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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0035 | |||||||||
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タイトル | Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6, selected SPT6 tSH2 particles (Map F) | |||||||||
![]() | Global refinement of SPT6 tSH2 selected EC* particles (Map F). | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | |||||||||
![]() | Vos SM / Farnung L / Boehning M / Linden A / Wigge C / Urlaub H / Cramer P | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6. 著者: Seychelle M Vos / Lucas Farnung / Marc Boehning / Christoph Wigge / Andreas Linden / Henning Urlaub / Patrick Cramer / ![]() 要旨: Gene regulation involves activation of RNA polymerase II (Pol II) that is paused and bound by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and negative elongation factor (NELF). Here ...Gene regulation involves activation of RNA polymerase II (Pol II) that is paused and bound by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and negative elongation factor (NELF). Here we show that formation of an activated Pol II elongation complex in vitro requires the kinase function of the positive transcription elongation factor b (P-TEFb) and the elongation factors PAF1 complex (PAF) and SPT6. The cryo-EM structure of an activated elongation complex of Sus scrofa Pol II and Homo sapiens DSIF, PAF and SPT6 was determined at 3.1 Å resolution and compared to the structure of the paused elongation complex formed by Pol II, DSIF and NELF. PAF displaces NELF from the Pol II funnel for pause release. P-TEFb phosphorylates the Pol II linker to the C-terminal domain. SPT6 binds to the phosphorylated C-terminal-domain linker and opens the RNA clamp formed by DSIF. These results provide the molecular basis for Pol II pause release and elongation activation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 140.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.4 KB 24.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 85.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 20.2 MB 140.8 MB 140.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Global refinement of SPT6 tSH2 selected EC* particles (Map F). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.049 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Postprocessed map of global refinement of SPT6 tSH2...
ファイル | emd_0035_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map of global refinement of SPT6 tSH2 selected EC* particles with an applied B factor of -109.1(Map F). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 of global refinement for SPT6...
ファイル | emd_0035_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 of global refinement for SPT6 tSH2 selected particles (Map F). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of global refinement for SPT6...
ファイル | emd_0035_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of global refinement for SPT6 tSH2 selected particles (Map F). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*)
全体 | 名称: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*) |
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要素 |
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-超分子 #1: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*)
超分子 | 名称: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21, #23 |
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分子量 | 理論値: 1.257 MDa |
-超分子 #2: RNA Polymerase II
超分子 | 名称: RNA Polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#9, #11, #10, #12 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: associated proteins
超分子 | 名称: associated proteins / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13, #16, #18, #23, #19-#22 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #4: Nucleic acids
超分子 | 名称: Nucleic acids / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14-#15, #17 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 10s wait prior to blotting, blotting 8.5s. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |