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- PDB-6sgz: Structure of protomer 2 of the ESX-3 core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sgz
タイトルStructure of protomer 2 of the ESX-3 core complex
要素
  • ESX-3 secretion system ATPase EccB3
  • ESX-3 secretion system protein EccC3
  • ESX-3 secretion system protein EccD3
  • ESX-3 secretion system protein EccE3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Type VII Secretion System ESX-3 secretion system T7SS ESX-3 Mycobacterium smegmatis
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用 / hydrolase activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Type VII secretion system protein EccE / Putative type VII ESX secretion system translocon, EccE / Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B ...: / Type VII secretion system protein EccE / Putative type VII ESX secretion system translocon, EccE / Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX-3 secretion system ATPase EccB3 / ESX-3 secretion system protein EccD3 / ESX-3 secretion system protein EccE3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Famelis, N. / Rivera-Calzada, A. / Llorca, O. / Geibel, S.
資金援助 スペイン, ドイツ, 5件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSAF2017-82632-P o-funded by the European Regional Development Fund スペイン
European Regional Development FundY2018/BIO4747 co-funded by the Autonomous Region of Madrid スペイン
European Regional Development FundP2018/NMT4443 co-funded by Autonomous Region of Madrid スペイン
European UnionHorizon 2020, iNEXT (PID2907) , Grant number 653706 スペイン
Bavarian State Ministry of Science and the Arts Funding OrganisationN-BM-2013-246 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Architecture of the mycobacterial type VII secretion system.
著者: Nikolaos Famelis / Angel Rivera-Calzada / Gianluca Degliesposti / Maria Wingender / Nicole Mietrach / J Mark Skehel / Rafael Fernandez-Leiro / Bettina Böttcher / Andreas Schlosser / Oscar ...著者: Nikolaos Famelis / Angel Rivera-Calzada / Gianluca Degliesposti / Maria Wingender / Nicole Mietrach / J Mark Skehel / Rafael Fernandez-Leiro / Bettina Böttcher / Andreas Schlosser / Oscar Llorca / Sebastian Geibel /
要旨: Host infection by pathogenic mycobacteria, such as Mycobacterium tuberculosis, is facilitated by virulence factors that are secreted by type VII secretion systems. A molecular understanding of the ...Host infection by pathogenic mycobacteria, such as Mycobacterium tuberculosis, is facilitated by virulence factors that are secreted by type VII secretion systems. A molecular understanding of the type VII secretion mechanism has been hampered owing to a lack of three-dimensional structures of the fully assembled secretion apparatus. Here we report the cryo-electron microscopy structure of a membrane-embedded core complex of the ESX-3/type VII secretion system from Mycobacterium smegmatis. The core of the ESX-3 secretion machine consists of four protein components-EccB3, EccC3, EccD3 and EccE3, in a 1:1:2:1 stoichiometry-which form two identical protomers. The EccC3 coupling protein comprises a flexible array of four ATPase domains, which are linked to the membrane through a stalk domain. The domain of unknown function (DUF) adjacent to the stalk is identified as an ATPase domain that is essential for secretion. EccB3 is predominantly periplasmatic, but a small segment crosses the membrane and contacts the stalk domain. This suggests that conformational changes in the stalk domain-triggered by substrate binding at the distal end of EccC3 and subsequent ATP hydrolysis in the DUF-could be coupled to substrate secretion to the periplasm. Our results reveal that the architecture of type VII secretion systems differs markedly from that of other known secretion machines, and provide a structural understanding of these systems that will be useful for the design of antimicrobial strategies that target bacterial virulence.
履歴
登録2019年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10191
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10191
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: ESX-3 secretion system protein EccD3
H: ESX-3 secretion system protein EccD3
I: ESX-3 secretion system ATPase EccB3
J: ESX-3 secretion system protein EccC3
D: ESX-3 secretion system protein EccE3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,4165
ポリマ－170,4165
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area17850 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area71850 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ESX-3 secretion system protein EccD3 / ESX conserved component D3 / Type VII secretion system protein EccD3 / T7SS protein EccD3


分子量: 47344.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: eccD3, snm, MSMEG_0623, MSMEI_0607
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QQ46
#2: タンパク質 ESX-3 secretion system ATPase EccB3 / ESX conserved component B3 / Type VII secretion system protein EccB3 / T7SS protein EccB3


分子量: 6579.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: eccB3, MSMEG_0616, MSMEI_0600
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QQ39, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#3: タンパク質 ESX-3 secretion system protein EccC3


分子量: 38297.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
遺伝子: eccC3, MSMEG_0617, MSMEI_0601
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
#4: タンパク質 ESX-3 secretion system protein EccE3 / ESX conserved component E3 / Type VII secretion system protein EccE3 / T7SS protein EccE3


分子量: 30850.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: eccE3, MSMEG_0626, MSMEI_0609
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QQ48

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Protomer2 of the ESX-3 core complexCOMPLEXESX-3 core complex The sample consists of four protein components, EccB3:EccC3:EccD3:EccE3 in a 1:1:2:1 stoichiometry Molecular weight of the complex without the amphipol micelle: 0.65 MDaall0MULTIPLE SOURCES
2ESX-3 secretion system protein EccD3COMPLEX#11RECOMBINANT
3ESX-3 secretion system protein EccB3COMPLEX#21RECOMBINANT
4ESX-3 secretion system protein EccC3COMPLEX#31RECOMBINANT
5ESX-3 secretion system protein EccD3COMPLEX#41RECOMBINANT
分子量値: 0.65 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
23Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
34Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
45Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
12Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196pMyNT
23Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
34Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
45Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
緩衝液pH: 8 / 詳細: 30 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: bound to Amphipol A8-35
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: Blotting time: 3s Blotting force: -10

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 11903
詳細: Images acquired as 55 frames movies at a calibrated magnification of 1.0635 Angs/px

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
9PHENIX1.15.2-3472モデル精密化Real-space refinement
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
画像処理詳細: Images were collected in counting mode
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2066007
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 160062
詳細: In order to get the best possible resolution for protomer 2, the extra density not corresponding to this protomer was masked out during the refinement.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 29.4 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Map correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311389
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64615598
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.2636814
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411941
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051969

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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