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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10470 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase, rotor, rotational state 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | mitochondria / ATP synthase / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Euglena gracilis (ミドリムシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Muhleip A / Amunts A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Structure of a mitochondrial ATP synthase with bound native cardiolipin. 著者: Alexander Mühleip / Sarah E McComas / Alexey Amunts / 要旨: The mitochondrial ATP synthase fuels eukaryotic cells with chemical energy. Here we report the cryo-EM structure of a divergent ATP synthase dimer from mitochondria of , a member of the phylum ...The mitochondrial ATP synthase fuels eukaryotic cells with chemical energy. Here we report the cryo-EM structure of a divergent ATP synthase dimer from mitochondria of , a member of the phylum Euglenozoa that also includes human parasites. It features 29 different subunits, 8 of which are newly identified. The membrane region was determined to 2.8 Å resolution, enabling the identification of 37 associated lipids, including 25 cardiolipins, which provides insight into protein-lipid interactions and their functional roles. The rotor-stator interface comprises four membrane-embedded horizontal helices, including a distinct subunit . The dimer interface is formed entirely by phylum-specific components, and a peripherally associated subcomplex contributes to the membrane curvature. The central and peripheral stalks directly interact with each other. Last, the ATPase inhibitory factor 1 (IF) binds in a mode that is different from human, but conserved in Trypanosomatids. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10470.map.gz | 288.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10470-v30.xml emd-10470.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10470.png | 33.8 KB | ||
マスクデータ | emd_10470_msk_1.map | 325 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10470.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_10470_half_map_1.map.gz emd_10470_half_map_2.map.gz | 258.9 MB 260.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10470 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10470 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10470_validation.pdf.gz | 352.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10470_full_validation.pdf.gz | 351.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10470_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10470 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10470 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10470.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10470_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10470_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10470_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer
全体 | 名称: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer
超分子 | 名称: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 2 MDa |
-分子 #1: ATP synthase F1 subunit gamma
分子 | 名称: ATP synthase F1 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 35.110375 KDa |
配列 | 文字列: MPGGGTIRFW REKLEGYKKY HQIVKTIKMV TLAKYRQTVV RTRVRDQTLR YTRKALDAKT QDDQEVIEKS ECLLYVPITT NRGSCGALN TNMVRYLQEV ENPKMTIISV GKKALDAMTK VFQDTYRRTI LNDMKQAMSF QFAAYVLEHM NTVPWDRAQI V YNRYHGAA ...文字列: MPGGGTIRFW REKLEGYKKY HQIVKTIKMV TLAKYRQTVV RTRVRDQTLR YTRKALDAKT QDDQEVIEKS ECLLYVPITT NRGSCGALN TNMVRYLQEV ENPKMTIISV GKKALDAMTK VFQDTYRRTI LNDMKQAMSF QFAAYVLEHM NTVPWDRAQI V YNRYHGAA SQKLAIFNLP KFEDWKQKLE EDSAGDGKIE EDGLLQSLPM KTALGELEET AVEDFYNFHS CLAVLNAVSE NE LSEYAAR IVAVENQLGN ITGLMQLADY TYNKTRKELI TAELLEIIGT MTAMHAGKKV GLKKTEFWK |
-分子 #2: F-type H+-transporting ATPase subunit delta
分子 | 名称: F-type H+-transporting ATPase subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 19.559953 KDa |
配列 | 文字列: MRASRTLLLS VSRFMRQDPR KFFPDNGFRF FDGPEDSFGD GNIPAQIILT LTRQDEFILK QEPVAAITIR TNEGEMGVLA GHEYTVQQL APGILEVEYE GGKKDQYVIS GGFAHVNDTG VVDINTVEAV PLEEIDHEKL AKALEEARAK SQSPDEAVRI Q GEIALEIF EPLEAALH |
-分子 #3: ATP synthase F1 subunit epsilon
分子 | 名称: ATP synthase F1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 8.751981 KDa |
配列 | 文字列: MSWRDAGISY LRYLSIVTRC IHEVQKEGPL LTKNVRFSTI GWKSLYLDHG ATKEYTAIPA ELEKIPENQV AQQHHA |
-分子 #4: ATP synthase subunit c
分子 | 名称: ATP synthase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 10.820831 KDa |
配列 | 文字列: MQRGSSITKV VRRAALARST RNAAIAYEVT VNGANLIGAG MAASGVGVPA IGVAMCFSSY MLAAARQPNM SAKLLPYCIL GFALSEALA LFTLLIALLE LFVFS |
-分子 #5: ATPEG1
分子 | 名称: ATPEG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 19.708709 KDa |
配列 | 文字列: MSLAKVWTYA SWIPRGIPKA MANELSSAAA ALAHPEAIAR VAQLESQGKN PYRVARAEFW QMYLACWPYR FRNTVVEWET CKAKVLKGS VDLQDIVDLL YLLAWAYLFW ILGEIYGRGS LYGYRFDGEI HRQEAQNVIL YKEKEAQEMA VVMEKLEKEI Q EWLKTMEQ E |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 seconds blot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 9045 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 36.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |