: Head spike
        • タンパク質・ペプチド: Head spike base Rcc01079
        • タンパク質・ペプチド: Head spike fiber Rcc01080
      • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein Rcc01687
    • 複合体: Connector
      • タンパク質・ペプチド: Portal protein Rcc01684
      • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein Rcc01688
    • 複合体: Tail
      • タンパク質・ペプチド: Stopper protein Rcc01689
      • タンパク質・ペプチド: Tail terminator protein Rcc01690

+
超分子 #1: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent

超分子名称: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: capsid-neck interface of an empty particle
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
分子量理論値: 760 KDa

+
超分子 #2: Capsid

超分子名称: Capsid / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: Oblate T=3 capsid
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)

+
超分子 #3: Head spike

超分子名称: Head spike / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: penton protrusion of the capsid
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)

+
超分子 #4: Connector

超分子名称: Connector / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
詳細: special 5-fold vertex of the capsid, interconnecting capsid to tail
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)

+
超分子 #5: Tail

超分子名称: Tail / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7
詳細: tubular structure interconnecting capsid to baseplate (host-recognition device), partial
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)

+
分子 #1: Major capsid protein Rcc01687

分子名称: Major capsid protein Rcc01687 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
配列文字列: MKTETKARAG TGMPEGADPV AEVKTALAGF LKEVKGFQDD VKTRLQQQEE RVTMLQTKTY AGRHALAAAA TEEAPHQKAF AAYLRTGDDD GLRGLSLEGK ALNSAVAAEG GYLVDPQTSE TIRGVLRSTA SLRQIASVVN VEATSFDVLV DKTDMGSGWA SETAALSETA ...文字列:
MKTETKARAG TGMPEGADPV AEVKTALAGF LKEVKGFQDD VKTRLQQQEE RVTMLQTKTY AGRHALAAAA TEEAPHQKAF AAYLRTGDDD GLRGLSLEGK ALNSAVAAEG GYLVDPQTSE TIRGVLRSTA SLRQIASVVN VEATSFDVLV DKTDMGSGWA SETAALSETA TPQIDRITIP LHELAAMPKA SQRLLDDSAF DIETWLANRI ADKFARAEAA AFISGDGVDK PTGFLTKTKV ANGAWAWGSL GYVATGAAGD FAAVNASDAV VDLVYALGAE YRANASFVMN SKTAGAVRKM KDADGRFLWA DSLAAGEPAR LMGYPVLIAE DMPDIAANAY AIAFGDFGNG YTIAERPDLR VLRDPFSAKP HVLFYASKRV GGDVSDFAAI KLLKFAAS

+
分子 #2: Head spike base Rcc01079

分子名称: Head spike base Rcc01079 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
配列文字列:
MDVFAKHAVS LESPAVRHYE ITPSDSTDLA RRPRALRVQT GGTLVLRDET GITVTYTVFA GEILPVRPVR VLATGTTATA VGWE

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分子 #3: Head spike fiber Rcc01080

分子名称: Head spike fiber Rcc01080 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
配列文字列: MIALGLGLGL AANGGPALRR YAVNGVAPVA VLDFERHFLS HPLALTRATS ATYADALRAV QTAPADTPRY DYSTGKRALL LEASATNLLP NSAQFEAASW GKTRASVLAN AALAPNGTMT ADKLVEDTSN NSHFVARTGT QIAAGTSVTA SIFVKAAERR WFALVTADSA ...文字列:
MIALGLGLGL AANGGPALRR YAVNGVAPVA VLDFERHFLS HPLALTRATS ATYADALRAV QTAPADTPRY DYSTGKRALL LEASATNLLP NSAQFEAASW GKTRASVLAN AALAPNGTMT ADKLVEDTSN NSHFVARTGT QIAAGTSVTA SIFVKAAERR WFALVTADSA NAFRTTYFDL QTGTLGVVSQ GAAGHVAQIV AAGNGWYRCS VTQTQAASGN FNFYPSVASA NGATSYPGDG ASGLYLWGAQ LEAGAAVSSV IPTEAAAVTR AADLASVAVA AGSYDLRRVD AAGTAVTKGV AHPGGALTIG AGSLYLLSLF PAGAL

