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万見
- SASDEG6: Epstein-Barr nuclear antigen 2 (EBNA2 Type2, amino acids 348-422) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEG6
試料Epstein-Barr nuclear antigen 2 (EBNA2 Type2, amino acids 348-422)
  • Epstein-Barr nuclear antigen 2 (protein), EBNA2 Type2, Epstein-Barr virus (strain AG876)
機能・相同性host cell nuclear matrix / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / Epstein-Barr nuclear antigen 2
機能・相同性情報
生物種Epstein-Barr virus (strain AG876) (ウイルス)
引用日付: 2018 Nov 6
タイトル: Increased association between Epstein-Barr virus EBNA2 from type 2 strains and the transcriptional repressor BS69 restricts B cell growth
著者: Ponnusamy R / Khatri R / Correia P / Mancini E / Farrell P
登録者
  • Rajesh Ponnusamy (University of Sussex, Brighton, UK)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2537
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.50 A / カイ2乗値: 1.783 / P-value: 0.591803
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モデル #2547
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.50 A / カイ2乗値: 1.783 / P-value: 0.591803
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試料

試料名称: Epstein-Barr nuclear antigen 2 (EBNA2 Type2, amino acids 348-422)
試料濃度: 4.6 mg/ml
バッファ名称: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 2% Sucrose and 1mM TCEP / pH: 7.5
要素 #1342名称: EBNA2 Type2 / タイプ: protein / 記述: Epstein-Barr nuclear antigen 2 / 分子量: 7.934 / 分子数: 2 / 由来: Epstein-Barr virus (strain AG876) / 参照: UniProt: Q69022
配列:
SMPQLSPVVS LHQGQGPENS PTPGPSTAGP VCRVTPSATP DISPIHEPES SDSEEPPFLF PSDWYPPTLE PAELD

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Didcot / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4.014 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Epstein-Barr nuclear antigen 2 (EBNA2 Type2, amino acids 348-422)
測定日: 2017年9月23日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 100 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0341 0.2442
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 917 /
MinMax
Q0.0340534 0.244221
P(R) point1 917
R0 103.5
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: SEC-SAXS was performed using the following parameters: Column type: S200 3.2/300 increase; Flow rate: 0.075 ml/min; Injection volume: 45 µl; Sample injection concentration: 4.6 mg/ml.
実験値Porod
分子量18.1 kDa-
体積-20 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.02772 0.026812 7.111E-5
慣性半径, Rg 3.01 nm2.77 nm0.09

MinMax
D-10.35
Guinier point1 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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