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万見
- EMDB-10176: mt-SSU assemblosome of wild-type Trypanosoma brucei brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10176
タイトルmt-SSU assemblosome of wild-type Trypanosoma brucei brucei
マップデータmt-SSU assemblosome of wild-type Trypanosoma brucei brucei
試料
  • 複合体: wild-type mt-SSU assemblosome
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / kinetoplast / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / quorum sensing / response to arsenic-containing substance / rRNA base methylation ...modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / kinetoplast / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / quorum sensing / response to arsenic-containing substance / rRNA base methylation / ciliary plasm / nuclear lumen / mRNA stabilization / mitochondrial small ribosomal subunit / acyl binding / acyl carrier activity / iron-sulfur cluster binding / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / protein homooligomerization / potassium ion transport / fatty acid biosynthetic process / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-cell activation inhibitor, mitochondrial / Domain of unknown function DUF4460 / Domain of unknown function (DUF4460) / Mitochondrial glycoprotein / Mitochondrial glycoprotein superfamily / Mitochondrial glycoprotein / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Treble clef zinc finger domain / Ribosomal protein Rsm22-like / : ...T-cell activation inhibitor, mitochondrial / Domain of unknown function DUF4460 / Domain of unknown function (DUF4460) / Mitochondrial glycoprotein / Mitochondrial glycoprotein superfamily / Mitochondrial glycoprotein / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Treble clef zinc finger domain / Ribosomal protein Rsm22-like / : / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Small ribosomal subunit protein mS41 SAM domain / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Pentatricopeptide repeat domain / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Thioredoxin-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Methyltransferase / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Uncharacterized protein / Potassium voltage-gated channel, putative / Uncharacterized protein ...Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Methyltransferase / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Uncharacterized protein / Potassium voltage-gated channel, putative / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS41 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Target SNARE / Phosphotyrosine protein phosphatase I domain-containing protein / DUF4460 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Glutaredoxin domain-containing protein / S-adenosyl-methyltransferase mraW-like protein, putative / Ribosomal protein S9 / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein / Mitochondrial glycoprotein-like protein / Uncharacterized protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Uncharacterized protein / Treble clef zinc finger domain-containing protein / Succinate dehydrogenase assembly factor 3, mitochondrial / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS29 / Rhodanese domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Saurer M / Ramrath D / Niemann M / Calderaro S / Prange C / Mattei S / Scaiola A / Leitner A / Bieri P / Horn EK ...Saurer M / Ramrath D / Niemann M / Calderaro S / Prange C / Mattei S / Scaiola A / Leitner A / Bieri P / Horn EK / Leibundgut M / Schneider A / Boehringer D / Ban N
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Mitoribosomal small subunit biogenesis in trypanosomes involves an extensive assembly machinery.
著者: Martin Saurer / David J F Ramrath / Moritz Niemann / Salvatore Calderaro / Céline Prange / Simone Mattei / Alain Scaiola / Alexander Leitner / Philipp Bieri / Elke K Horn / Marc Leibundgut / ...著者: Martin Saurer / David J F Ramrath / Moritz Niemann / Salvatore Calderaro / Céline Prange / Simone Mattei / Alain Scaiola / Alexander Leitner / Philipp Bieri / Elke K Horn / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are large ribonucleoprotein complexes that synthesize proteins encoded by the mitochondrial genome. An extensive cellular machinery responsible for ribosome ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are large ribonucleoprotein complexes that synthesize proteins encoded by the mitochondrial genome. An extensive cellular machinery responsible for ribosome assembly has been described only for eukaryotic cytosolic ribosomes. Here we report that the assembly of the small mitoribosomal subunit in involves a large number of factors and proceeds through the formation of assembly intermediates, which we analyzed by using cryo-electron microscopy. One of them is a 4-megadalton complex, referred to as the small subunit assemblosome, in which we identified 34 factors that interact with immature ribosomal RNA (rRNA) and recognize its functionally important regions. The assembly proceeds through large-scale conformational changes in rRNA coupled with successive incorporation of mitoribosomal proteins, providing an example for the complexity of the ribosomal assembly process in mitochondria.
履歴
登録2019年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月25日-
マップ公開2019年9月25日-
更新2019年9月25日-
現状2019年9月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10176.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10176.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mt-SSU assemblosome of wild-type Trypanosoma brucei brucei
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.53 Å/pix.
x 340 pix.
= 520.812 Å		1.53 Å/pix.
x 340 pix.
= 520.812 Å		1.53 Å/pix.
x 340 pix.
= 520.812 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.14604793 - 0.32192507
平均 (標準偏差)0.0009849102 (±0.008526604)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 520.812 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.53181.53181.5318
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z520.812520.812520.812
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.1460.3220.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : wild-type mt-SSU assemblosome

全体名称: wild-type mt-SSU assemblosome
要素
  • 複合体: wild-type mt-SSU assemblosome

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超分子 #1: wild-type mt-SSU assemblosome

超分子名称: wild-type mt-SSU assemblosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#103
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Mitochondrial ribosomal small subunit assemblosome of wild-type Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13503 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 40 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 129032 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1243432
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06) / 詳細: On the fly in RELION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: The starting model was determined ab-initio using RELION 3D initial model routine based on SGD.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.5) / 使用した粒子像数: 28663
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.5)

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原子モデル構築 1

詳細Starting models of ribosomal proteins of the T. brucei mitochondrial ribosomal small subunit were taken from PDB 6HIW. Mitchondrial ribosomal small subunit assembly factors were built de novo.
精密化プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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