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万見
- SASDCT2: Bromodomain-containing protein 2 (BRD2) tandem bromodomains -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCT2
試料Bromodomain-containing protein 2 (BRD2) tandem bromodomains
  • Bromodomain-containing protein 2 (protein), BRD2, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Interactome Rewiring Following Pharmacological Targeting of BET Bromodomains.
著者: Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R ...著者: Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R Knight / Beatriz Gonzalez-Badillo / Nicole St-Denis / Joseph A Newman / Manuel Stucki / Laurence Pelletier / Nuno Bandeira / Michael D Wilson / Panagis Filippakopoulos / Anne-Claude Gingras /
要旨: Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, ...Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, BRD3, BRD4, and BRDT following treatment with the pan-BET BRD inhibitor JQ1, revealing broad rewiring of the interaction landscape, with three distinct classes of behavior for the 603 unique interactors identified. A group of proteins associate in a JQ1-sensitive manner with BET BRDs through canonical and new binding modes, while two classes of extra-terminal (ET)-domain binding motifs mediate acetylation-independent interactions. Last, we identify an unexpected increase in several interactions following JQ1 treatment that define negative functions for BRD3 in the regulation of rRNA synthesis and potentially RNAPII-dependent gene expression that result in decreased cell proliferation. Together, our data highlight the contributions of BET protein modules to their interactomes allowing for a better understanding of pharmacological rewiring in response to JQ1.
登録者
  • Joseph Newman (University of Oxford, Oxford, UK)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1186
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 4.25 A / カイ2乗値: 1.152
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試料

試料名称: Bromodomain-containing protein 2 (BRD2) tandem bromodomains
試料濃度: 13 mg/ml
バッファ名称: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2% glycerol, 0.5 mM TCEP / pH: 7.5
要素 #619名称: BRD2 / タイプ: protein / 記述: Bromodomain-containing protein 2 / 分子量: 43.431 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P25440
配列: SMKPGRVTNQ LQYLHKVVMK ALWKHQFAWP FRQPVDAVKL GLPDYHKIIK QPMDMGTIKR RLENNYYWAA SECMQDFNTM FTNCYIYNKP TDDIVLMAQT LEKIFLQKVA SMPQEEQELV VTIPKNSHKK GAKLAALQGS VTSAHQVPAV SSVSHTALYT PPPEIPTTVL ...配列:
SMKPGRVTNQ LQYLHKVVMK ALWKHQFAWP FRQPVDAVKL GLPDYHKIIK QPMDMGTIKR RLENNYYWAA SECMQDFNTM FTNCYIYNKP TDDIVLMAQT LEKIFLQKVA SMPQEEQELV VTIPKNSHKK GAKLAALQGS VTSAHQVPAV SSVSHTALYT PPPEIPTTVL NIPHPSVISS PLLKSLHSAG PPLLAVTAAP PAQPLAKKKG VKRKADTTTP TPTAILAPGS PASPPGSLEP KAARLPPMRR ESGRPIKPPR KDLPDSQQQH QSSKKGKLSE QLKHCNGILK ELLSKKHAAY AWPFYKPVDA SALGLHDYHD IIKHPMDLST VKRKMENRDY RDAQEFAADV RLMFSNCYKY NPPDHDVVAM ARKLQDVFEF RYAKMPD

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Oxfordshire / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.92 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Bromodomain-containing protein 2 (BRD2) tandem bromodomains
測定日: 2017年1月13日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 10 sec. / フレーム数: 12 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.004 0.4398
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 452 /
MinMax
Q0.006044 0.4396
P(R) point8 459
R0 210
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値PorodEstimatedEstimated method
分子量43.4 kDa39 kDa--
体積-220 nm381 DAMMIN

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.0975 0.0007 0.09 0.0014
慣性半径, Rg 6.24 nm0.055 5.71 nm0.72

MinMax
D-21
Guinier point33 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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