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- EMDB-10490: Baseplate of native GTA particle computed with C3 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10490
タイトルBaseplate of native GTA particle computed with C3 symmetry
マップデータbaseplate of native GTA particle, C3 symmetrized
試料
  • 複合体: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent baseplate
    • タンパク質・ペプチド: Putative gene transfer agent protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative gene transfer agent protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative gene transfer agent protein
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワード"baseplate" / "tail" / "oligosaccharide-binding fold" / "hub" / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacteriophage phiJL001, Gp84, N-terminal / GTA TIM-barrel-like domain / Uncharacterized conserved protein (DUF2163) / GTA TIM-barrel-like domain / Protein of unknown function DUF2460 / Conserved hypothetical protein 2217 (DUF2460) / Bacteriophage phiJL001, Gp84 / Bacteriophage phiJL001, Gp84, C-terminal / Phage conserved hypothetical protein BR0599 / Tip attachment protein J ...Bacteriophage phiJL001, Gp84, N-terminal / GTA TIM-barrel-like domain / Uncharacterized conserved protein (DUF2163) / GTA TIM-barrel-like domain / Protein of unknown function DUF2460 / Conserved hypothetical protein 2217 (DUF2460) / Bacteriophage phiJL001, Gp84 / Bacteriophage phiJL001, Gp84, C-terminal / Phage conserved hypothetical protein BR0599 / Tip attachment protein J / Putative phage tail protein / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative gene transfer agent protein / Putative gene transfer agent protein / Putative gene transfer agent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア) / Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Bardy P / Fuzik T
資金援助 チェコ, 7件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (Czech Republic)LQ1601 チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0070 チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LM2011033 チェコ
Czech Science Foundation15-21631Y チェコ
Czech Science Foundation18-17810S チェコ
European Molecular Biology Organization3041 チェコ
Grant Agency of the Czech Republic18-13064S チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of DNA delivery of a gene transfer agent.
著者: Pavol Bárdy / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Roman Pantůček / J Thomas Beatty / Pavel Plevka /
要旨: Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the ...Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the mechanism by which GTAs deliver DNA into cells is unknown. Here we present the structure of the GTA of Rhodobacter capsulatus (RcGTA) and describe the conformational changes required for its DNA ejection. The structure of RcGTA resembles that of a tailed phage, but it has an oblate head shortened in the direction of the tail axis, which limits its packaging capacity to less than 4,500 base pairs of linear double-stranded DNA. The tail channel of RcGTA contains a trimer of proteins that possess features of both tape measure proteins of long-tailed phages from the family Siphoviridae and tail needle proteins of short-tailed phages from the family Podoviridae. The opening of a constriction within the RcGTA baseplate enables the ejection of DNA into bacterial periplasm.
履歴
登録2019年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月25日-
マップ公開2020年7月22日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0268
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0268
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6teh
  • 表面レベル: 0.0268
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6teh
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10490.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10490.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈baseplate of native GTA particle, C3 symmetrized
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 318.9 Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 318.9 Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 318.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0268 / ムービー #1: 0.0268
最小 - 最大-0.057781424 - 0.20532729
平均 (標準偏差)0.0006629171 (±0.0048486223)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 318.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0631.0631.063
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z318.900318.900318.900
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0580.2050.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent baseplate

全体名称: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent baseplate
要素
  • 複合体: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent baseplate
    • タンパク質・ペプチド: Putative gene transfer agent protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative gene transfer agent protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative gene transfer agent protein
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent baseplate

超分子名称: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent baseplate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: host recognition device present at the tip of the tail
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
分子量理論値: 1.00 MDa

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分子 #1: Putative gene transfer agent protein

分子名称: Putative gene transfer agent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
分子量理論値: 31.690734 KDa
配列文字列: MAYPESLKAH LQGGVTTLAR AWALARADGR VLGFTDHDVV LRFDGISFEP GSGMTAKAVL QGTGLSVDNT ESYGALSSEA ITEADLLAG RYDGAAVTVW LVNWADPAMR AVIFRGHLGE VSRGAGAFTA ELRGLTAALG QEQGRIYHPR CAAVLGDGRC R FDLTKDGY ...文字列:
MAYPESLKAH LQGGVTTLAR AWALARADGR VLGFTDHDVV LRFDGISFEP GSGMTAKAVL QGTGLSVDNT ESYGALSSEA ITEADLLAG RYDGAAVTVW LVNWADPAMR AVIFRGHLGE VSRGAGAFTA ELRGLTAALG QEQGRIYHPR CAAVLGDGRC R FDLTKDGY ALEAALGGVD EAVVLRLAEG AGFEDRWFEK GRLVVLDGAA AGLIGVVKND RLQADGSRLI ELWQRLGANP VA GDRVRIE PGCDKRAGTC RLKFDNFLNF RGFPHIPGED WMVSYPVQSG TNDGGSLFR

UniProtKB: Putative gene transfer agent protein

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分子 #2: Putative gene transfer agent protein

