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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jbv | ||||||
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タイトル | Extracellular domain of gamma delta TCR | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-delta T cell receptor complex / gamma-delta T cell activation / T cell receptor complex / small molecule binding / positive regulation of phagocytosis / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response ...gamma-delta T cell receptor complex / gamma-delta T cell activation / T cell receptor complex / small molecule binding / positive regulation of phagocytosis / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.02 Å | ||||||
データ登録者 | Xin, W. / Chi, X. / Huang, B. / Su, Q. / Zhou, Q. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structures of human γδ T cell receptor-CD3 complex. 著者: Weizhi Xin / Bangdong Huang / Ximin Chi / Yuehua Liu / Mengjiao Xu / Yuanyuan Zhang / Xu Li / Qiang Su / Qiang Zhou / 要旨: Gamma delta (γδ) T cells, a unique T cell subgroup, are crucial in various immune responses and immunopathology. The γδ T cell receptor (TCR), which is generated by γδ T cells, recognizes a ...Gamma delta (γδ) T cells, a unique T cell subgroup, are crucial in various immune responses and immunopathology. The γδ T cell receptor (TCR), which is generated by γδ T cells, recognizes a diverse range of antigens independently of the major histocompatibility complex. The γδ TCR associates with CD3 subunits, initiating T cell activation and holding great potential in immunotherapy. Here we report the structures of two prototypical human Vγ9Vδ2 and Vγ5Vδ1 TCR-CD3 complexes, revealing two distinct assembly mechanisms that depend on Vγ usage. The Vγ9Vδ2 TCR-CD3 complex is monomeric, with considerable conformational flexibility in the TCRγ-TCRδ extracellular domain and connecting peptides. The length of the connecting peptides regulates the ligand association and T cell activation. A cholesterol-like molecule wedges into the transmembrane region, exerting an inhibitory role in TCR signalling. The Vγ5Vδ1 TCR-CD3 complex displays a dimeric architecture, whereby two protomers nestle back to back through the Vγ5 domains of the TCR extracellular domains. Our biochemical and biophysical assays further corroborate the dimeric structure. Importantly, the dimeric form of the Vγ5Vδ1 TCR is essential for T cell activation. These findings reveal organizing principles of the γδ TCR-CD3 complex, providing insights into the unique properties of γδ TCR and facilitating immunotherapeutic interventions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jbv.cif.gz | 164.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jbv.ent.gz | 125.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jbv_validation.pdf.gz | 408.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jbv_full_validation.pdf.gz | 417.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8jbv_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jbv_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jbv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36147MC 8jc0C 8jcbC 8wxeC 8wy0C 8wyiC 8yc0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34320.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Author stated: 1-22:Signal peptide, 23-31:Flag tag. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRDV1, TRDC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1B0GX56, UniProt: B7Z8K6 #2: タンパク質 | 分子量: 37755.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Author stated: 1-22:Signal peptide, 23-31:Flag tag. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRGV5, TCRGV5, TRGC1, TCRGC1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B4J1U4, UniProt: P0CF51 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Extracellular domain of gamma delta TCR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 567573 / 対称性のタイプ: POINT |