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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b9d | ||||||
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タイトル | Human replisome bound by Pol Alpha | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION / human / priming / polymerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of DNA primase activity / cellular response to bleomycin / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA secondary structure binding / Switching of origins to a post-replicative state / detection of abiotic stimulus / replication fork arrest / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Unwinding of DNA ...positive regulation of DNA primase activity / cellular response to bleomycin / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA secondary structure binding / Switching of origins to a post-replicative state / detection of abiotic stimulus / replication fork arrest / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / cell cycle phase transition / cellular response to cisplatin / DNA/RNA hybrid binding / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / nuclear origin of replication recognition complex / cellular response to hydroxyurea / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / mitotic DNA replication / regulation of type I interferon production / Processive synthesis on the lagging strand / anaphase-promoting complex binding / CMG complex / DNA replication checkpoint signaling / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / entrainment of circadian clock / DNA primase activity / Removal of the Flap Intermediate / regulation of phosphorylation / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / lagging strand elongation / DNA replication, synthesis of primer / replication fork protection complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic DNA replication initiation / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of double-strand break repair / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / inner cell mass cell proliferation / DNA strand elongation involved in DNA replication / branching morphogenesis of an epithelial tube / DNA synthesis involved in DNA repair / cochlea development / G1/S-Specific Transcription / activation of protein kinase activity / leading strand elongation / replication fork processing / Apoptotic cleavage of cellular proteins / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' DNA helicase activity / DNA replication origin binding / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / cellular response to interleukin-4 / Activation of ATR in response to replication stress / response to UV / ciliary basal body / DNA damage checkpoint signaling / Defective pyroptosis / Assembly of the pre-replicative complex / morphogenesis of an epithelium / lung development / regulation of circadian rhythm / DNA-templated DNA replication / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / Orc1 removal from chromatin / circadian rhythm / protein import into nucleus / nucleosome assembly / cellular response to xenobiotic stimulus / nuclear envelope / site of double-strand break / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / Processing of DNA double-strand break ends / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / histone binding / peptidyl-serine phosphorylation / DNA replication / DNA helicase / cell population proliferation / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / Ub-specific processing proteases / cell cycle / cell division 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Jones, M.L. / Yeeles, J.T.P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: How Pol α-primase is targeted to replisomes to prime eukaryotic DNA replication. 著者: Morgan L Jones / Valentina Aria / Yasemin Baris / Joseph T P Yeeles / 要旨: During eukaryotic DNA replication, Pol α-primase generates primers at replication origins to start leading-strand synthesis and every few hundred nucleotides during discontinuous lagging-strand ...During eukaryotic DNA replication, Pol α-primase generates primers at replication origins to start leading-strand synthesis and every few hundred nucleotides during discontinuous lagging-strand replication. How Pol α-primase is targeted to replication forks to prime DNA synthesis is not fully understood. Here, by determining cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of budding yeast and human replisomes containing Pol α-primase, we reveal a conserved mechanism for the coordination of priming by the replisome. Pol α-primase binds directly to the leading edge of the CMG (CDC45-MCM-GINS) replicative helicase via a complex interaction network. The non-catalytic PRIM2/Pri2 subunit forms two interfaces with CMG that are critical for in vitro DNA replication and yeast cell growth. These interactions position the primase catalytic subunit PRIM1/Pri1 directly above the exit channel for lagging-strand template single-stranded DNA (ssDNA), revealing why priming occurs efficiently only on the lagging-strand template and elucidating a mechanism for Pol α-primase to overcome competition from RPA to initiate primer synthesis. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b9d.cif.gz | 2.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b9d.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8b9d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b9d_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b9d_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8b9d_validation.xml.gz | 184.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b9d_validation.cif.gz | 304.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/8b9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/8b9d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA replication licensing factor ... , 6種, 6分子 234567
#1: タンパク質 | 分子量: 102034.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM2, BM28, CCNL1, CDCL1, KIAA0030 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P49736, DNA helicase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 91110.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P25205, DNA helicase |
#3: タンパク質 | 分子量: 96684.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM4, CDC21 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P33991, DNA helicase |
#4: タンパク質 | 分子量: 82406.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM5, CDC46 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P33992, DNA helicase |
#5: タンパク質 | 分子量: 93010.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14566, DNA helicase |
#6: タンパク質 | 分子量: 81411.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM7, CDC47, MCM2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P33993, DNA helicase |
-DNA polymerase alpha ... , 2種, 2分子 AB
#7: タンパク質 | 分子量: 66015.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14181 |
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#21: タンパク質 | 分子量: 170392.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA1, POLA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P09884, DNA-directed DNA polymerase |
-タンパク質 , 7種, 9分子 CKLPQOHJI
#8: タンパク質 | 分子量: 66016.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC45, CDC45L, CDC45L2, UNQ374/PRO710 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75419 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 138903.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMELESS, TIM, TIM1, TIMELESS1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UNS1 |
#14: タンパク質 | 分子量: 34600.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIPIN / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BVW5 |
#17: タンパク質 | 分子量: 58890.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM2, PRIM2A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P49643 |
#18: タンパク質 | 分子量: 155184.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLSPN / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9HAW4 |
#19: タンパク質 | 分子量: 54242.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P49642, DNA primase AEP |
#20: タンパク質 | 分子量: 129966.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDHD1, AND1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75717 |
-DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 4分子 DEFG
#9: タンパク質 | 分子量: 23022.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GINS1, KIAA0186, PSF1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14691 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 21453.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GINS2, PSF2, CGI-122, DC5, HSPC037 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y248 |
#11: タンパク質 | 分子量: 24562.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GINS3, PSF3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BRX5 |
#12: タンパク質 | 分子量: 29983.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GINS4, SLD5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BRT9 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 MN
#15: DNA鎖 | 分子量: 26092.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#16: DNA鎖 | 分子量: 26402.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 3種, 10分子
#22: 化合物 | #23: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human replisome bound by pol alpha, engaged on a fork DNA substrate with a 60 nucleotide lagging strand. タイプ: COMPLEX Entity ID: #19, #7, #21, #17, #1-#6, #8-#12, #20, #13-#16, #18 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 37.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174696 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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