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- EMDB-10350: Type IV Coupling Complex (T4CC) from L. pneumophila. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10350
タイトルType IV Coupling Complex (T4CC) from L. pneumophila.
マップデータCryoEM-map of T4CC hetero-pentameric core (DotLMNYZ) purified from L.pneumophila.
試料
  • 複合体: Coupling complex of the type IV secretion system
    • タンパク質・ペプチド: IcmO (DotL)
    • タンパク質・ペプチド: IcmP (DotM)
    • タンパク質・ペプチド: IcmJ (DotN)
    • タンパク質・ペプチド: DotZ
    • タンパク質・ペプチド: DotY
  • リガンド: ZINC ION
キーワードProtein Complex / Secretion / Secretion systems / Gram-negative bacteria / type 4 secretion system / T4SS / coupling protein / T4CC / DotL / DotM / DotN / DotY / DotZ / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DotZ / : / : / DotY / : / TraD/TraG, TraM recognition site / : / TraM recognition site of TraD and TraG / DotM, C-terminal cytoplasmic domain ...: / DotZ / : / : / DotY / : / TraD/TraG, TraM recognition site / : / TraM recognition site of TraD and TraG / DotM, C-terminal cytoplasmic domain / : / : / HNH nucleases / HNH nuclease / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 4 apparatus protein DotZ / Type 4 apparatus protein DotN / Type 4 coupling protein DotL / Type 4 apparatus protein DotM / Type 4 apparatus protein DotY
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Mace K / Meir A / Lukoyanova N / Waksman G
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council321630 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mechanism of effector capture and delivery by the type IV secretion system from Legionella pneumophila.
著者: Amit Meir / Kevin Macé / Natalya Lukoyanova / David Chetrit / Manuela K Hospenthal / Adam Redzej / Craig Roy / Gabriel Waksman /
要旨: Legionella pneumophila is a bacterial pathogen that utilises a Type IV secretion (T4S) system to inject effector proteins into human macrophages. Essential to the recruitment and delivery of ...Legionella pneumophila is a bacterial pathogen that utilises a Type IV secretion (T4S) system to inject effector proteins into human macrophages. Essential to the recruitment and delivery of effectors to the T4S machinery is the membrane-embedded T4 coupling complex (T4CC). Here, we purify an intact T4CC from the Legionella membrane. It contains the DotL ATPase, the DotM and DotN proteins, the chaperone module IcmSW, and two previously uncharacterised proteins, DotY and DotZ. The atomic resolution structure reveals a DotLMNYZ hetero-pentameric core from which the flexible IcmSW module protrudes. Six of these hetero-pentameric complexes may assemble into a 1.6-MDa hexameric nanomachine, forming an inner membrane channel for effectors to pass through. Analysis of multiple cryo EM maps, further modelling and mutagenesis provide working models for the mechanism for binding and delivery of two essential classes of Legionella effectors, depending on IcmSW or DotM, respectively.
履歴
登録2019年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月13日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sz9
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10350.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10350.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM-map of T4CC hetero-pentameric core (DotLMNYZ) purified from L.pneumophila.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 313.5 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 313.5 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 313.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0 / ムービー #1: 7
最小 - 最大-29.188368000000001 - 42.54036
平均 (標準偏差)-0.00016760475 (±0.841204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 313.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0451.0451.045
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z313.500313.500313.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-29.18842.540-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_10350_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_10350_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Coupling complex of the type IV secretion system

全体名称: Coupling complex of the type IV secretion system
要素
  • 複合体: Coupling complex of the type IV secretion system
    • タンパク質・ペプチド: IcmO (DotL)
    • タンパク質・ペプチド: IcmP (DotM)
    • タンパク質・ペプチド: IcmJ (DotN)
    • タンパク質・ペプチド: DotZ
    • タンパク質・ペプチド: DotY
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Coupling complex of the type IV secretion system

超分子名称: Coupling complex of the type IV secretion system / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)

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分子 #1: IcmO (DotL)