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分子 #4: Portal protein Rcc01684

分子名称: Portal protein Rcc01684 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
配列文字列: MGLNFFRKAA PEVRTEPVAE RKASVTGRIV AMASGAGRPV WGPRDTVSLM RTGFAGNPVG FRSVKLIAEA TAAVPLICQD AERRYEIHP VLDLLRRPNA GQGRAELFEA LIGQILLSGN GYLEAVCPEP GVPRELHVLR SDRMAVVPGA DGWPVGYDYT V GGRKHRFD ...文字列:
MGLNFFRKAA PEVRTEPVAE RKASVTGRIV AMASGAGRPV WGPRDTVSLM RTGFAGNPVG FRSVKLIAEA TAAVPLICQD AERRYEIHP VLDLLRRPNA GQGRAELFEA LIGQILLSGN GYLEAVCPEP GVPRELHVLR SDRMAVVPGA DGWPVGYDYT V GGRKHRFD MTGHPDPICH IKSFHPTDDH YGLSPMQAAA VALDVHNAAS AWSKALLDNA ARPSGAIIYK GADGQGVLAP EQ YERLIFE METHHQGARN AGRPMLLEGG LDWKPMGFSP SDMEFHETKA AAAREIALAF GVPPMLIGIP GDATYANYAE ANR AFYRLT VLPLLTRVSA ALAWWLSGYL GAQIELKPDL DQVPALAVER DQLWARIGAA GFLSNSEKRV LLGLPPTAEG

+
分子 #5: Adaptor protein Rcc01688

分子名称: Adaptor protein Rcc01688 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
配列文字列: MMLNEVTAVP GTALPVAEFR DHLRLGTGFA DLGAEDAALL SYLRAAIAAI EGRTAKALIS RGFRLALTAW RWGDMQTLPI APVATVTALR LVDAAGVETP VAAGWRLVPD MARPRIEALG AMLPMIPTGG RVEIDFTAGF GASWSALPVD LAQAVFLLAA QYYELRHDGA ...文字列:
MMLNEVTAVP GTALPVAEFR DHLRLGTGFA DLGAEDAALL SYLRAAIAAI EGRTAKALIS RGFRLALTAW RWGDMQTLPI APVATVTALR LVDAAGVETP VAAGWRLVPD MARPRIEALG AMLPMIPTGG RVEIDFTAGF GASWSALPVD LAQAVFLLAA QYYELRHDGA AEGGAMPFGV MALIERWRTV RVLGGRP

+
分子 #6: Stopper protein Rcc01689

分子名称: Stopper protein Rcc01689 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
配列文字列:
MSRPRLNRLL VLEEAVRVAD GAGGHRLDWQ AKGEVWAEVT AGSGSERAGE FVTLASVPFT IVVRAAPVGA ARRPRPEQRF REGARIFRI LAVAERDREG HYLSCFAREE VVA

+
分子 #7: Tail terminator protein Rcc01690

分子名称: Tail terminator protein Rcc01690 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
配列文字列:
MSYAVAGALQ AAVYQQLRAD AVLAALVGTA VYDAVPPGPL AGTYVSLGPE DVADASDKTG AGAVHDFVIS VITDAAGFAT AKAAAAAVS DALVGADLVL SRGRLVGLWF LRAKARRVEK ADMRRIDLVF RARVEG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris
1.0 mMNaCl
1.0 mMMgCl2
1.0 mMCaCl2
0.01 mg/mlBovine serum albumin
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3114 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 42.75 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 47071
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: stochastic gradient descent in RELION 2.1 de novo
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: relion_align_symmetry was used to shift map mass roughly into rotation center
使用した粒子像数: 28934
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 詳細: best class was selected for skip_align refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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