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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z4f | ||||||
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タイトル | Tail of phage SU10 genome release intermediate | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / bacteriophage / tail / base plate / nozzle / tail fibers | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Baseplate structural protein Gp10, C-terminal domain / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Siborova, M. / Fuzik, T. / Prochazkova, M. / Novacek, J. / Plevka, P. | ||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Tail proteins of phage SU10 reorganize into the nozzle for genome delivery. 著者: Marta Šiborová / Tibor Füzik / Michaela Procházková / Jiří Nováček / Martin Benešík / Anders S Nilsson / Pavel Plevka / 要旨: Escherichia coli phage SU10 belongs to the genus Kuravirus from the class Caudoviricetes of phages with short non-contractile tails. In contrast to other short-tailed phages, the tails of Kuraviruses ...Escherichia coli phage SU10 belongs to the genus Kuravirus from the class Caudoviricetes of phages with short non-contractile tails. In contrast to other short-tailed phages, the tails of Kuraviruses elongate upon cell attachment. Here we show that the virion of SU10 has a prolate head, containing genome and ejection proteins, and a tail, which is formed of portal, adaptor, nozzle, and tail needle proteins and decorated with long and short fibers. The binding of the long tail fibers to the receptors in the outer bacterial membrane induces the straightening of nozzle proteins and rotation of short tail fibers. After the re-arrangement, the nozzle proteins and short tail fibers alternate to form a nozzle that extends the tail by 28 nm. Subsequently, the tail needle detaches from the nozzle proteins and five types of ejection proteins are released from the SU10 head. The nozzle with the putative extension formed by the ejection proteins enables the delivery of the SU10 genome into the bacterial cytoplasm. It is likely that this mechanism of genome delivery, involving the formation of the tail nozzle, is employed by all Kuraviruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z4f.cif.gz | 638.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z4f.ent.gz | 484.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z4f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z4f_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7z4f_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7z4f_validation.xml.gz | 116.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z4f_validation.cif.gz | 174.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/7z4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/7z4f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14495MC 7z44C 7z45C 7z46C 7z47C 7z48C 7z49C 7z4aC 7z4bC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29258.613 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ) 参照: UniProt: A0A0B4N235 #2: タンパク質 | 分子量: 83558.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ) 参照: UniProt: A0A0B4N0B9 #3: タンパク質 | 分子量: 28836.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ) 参照: UniProt: A0A0B4N231 #4: タンパク質 | | 分子量: 110352.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ) 参照: UniProt: A0A0B4N0C1 #5: タンパク質 | 分子量: 85055.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ) 参照: UniProt: A0A0B4N229 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 3.036 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ) | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Escherichia coli | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: Tail complex | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: PFU 10^11 | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 11780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8076 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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