分子名称: Putative gene transfer agent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
分子量理論値: 138.527359 KDa
配列文字列: MATILLSAAG AAIGGGFGGT VLGLSGAVIG RAVGATLGRV IDQRLLGSGS QSVETGRVDR LRLSSASEGE AVGRLWGRMR VAGQVIWAT RFFESASVEK SGKGVPRATV TSYSYSLSLA LALCEGEILR VGRVWADGSE IEVSGLNMRV YRGGEDQLPD P KIAAVEGA ...文字列:
MATILLSAAG AAIGGGFGGT VLGLSGAVIG RAVGATLGRV IDQRLLGSGS QSVETGRVDR LRLSSASEGE AVGRLWGRMR VAGQVIWAT RFFESASVEK SGKGVPRATV TSYSYSLSLA LALCEGEILR VGRVWADGSE IEVSGLNMRV YRGGEDQLPD P KIAAVEGA EAAPAYRGIA YVVLEDLQLA PFGNRVPQFT FEVVRAAQGA LAEAEPDLTR GLRAVALIPG TGEYALATTP VY LATGSGV TATQGVANQN APGGQTDLVA ALERLDEELP NCGAVSLVVS WFGDDLRCGA CDVKPKVASV AEEGANMPWR VAG LERAGA EEVPRLSGQS VYGGTPADAA VIEAIAALRA AGKAVTFYPF ILMAQLAGNG LPDPWNPGSA QPALPWRGRI TLSV APGRA GSPDGTAAAE AQVAGFFGAA SPGDSAIAGG EVVYSGPEEW SMRRFILHYA HLCQLAGGVD AFCIGTEMVA LTQIR GPSN SFPAVAAFRQ LAGEVKAILG PGCKIGYAAD WSEYWGYAPG NGERFFHLDP LWADENIDFI GIDNYLPLSD WRDGAD HAD AGWGSIHALD YLRSNIEGGE YYDWFYAAPE HRAAQIRTPI TDGDHDEPWI WRAKDLRNWW LNDHHERVGG LRSEVAT AW VPQSKPIWFT EMGCAAIDKG TNQPNKFLDP KSSESGLPHH SDGRRDELIQ MQYLRAMTGY WGEAARNPVS AVYGGPML D MSRAHVWAWD ARPWPQFPLN TALWSDGENY ARGHWISGRA VAQPLASVVA EICGAAGITE IDVSGLYGLV RGYTMTGDQ TGRAGLQALM LAYGFEALER DGQLVFRMRD GRVAADLAAA DLALGEGEAV VETVRAAEAE IAGRVRLAYV EAEGDFEVKA VEAVFPDAA AGAAAGSELS LALTRAQAQG IVGRWLAEAR VARDTARFAL PPSRGHLGTG DVVRLDLPEG KRRYRIDRVE Q AGLIQVEA VRVEPGIYAP ADEVEDPASL RPFAAPVPVT AVFLDLPLMK GDEDPVAPHL AVTATPWPGT VAVWSSDEDA GY ALNASLG TRAVIGQTLT PLFRARPGVW DRGAALRVRL ASGALDSATA AKVLNGANAM AIGDGSSENW EVFQFAEAAL VEG KIWDIS LRLRGQLGTD ALMPEVWPEG SVVVALNGAP EQILLPSAAR GLARHYRIGA AVRSYDDPSF VHRIEAFAGA GLRP FSPCH LRAEPGASGW AFRWVRRTRI DGDSWQGYEV PLGETAELYL VRVLEGTAVK REVTVGEASW SYPAALQAAD GIAGA FTLE VAQVSDVYGP GLAARITVGA

UniProtKB: Putative gene transfer agent protein

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分子 #3: Putative gene transfer agent protein

分子名称: Putative gene transfer agent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
分子量理論値: 22.985713 KDa
配列文字列: MAFHEVRFPA NLSFGSVGGP ERRTEIVTLS SGHEERNSPW AHSRRHYDAG VGLRSLDDVE RLIAFFEARG GQLHGFRWKD WADFKSCPA SRAVAHEDQL IGMGDGVTTA FQLVKTYVSG GQSYLRPIVK PVEGTVKLGI AGDHQAEAVN FAVDHATGIV S FNEPPPQG ...文字列:
MAFHEVRFPA NLSFGSVGGP ERRTEIVTLS SGHEERNSPW AHSRRHYDAG VGLRSLDDVE RLIAFFEARG GQLHGFRWKD WADFKSCPA SRAVAHEDQL IGMGDGVTTA FQLVKTYVSG GQSYLRPIVK PVEGTVKLGI AGDHQAEAVN FAVDHATGIV S FNEPPPQG ARVTAGFEFD VPVRFDTDRI AVSVQSFQAG DLPQVPVVEV RI

UniProtKB: Putative gene transfer agent protein

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分子 #4: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris
1.0 mMNaCl
1.0 mMMgCl2
1.0 mMCaCl2
0.01 mg/mlBovine serum albumin

詳細: G-buffer, doi: 10.1016/0003-9861(77)90508-2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3114 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 42.75 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 42242
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: stochastic gradient descent in RELION 2.1 de novo
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 42242
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6teh:
Baseplate of native GTA particle computed with C3 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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