PDB-8jn3: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in comp...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8jn3

タイトル

Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 37 deg C (subparticle LLR-LRR)

要素

Envelope protein
Human antibody DENV-115 heavy chain
Human antibody DENV-115 light chain
Membrane protein

キーワード

VIRUS/IMMUNE SYSTEM / dengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / virus / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...
類似検索 - 分子機能

: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å

データ登録者

Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Tan, A.W.K. / Shi, J. / Lok, S.M.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ultrapotent human antibodies lock E protein dimers of diverse DENV3 morphological variants
著者: Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Lim, X.N. / Shebanova, A. / Ng, L.C. / Tan, S.L. / Tan, A.W.K. / Shi, J. / Crowe, J.E. / Lok, S.M.

履歴

登録	2023年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jn3.cif.gz	73.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jn3.ent.gz	45.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jn3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jn3_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jn3_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8jn3_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	8jn3_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/8jn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/8jn3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	36431MC 36429C 36430C 36432C 36433C 36434C 36435C 36436C 36437C 36438C 36439C 36440C 36441C 8jn1C 8jn2C 8jn4C 8jn5C 8jn6C 8jn7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (42) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: Envelope protein

B: Membrane protein

C: Envelope protein

D: Membrane protein

E: Envelope protein

F: Membrane protein

H: Human antibody DENV-115 heavy chain

L: Human antibody DENV-115 light chain

211 kDa, 8 ポリマー
Cα原子のみ: ABCDEFHL
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope protein

B: Membrane protein

C: Envelope protein

D: Membrane protein

E: Envelope protein

F: Membrane protein

H: Human antibody DENV-115 heavy chain

L: Human antibody DENV-115 light chain

A: Envelope protein

B: Membrane protein

C: Envelope protein

D: Membrane protein

E: Envelope protein

F: Membrane protein

H: Human antibody DENV-115 heavy chain

L: Human antibody DENV-115 light chain

complete point assembly
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
422 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
point asymmetric unit
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

3

登録構造と同一（異なる座標系）
point asymmetric unit, std point frame

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: C₂ (2回回転対称))

#1: タンパク質	Envelope protein / Genome polyprotein / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 53682.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: A9LIF4
#2: タンパク質	Membrane protein / Polyprotein / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 8347.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: M1J7M3
#3: 抗体	Human antibody DENV-115 heavy chain / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 13607.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体	Human antibody DENV-115 light chain / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 11496.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 37 deg C	COMPLEX	all	0	MULTIPLE SOURCES
2	Dengue virus serotype 3 strain 863DK	COMPLEX	#1-#2	1	RECOMBINANT
3	Human antibody DENV-115 Fab (heavy and light chain)	COMPLEX	#3-#4	1	RECOMBINANT

分子量

ID	Entity assembly-ID	実験値
1	1	NO
2	1	NO
3	1	NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	3	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	2	Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)	11069

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	3	Homo sapiens (ヒト)	9606
2	2	Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)	7160

ウイルスについての詳細

ID	Entity assembly-ID	中空か	エンベロープを持つか	単離	タイプ
1	1	NO	YES	STRAIN	VIRION
2	2
3	3

緩衝液

pH: 8
詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA)

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The purified virus was mixed with DENV-115 Fab at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and then the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min. The complex was further incubated at ...

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影	電子線照射量: 18 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
7	UCSF Chimera	モデルフィッティング
9	PHENIX	モデル精密化
11	RELION	最終オイラー角割当
13	RELION	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₂ (2回回転対称)

3次元再構成

解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28155 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

ID	PDB-ID	3D fitting-ID	Accession code	Initial refinement model-ID	Source name	タイプ
1	3J6S 3j6s	1	3J6S	1	PDB	experimental model
2	5IFA 5ifa	1	5IFA	2	PDB	experimental model
3	6QB6 6qb6	1	6QB6	3	PDB	experimental model

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	30732
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.763	41670
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	6.968	4464
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.047	4922
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	5184

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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