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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10541 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Neck of empty GTA particle computed with C12 symmetry | ||||||||||||||||||||||||
![]() | neck of empty GTA particle, C12 symmetry region | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | "adaptor" / "connector" / "neck" / "portal" / VIRUS | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Phage conserved hypothetical protein / Phage portal protein, HK97 / Bacteriophage/Gene transfer agent portal protein / Phage portal protein / Phage portal protein, HK97 family / Gene transfer agent protein![]() | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Bardy P / Fuzik T | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of DNA delivery of a gene transfer agent. 著者: Pavol Bárdy / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Roman Pantůček / J Thomas Beatty / Pavel Plevka / ![]() ![]() 要旨: Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the ...Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the mechanism by which GTAs deliver DNA into cells is unknown. Here we present the structure of the GTA of Rhodobacter capsulatus (RcGTA) and describe the conformational changes required for its DNA ejection. The structure of RcGTA resembles that of a tailed phage, but it has an oblate head shortened in the direction of the tail axis, which limits its packaging capacity to less than 4,500 base pairs of linear double-stranded DNA. The tail channel of RcGTA contains a trimer of proteins that possess features of both tape measure proteins of long-tailed phages from the family Siphoviridae and tail needle proteins of short-tailed phages from the family Podoviridae. The opening of a constriction within the RcGTA baseplate enables the ejection of DNA into bacterial periplasm. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 11.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 196.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6to8MC ![]() 6tb9C ![]() 6tbaC ![]() 6te8C ![]() 6te9C ![]() 6teaC ![]() 6tebC ![]() 6tehC ![]() 6toaC ![]() 6tsuC ![]() 6tsvC ![]() 6tswC ![]() 6tuiC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | neck of empty GTA particle, C12 symmetry region | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent connector
全体 | 名称: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent connector |
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要素 |
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-超分子 #1: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent connector
超分子 | 名称: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent connector タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: special 5-fold vertex of the capsid, interconnecting capsid to tail |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 760 KDa |
-分子 #1: Adaptor protein Rcc01688
分子 | 名称: Adaptor protein Rcc01688 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 20.956354 KDa |
配列 | 文字列: MMLNEVTAVP GTALPVAEFR DHLRLGTGFA DLGAEDAALL SYLRAAIAAI EGRTAKALIS RGFRLALTAW RWGDMQTLPI APVATVTAL RLVDAAGVET PVAAGWRLVP DMARPRIEAL GAMLPMIPTG GRVEIDFTAG FGASWSALPV DLAQAVFLLA A QYYELRHD ...文字列: MMLNEVTAVP GTALPVAEFR DHLRLGTGFA DLGAEDAALL SYLRAAIAAI EGRTAKALIS RGFRLALTAW RWGDMQTLPI APVATVTAL RLVDAAGVET PVAAGWRLVP DMARPRIEAL GAMLPMIPTG GRVEIDFTAG FGASWSALPV DLAQAVFLLA A QYYELRHD GAAEGGAMPF GVMALIERWR TVRVLGGRP UniProtKB: Gene transfer agent protein |
-分子 #2: Portal protein Rcc01684
分子 | 名称: Portal protein Rcc01684 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 42.84691 KDa |
配列 | 文字列: MGLNFFRKAA PEVRTEPVAE RKASVTGRIV AMASGAGRPV WGPRDTVSLM RTGFAGNPVG FRSVKLIAEA TAAVPLICQD AERRYEIHP VLDLLRRPNA GQGRAELFEA LIGQILLSGN GYLEAVCPEP GVPRELHVLR SDRMAVVPGA DGWPVGYDYT V GGRKHRFD ...文字列: MGLNFFRKAA PEVRTEPVAE RKASVTGRIV AMASGAGRPV WGPRDTVSLM RTGFAGNPVG FRSVKLIAEA TAAVPLICQD AERRYEIHP VLDLLRRPNA GQGRAELFEA LIGQILLSGN GYLEAVCPEP GVPRELHVLR SDRMAVVPGA DGWPVGYDYT V GGRKHRFD MTGHPDPICH IKSFHPTDDH YGLSPMQAAA VALDVHNAAS AWSKALLDNA ARPSGAIIYK GADGQGVLAP EQ YERLIFE METHHQGARN AGRPMLLEGG LDWKPMGFSP SDMEFHETKA AAAREIALAF GVPPMLIGIP GDATYANYAE ANR AFYRLT VLPLLTRVSA ALAWWLSGYL GAQIELKPDL DQVPALAVER DQLWARIGAA GFLSNSEKRV LLGLPPTAEG UniProtKB: Phage portal protein, HK97 family |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 20 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
詳細: G-buffer, doi: 10.1016/0003-9861(77)90508-2 | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3114 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 42.75 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-6to8: |