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- EMDB-10188: Structure of EccB3 dimer from the ESX-3 core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10188
タイトルStructure of EccB3 dimer from the ESX-3 core complex
マップデータEccB3 dimer.
試料
  • 複合体: EccB3 dimeric structure from ESX-3/Type VII secretion system
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccB3
キーワードType VII Secretion System ESX-3 secretion system T7SS ESX-3 Mycobacterium smegmatis / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / hydrolase activity / ATP binding / plasma membrane / ESX-3 secretion system ATPase EccB3
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) / Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Rivera-Calzada A / Famelis N / Geibel S / Llorca O
資金援助 ドイツ, スペイン, 6件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationElite Network of Bavaria (N-BM-2013-246), Bavarian State Ministry of Science and the Arts ドイツ
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSAF2017-82632-P o-funded by the European Regional Development Fund スペイン
European Regional Development FundY2018/BIO4747 co-funded by the Autonomous Region of Madrid スペイン
European Regional Development FundP2018/NMT4443 co-funded by Autonomous Region of Madrid スペイン
European UnionHorizon 2020, iNEXT (PID2907) , Grant number 653706 スペイン
Bavarian State Ministry of Science and the Arts Funding OrganisationN-BM-2013-246 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Architecture of the mycobacterial type VII secretion system.
著者: Nikolaos Famelis / Angel Rivera-Calzada / Gianluca Degliesposti / Maria Wingender / Nicole Mietrach / J Mark Skehel / Rafael Fernandez-Leiro / Bettina Böttcher / Andreas Schlosser / Oscar ...著者: Nikolaos Famelis / Angel Rivera-Calzada / Gianluca Degliesposti / Maria Wingender / Nicole Mietrach / J Mark Skehel / Rafael Fernandez-Leiro / Bettina Böttcher / Andreas Schlosser / Oscar Llorca / Sebastian Geibel /
要旨: Host infection by pathogenic mycobacteria, such as Mycobacterium tuberculosis, is facilitated by virulence factors that are secreted by type VII secretion systems. A molecular understanding of the ...Host infection by pathogenic mycobacteria, such as Mycobacterium tuberculosis, is facilitated by virulence factors that are secreted by type VII secretion systems. A molecular understanding of the type VII secretion mechanism has been hampered owing to a lack of three-dimensional structures of the fully assembled secretion apparatus. Here we report the cryo-electron microscopy structure of a membrane-embedded core complex of the ESX-3/type VII secretion system from Mycobacterium smegmatis. The core of the ESX-3 secretion machine consists of four protein components-EccB3, EccC3, EccD3 and EccE3, in a 1:1:2:1 stoichiometry-which form two identical protomers. The EccC3 coupling protein comprises a flexible array of four ATPase domains, which are linked to the membrane through a stalk domain. The domain of unknown function (DUF) adjacent to the stalk is identified as an ATPase domain that is essential for secretion. EccB3 is predominantly periplasmatic, but a small segment crosses the membrane and contacts the stalk domain. This suggests that conformational changes in the stalk domain-triggered by substrate binding at the distal end of EccC3 and subsequent ATP hydrolysis in the DUF-could be coupled to substrate secretion to the periplasm. Our results reveal that the architecture of type VII secretion systems differs markedly from that of other known secretion machines, and provide a structural understanding of these systems that will be useful for the design of antimicrobial strategies that target bacterial virulence.
履歴
登録2019年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月11日-
マップ公開2019年10月9日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sgy
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10188.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10188.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EccB3 dimer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 304 pix.
= 323.304 Å		1.06 Å/pix.
x 304 pix.
= 323.304 Å		1.06 Å/pix.
x 304 pix.
= 323.304 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0635 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.048456762 - 0.0922983
平均 (標準偏差)0.000056797973 (±0.0018579063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 323.30402 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06351.06351.0635
M x/y/z304304304
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z323.304323.304323.304
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS304304304
D min/max/mean-0.0480.0920.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EccB3 dimeric structure from ESX-3/Type VII secretion system

全体名称: EccB3 dimeric structure from ESX-3/Type VII secretion system
要素
  • 複合体: EccB3 dimeric structure from ESX-3/Type VII secretion system
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccB3

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超分子 #1: EccB3 dimeric structure from ESX-3/Type VII secretion system

超分子名称: EccB3 dimeric structure from ESX-3/Type VII secretion system
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The sample consists of four protein components, EccB3:EccC3:EccD3:EccE3 in a 1:1:2:1 stoichiometry Molecular weight of the complex without the amphipol micelle: 0.65 MDa
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 83 KDa

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分子 #1: ESX-3 secretion system protein EccB3

分子名称: ESX-3 secretion system protein EccB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
分子量理論値: 42.746754 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: NAILADRSTS ALYVRVGEQL HPVLNLTSAR LISGSPDNPT MVKTSEIDKF PRGNLLGIPG APERMVQNAA TDAEWTVCDA VGGANPGVT VIAGPLGADG ERAAPLPPDH AVLVHSDAEP NPGDWLLWDG KRSPIDLADR AVTDALGLGG QALAPRPIAA G LFNAVPAA ...文字列:
NAILADRSTS ALYVRVGEQL HPVLNLTSAR LISGSPDNPT MVKTSEIDKF PRGNLLGIPG APERMVQNAA TDAEWTVCDA VGGANPGVT VIAGPLGADG ERAAPLPPDH AVLVHSDAEP NPGDWLLWDG KRSPIDLADR AVTDALGLGG QALAPRPIAA G LFNAVPAA PALTAPVIPD AGAAPQFELS LPVPVGAVVV AYDADNTARY YAVLSDGLQP ISPVLAAILR NTDSHGFAQP PR LGPDEVA RTPMSRGLDT SAYPDNPVTL VEASAHPVTC AHWTKPSDAA ESSLSVLSGA VLPLAEGLHT VDLVGAGAGG AAN RVALTP GTGYFVQTVG AEPGSPTAGS MFWVSDTGVR YGIDTAEDDK VVAALGLSTS PLPVPWSVLS QFAAGPALSR GDAL VAHDA VSTNPNSARM EASR

UniProtKB: ESX-3 secretion system ATPase EccB3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 30 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time: 3s Blotting force: -10.
詳細bound to Amphipol A8-35

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 11903 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Images acquired as 55 frames movies at a calibrated magnification of 1.0635 Angs/px
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were collected in counting mode
粒子像選択選択した数: 2066007
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Particles were extracted centred at extracellular density instead than in the centre of mass in order to improve the resolution in that distal region. Extra density not corresponding to the ...詳細: Particles were extracted centred at extracellular density instead than in the centre of mass in order to improve the resolution in that distal region. Extra density not corresponding to the EccB3 dimer was subtracted
使用した粒子像数: 55342
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3x3m


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 100-518 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Two copies of the periplasmic domain of a EccB3 homology model (based on pdb 3X3M) were fitted into the density and then morphing was performed using PHENIX Real-Space Refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: Map correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6sgy:
Structure of EccB3 dimer from the ESX-3 core complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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