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万見
- EMDB-10124: Structure of ZEBOV GP in complex with 5T0180 antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10124
タイトルStructure of ZEBOV GP in complex with 5T0180 antibody
マップデータLocally Filtered - Z flipped
試料
  • 複合体: EBOV-GP in complex with 3T0265 antibody
    • 複合体: EBOV-GP
      • タンパク質・ペプチド: Envelope Glycoprotein 1
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
    • 複合体: 5T0180 antibody
      • タンパク質・ペプチド: Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: Heavy Chain
  • リガンド: water
キーワードEbola / glycoprotein / antibodies / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Diskin R / Cohen-Dvashi H
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for a Convergent Immune Response against Ebola Virus.
著者: Hadas Cohen-Dvashi / Matthias Zehner / Stefanie Ehrhardt / Michael Katz / Nadav Elad / Florian Klein / Ron Diskin /
要旨: Ebola virus disease is a severe health problem in Africa. Vaccines that display the Zaire ebolavirus glycoprotein spike complex are a prime component for the effort to combat it. The V3-15/V1-40- ...Ebola virus disease is a severe health problem in Africa. Vaccines that display the Zaire ebolavirus glycoprotein spike complex are a prime component for the effort to combat it. The V3-15/V1-40-based class of antibodies was recently discovered to be a common response in individuals who received the Ebola virus vaccines. These antibodies display attractive properties, and thus likely contribute to the efficacy of the vaccines. Here, we use cryo-EM to elucidate how three V3-15/V1-40 antibodies from different individuals target the virus and found a convergent mechanism against a partially conserved site on the spike complex. Our study rationalizes the selection of the V3-15/V1-40 germline genes for specifically targeting this site and highlights Ebolavirus species-specific sequence divergences that may restrict breadth of V3-15/V1-40-based humoral response. The results from this study could help develop improved immunization schemes and further enable the design of immunogens that would be efficacious against a broader set of Ebolavirus species.
履歴
登録2019年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月12日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6s8j
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10124.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally Filtered - Z flipped
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.344 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.344 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.344 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.849 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.21 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-4.5410633 - 6.900273
平均 (標準偏差)0.008410051 (±0.19395456)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.344 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8490.8490.849
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z217.344217.344217.344
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-4.5416.9000.008

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_10124_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_10124_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EBOV-GP in complex with 3T0265 antibody

全体名称: EBOV-GP in complex with 3T0265 antibody
要素
  • 複合体: EBOV-GP in complex with 3T0265 antibody
    • 複合体: EBOV-GP
      • タンパク質・ペプチド: Envelope Glycoprotein 1
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
    • 複合体: 5T0180 antibody
      • タンパク質・ペプチド: Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: Heavy Chain
  • リガンド: water

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超分子 #1: EBOV-GP in complex with 3T0265 antibody

超分子名称: EBOV-GP in complex with 3T0265 antibody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: EBOV-GP

超分子名称: EBOV-GP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)

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超分子 #3: 5T0180 antibody

超分子名称: 5T0180 antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: A fab portion generated by cleavage
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Light Chain

分子名称: Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.130488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVQWYQQ LPGTAPKVLI YGNNNRPSGV PDRFSGSKSG SSASLAITGL QAEDEADYY CQTYDSRLRD QWVFGGGTKL TVLGQPKAAP SVTLFPPSSE ELQANKATLV CLISDFYPGA VTVAWKADSS P VKAGVETT ...文字列:
QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVQWYQQ LPGTAPKVLI YGNNNRPSGV PDRFSGSKSG SSASLAITGL QAEDEADYY CQTYDSRLRD QWVFGGGTKL TVLGQPKAAP SVTLFPPSSE ELQANKATLV CLISDFYPGA VTVAWKADSS P VKAGVETT TPSKQSNNKY AASSYLSLTP EQWKSHRSYS CQVTHEGSTV EKTVAPTECS

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分子 #2: Heavy Chain

分子名称: Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.636709 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFSFG NAWMNWVRQA PGKGLEWVGR IKSKSDGGTT DYAAPVKDRF IISRDDSKKT LYLQMNSLR REDTAVYYCV RGPFYCDTCG PNDYWGQGTL VTVSSGSTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFSFG NAWMNWVRQA PGKGLEWVGR IKSKSDGGTT DYAAPVKDRF IISRDDSKKT LYLQMNSLR REDTAVYYCV RGPFYCDTCG PNDYWGQGTL VTVSSGSTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKRVEPKSCD KTH

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分子 #3: Envelope Glycoprotein 1

分子名称: Envelope Glycoprotein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)
分子量理論値: 35.706977 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGRSIPLGV IHNSALQVSD VDKLVCRDKL SSTNQLRSVG LNLEGNGVAT DVPSATKRWG FRSGVPPKVV NYEAGEWAEN CYNLEIKKP DGSECLPAAP DGIRGFPRCR YVHKVSGTGP CAGDFAFHKE GAFFLYDRLA STVIYRGTTF AEGVVAFLIL P QAKKDFFS ...文字列:
ETGRSIPLGV IHNSALQVSD VDKLVCRDKL SSTNQLRSVG LNLEGNGVAT DVPSATKRWG FRSGVPPKVV NYEAGEWAEN CYNLEIKKP DGSECLPAAP DGIRGFPRCR YVHKVSGTGP CAGDFAFHKE GAFFLYDRLA STVIYRGTTF AEGVVAFLIL P QAKKDFFS SHPLREPVNA TEDPSSGYYS TTIRYQATGF GTNETEYLFE VDNLTYVQLE SRFTPQFLLQ LNETIYTSGK RS NTTGKLI WKVNPEIDTT IGEWAFWETK KNLTRKIRSE ELSFTVVSTH HQDTGEESAS SGKLGLITNT IAGVAGLITG GRR TRR

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分子 #4: Envelope glycoprotein

分子名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)
分子量理論値: 18.989391 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EAIVNAQPKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYIEGLMHNQ DGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF VDGSGYIPEA PRDGQAYVRK DGEWVLLSTF L GTHHHHHH

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 163 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 27.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V2) / 使用した粒子像数: 100499
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5jq3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6s8j:
Structure of ZEBOV GP in complex with 5T0180 antibody

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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