SASDC57: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (hDUT)

IDまたはキーワード:

登録情報	データベース: SASBDB / ID: SASDC57
試料	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (protein), hDUT, Homo sapiens
機能・相同性	機能・相同性情報 dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion ...dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily 類似検索 - ドメイン・相同性 Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial 類似検索 - 構成要素
生物種	Homo sapiens (ヒト)
引用	日付: 2018 Mar 12 タイトル: Structural model of human dUTPase in complex with a novel proteinaceous inhibitor 著者: Nyíri K / Mertens H / Tihanyi B / Nagy G / Kőhegyi B / Matejka J / Harris M / Szabó J / Papp-Kádár V / Németh-Pongrácz V / Ozohanics O / Vékey K / Svergun D / Borysik A
登録者	Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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Data source

SASBDBのページ	SASDC57

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関連構造データ

関連構造データ	SASDC67C SASDC77C SASDC87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g99-d 3epu-1 2862 3e18-d 77 5dk4-1 5e26-1 3dxp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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外部リンク

「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

モデル #1489	タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.9.0) / ダミー原子の半径: 2.10 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.000 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1490	タイプ: atomic / ソフトウェア: (2.9.0) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P3 / コメント: Addition of terminal residues to PDB ID: 3EHW / カイ2乗値: 1.059 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料	名称: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / Dry vol: 21815 / 試料濃度: 0.20-2.00 / 濃度測定法: A280
バッファ	名称: 50 mM HEPES 300 mM NaCl 5 mM MgCl2 / pH: 7.5 / コメント: Buffer B
要素 #775	名称: hDUT / タイプ: protein / 記述: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / 分子量: 18.029 / 分子数: 3 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P33316 配列: GSHMPCSEET PAISPSKRAR PAEVGGMQLR FARLSEHATA PTRGSARAAG YDLYSAYDYT IPPMEKAVVK TDIQIALPSG CYGRVAPRSG LAAKHFIDVG AGVIDEDYRG NVGVVLFNFG KEKFEVKKGD RIAQLICERI FYPEIEEVQA LDDTERGSGG FGSTGKN

ビーム

設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany

/ 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm

検出器

名称: Pilatus 2M

スキャン

タイトル: hDUT / 測定日: 2016年7月9日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.1322	5.0307

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1200 /

	Min	Max
Q	0.132242	3.43554
P(R) point	1	1200
R	0	10

結果

カーブのタイプ: merged / Standard: water

	実験値	Experimental error	Standard	Standard error	Porod	Porod error	Estimated	Estimated error	Estimated method
分子量	57.9 kDa	6	35 kDa	5	73 kDa	7	-	-	-
体積	-	-	-	-	117 nm³	10	133	20	DAM volume

	P(R)	P(R) error	Guinier	Guinier error
前方散乱 I0	0.025	0.001	0.025	0.001
慣性半径, Rg	2.94 nm	0.1	3 nm	0.1

	Min	Max	Error
D	-	10	0.5
Guinier point	1	93	-

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