分子名称: IcmO (DotL) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: C-terminal Streptavidin tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 87.600992 KDa
組換発現生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
配列文字列: MMRGIDSRHE LDPTLLLRDT RTFTQRLADF FADPTNISIV LISLAAVSYY FSEAATFLLI MGGIFFLYSY TRKQKLPFRL PQISRAKDY NDLKPGINKP NIARGITFFG NDRKTGEELW FANDDMRTHA LIFGSTGSGK TETLVSLSYN ALVQGSGFIY V DGKGDNSL ...文字列:
MMRGIDSRHE LDPTLLLRDT RTFTQRLADF FADPTNISIV LISLAAVSYY FSEAATFLLI MGGIFFLYSY TRKQKLPFRL PQISRAKDY NDLKPGINKP NIARGITFFG NDRKTGEELW FANDDMRTHA LIFGSTGSGK TETLVSLSYN ALVQGSGFIY V DGKGDNSL YAKVFSMVRS MGREDDLLLI NFMTGARDIV GPQEKRLSNT LNPFCQGSSS MLTQLVVSLM GSSGQSSDGD MW KGRAIAF VEALMRLLVY MRDEGAILLD ANTIRNYFDL QRLESIVIDK VFPRDDQESV NIETIPKLVT DPLRNYLNTL PGY NKEKKG KQVSQVLEQH GFITMQLVRS FSSLADTYGH IIRTNLAEVD FKDVVLNRRI LVVLLPALEK SPDELSNLGK IIVS SLKAM MAAGLGEEVE GDYRDVILRK PTNAPTPYMC ILDEYGYYAV QGFAVVPAQA RSLGFSAIFA GQDLPAFQKA SKEEA ASIG ANTNIKICMK LEDPTETWDF FTKTAGEAYV TKVDSFQTKE TSIANSYMDT KSSSFEKRAR VDLLDLKEQT EGEAHI FFK SKIVRARMFY ANPKPVKQLK INQFLKVEPP PDDYLMKLQK QLASFQSILE SGDLSINKAV ENEEITLISK ALKESTI VE PIERGVAALI AFHGQNEPEP VEDIVEEEVE GALTIFSKLR IDPNAPPILV ADKEVFSEPL LPINETRNQM ITIERLAG A KDKYAGTVAN ELIKDFQIAT SYPPEERDVI DVQELTGIIR DLSAKISAER EKANKKAAEE LT

UniProtKB: Type 4 coupling protein DotL

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分子 #2: IcmP (DotM)

分子名称: IcmP (DotM) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 43.858879 KDa
組換発現生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
配列文字列: MYIEMAQQQQ QSGSDNSMAP VWIVILLFIT AYFVWALAHQ YIVSFVFTIN IWQARLVNLF LNNQLLANQI YLMQTLDPNT VNWDQMVTV MRAVGDYMRY PVICILVVLA FVLYNSNVTL KYRKTYDMKS LRAQEQFNWP AIMPIVKEDL VSQDVNKGPW A MALTPMEF ...文字列:
MYIEMAQQQQ QSGSDNSMAP VWIVILLFIT AYFVWALAHQ YIVSFVFTIN IWQARLVNLF LNNQLLANQI YLMQTLDPNT VNWDQMVTV MRAVGDYMRY PVICILVVLA FVLYNSNVTL KYRKTYDMKS LRAQEQFNWP AIMPIVKEDL VSQDVNKGPW A MALTPMEF ARKYNLLRKD DALLDNPVPG EEMTAGIRRG DAKRVFTMQL GPYWDGFERC SPQAYALSAV FMARMNRDRD AA NNILKVL DKTFVDGKPD FSVARPVMKK YQNSELVQEV VAKHAYVLTV IASLLEAARE DGVVPSSEFL WLKPVDRRLW YML NCVGRQ TPYSEVAGPF AHWKAEKEMG RRSLVPMIDE AIRALEIAVK EVRLTPRQME ELEP

