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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDGX3 |
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試料 | 3'SL from Zika virus
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生物種 | Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
引用 | 日付: 2019 Sep 10 タイトル: Long non‐coding subgenomic flavivirus RNAs have extended 3D structures and are flexible in solution 著者: Zhang Y / Zhang Y / Liu Z / Cheng M / Ma J / Wang Y / Qin C |
登録者 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #3601 | タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5.0 (r7883)) / ダミー原子の半径: 3.00 A / カイ2乗値: 0.227 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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-試料
試料 | 名称: 3'SL from Zika virus / 試料濃度: 0.75-3.00 |
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バッファ | 名称: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 5mM MgCl2 / pH: 7.5 |
要素 #1834 | 名称: ZIKV 3'SL / タイプ: RNA / 記述: 3'SL from Zika virus / 分子量: 31.79 / 分子数: 1 / 由来: Zika virus 配列: GCUGGGAAAG ACCAGAGACU CCAUGAGUUU CCACCACGCU GGCCGCCAGG CACAGAUCGC CGAAUAGCGG CGGCCGGUGU GGGGAAAUCC AUGGGUCU |
-実験情報
ビーム | 設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory 12ID-B SAXS/WAXS 地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.08857 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Pilatus 2M | ||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: 3'SL from Zika virus / 測定日: 2016年12月9日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/A /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 147 /
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結果 | カーブのタイプ: extrapolated コメント: The subtracted SAXS data series used to generate the final extrapolated to zero-concentration profile displayed in this entry are provided in the full entry zip archive. The ab initio ...コメント: The subtracted SAXS data series used to generate the final extrapolated to zero-concentration profile displayed in this entry are provided in the full entry zip archive. The ab initio dummy atom model represents the averaged spatial disposition of the RNA in solution (DAMFILT model), derived from several aligned individual models (corresponding fit).
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