UniProtKB: Type 4 apparatus protein DotM

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分子 #3: IcmJ (DotN)

分子名称: IcmJ (DotN) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 23.762971 KDa
組換発現生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
配列文字列: MADNQQRCEL KLIASPGSWR LYSARKIDER FKSYEQKIFQ RDRYTCQFCG FQARLYQDIV NLDGDYTNNR LSNLVTACCF CAQCFFVES VGVGGYGGGT LIYLPELTQA ELNSLCHVLF CAITNDTGYK SSAQNIYRSF KFRSQIVEEK FGEGTSDPAI F GQLMIDSG ...文字列:
MADNQQRCEL KLIASPGSWR LYSARKIDER FKSYEQKIFQ RDRYTCQFCG FQARLYQDIV NLDGDYTNNR LSNLVTACCF CAQCFFVES VGVGGYGGGT LIYLPELTQA ELNSLCHVLF CAITNDTGYK SSAQNIYRSF KFRSQIVEEK FGEGTSDPAI F GQLMIDSG VNSEEIREKL FKNIRLLPSR AKFRKQIEKW AASALEEIAD

UniProtKB: Type 4 apparatus protein DotN

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分子 #4: DotZ

分子名称: DotZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 33.887512 KDa
組換発現生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
配列文字列: MDEIKKDDEL SQWLSTYGTI TAERILGRYN ISLPQDEILE AINIPSSFYR HLLQIPLKNV LNGIVIQQAS DYHVYAQKLL IDYLLSGES SKEPDSQGAG TRESLEDERQ RLVQLGDEFH KLELEQDNLI ASSQASLMKI SIDWNTKLET TLSKLNSLYK N TNSKIKKN ...文字列:
MDEIKKDDEL SQWLSTYGTI TAERILGRYN ISLPQDEILE AINIPSSFYR HLLQIPLKNV LNGIVIQQAS DYHVYAQKLL IDYLLSGES SKEPDSQGAG TRESLEDERQ RLVQLGDEFH KLELEQDNLI ASSQASLMKI SIDWNTKLET TLSKLNSLYK N TNSKIKKN AIRKALIKAF IHCDLVKDQS QKNKYQLIDK LNQTLAVSVG AELKESILTN LSELFQILEA LNTKLDEFTD RT NHLSQQA KSFRTQFYEV ILRIIELIKL LPEYKIDPAQ DAINREPLYF DRTIGER

UniProtKB: Type 4 apparatus protein DotZ

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分子 #5: DotY

分子名称: DotY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 25.550957 KDa
組換発現生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
配列文字列: MPKYTLPTRD ALLKAMQVGE TSIEAAEYMA TRFEQILTKA KLLPECNDML EKIKEYAQFV KFKLLSSAQV WSGQERPTSD YQNTQENKA EFLASHLEGL PSGLKLEVAI GDDAKILRGF SSNGKMVEGD QLKTMDGLLE GWLAKNSLAI SGGAVVKIDN T GNQTKVDP ...文字列:
MPKYTLPTRD ALLKAMQVGE TSIEAAEYMA TRFEQILTKA KLLPECNDML EKIKEYAQFV KFKLLSSAQV WSGQERPTSD YQNTQENKA EFLASHLEGL PSGLKLEVAI GDDAKILRGF SSNGKMVEGD QLKTMDGLLE GWLAKNSLAI SGGAVVKIDN T GNQTKVDP QEIRQLINDS EKGVAKYFAD KGVGMEVAQR TYQEPKALET KREEIRQEIE SGAEAPTTQS IR

UniProtKB: Type 4 apparatus protein DotY

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.175 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
0.2 MNaClsodium chloride
50.0 mMTris-HCltris aminomethane hydrochloride
20.0 mMMgSO4Magnesium sulfate
1.0 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 94 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC ab-initio
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 219593
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: OTHER
詳細: Stochastic gradient descent (SGD) and branch-and-bound maximum likelihood optimization algorithms.
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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