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万見
- EMDB-14492: Bacteriophage SU10 virion (C1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14492
タイトルBacteriophage SU10 virion (C1)
マップデータ
試料
  • ウイルス: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major head protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative structural proteinタンパク質
    • タンパク質・ペプチド: AdaptorAdapter
    • タンパク質・ペプチド: Surface protein細胞膜
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail fiber
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail tip fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF5309 / Family of unknown function (DUF5309) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative tail fiber / 細胞膜 / Putative tail tip fiber protein / Major head protein / Portal protein / Uncharacterized protein / Putative structural protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Siborova M / Fuzik T / Prochazkova M / Novacek J / Plevka P
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLL1906 チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Tail proteins of phage SU10 reorganize into the nozzle for genome delivery.
著者: Marta Šiborová / Tibor Füzik / Michaela Procházková / Jiří Nováček / Martin Benešík / Anders S Nilsson / Pavel Plevka /
要旨: Escherichia coli phage SU10 belongs to the genus Kuravirus from the class Caudoviricetes of phages with short non-contractile tails. In contrast to other short-tailed phages, the tails of Kuraviruses ...Escherichia coli phage SU10 belongs to the genus Kuravirus from the class Caudoviricetes of phages with short non-contractile tails. In contrast to other short-tailed phages, the tails of Kuraviruses elongate upon cell attachment. Here we show that the virion of SU10 has a prolate head, containing genome and ejection proteins, and a tail, which is formed of portal, adaptor, nozzle, and tail needle proteins and decorated with long and short fibers. The binding of the long tail fibers to the receptors in the outer bacterial membrane induces the straightening of nozzle proteins and rotation of short tail fibers. After the re-arrangement, the nozzle proteins and short tail fibers alternate to form a nozzle that extends the tail by 28 nm. Subsequently, the tail needle detaches from the nozzle proteins and five types of ejection proteins are released from the SU10 head. The nozzle with the putative extension formed by the ejection proteins enables the delivery of the SU10 genome into the bacterial cytoplasm. It is likely that this mechanism of genome delivery, involving the formation of the tail nozzle, is employed by all Kuraviruses.
履歴
登録2022年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2022年12月28日-
現状2022年12月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14492.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14492.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 1296 pix.
= 1788.48 Å		1.38 Å/pix.
x 1296 pix.
= 1788.48 Å		1.38 Å/pix.
x 1296 pix.
= 1788.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.07505663 - 0.12993701
平均 (標準偏差)0.000572568 (±0.0045428597)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ129612961296
Spacing129612961296
セルA=B=C: 1788.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14492_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14492_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage vB_EcoP_SU10

全体名称: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major head protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative structural proteinタンパク質
    • タンパク質・ペプチド: AdaptorAdapter
    • タンパク質・ペプチド: Surface protein細胞膜
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail fiber
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail tip fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein

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超分子 #1: Escherichia phage vB_EcoP_SU10

超分子名称: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1519788 / 生物種: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 32 MDa

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分子 #1: Major head protein

分子名称: Major head protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 95 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
分子量理論値: 38.616457 KDa
配列文字列: MANPTLFVSY DQNGKKLSFA NWISVLSPQD TPFVSMTGKE SINQTIFSWQ TDALASVDGN NAHVEGSRAE DGEMKPTVIK SNVTQILRK VVRVSDTANT TANYGRGREL MYQLEKKGKE IKRDLEKILL SGQARTDVLA DQYLTNSAAD PAVAGLNDTH A ARKTGAFQ ...文字列:
MANPTLFVSY DQNGKKLSFA NWISVLSPQD TPFVSMTGKE SINQTIFSWQ TDALASVDGN NAHVEGSRAE DGEMKPTVIK SNVTQILRK VVRVSDTANT TANYGRGREL MYQLEKKGKE IKRDLEKILL SGQARTDVLA DQYLTNSAAD PAVAGLNDTH A ARKTGAFQ FLCAHGGLAG GVVDKTKNGP ADPDTGAVTV KVAQNASNPT TNIGFDEADI FDMTLQLYTA GSEADIIMIN PA HAKIFAG LQENTQGSRK RIFENTKQFI YEVNSITDPL GQSYKIIVNR WMPTDAVYFF RSADWTQMVL RAPKRTELAK DGS YEKWMI EMEVGLRHRN PYASGVLFTA AGKAAA

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分子 #2: Putative structural protein

分子名称: Putative structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
分子量理論値: 29.258613 KDa
配列文字列: MAIETNAVVI TDLNPLYPRD RDYIYEGAAQ IRLIKQTLQN TFPNVTEPVD IDSDTFKIMS EKLKFTGDAM DVGGLMIKNV TPGTGDKDV VTKGQMEAFM KNWMENKLYR IGSYYITEED INPGDSISLG FGSWAKVTGV IMGTGVVNPD GSVPNAQRVE F QAGGTGGR ...文字列:
MAIETNAVVI TDLNPLYPRD RDYIYEGAAQ IRLIKQTLQN TFPNVTEPVD IDSDTFKIMS EKLKFTGDAM DVGGLMIKNV TPGTGDKDV VTKGQMEAFM KNWMENKLYR IGSYYITEED INPGDSISLG FGSWAKVTGV IMGTGVVNPD GSVPNAQRVE F QAGGTGGR VFNTIRTENV PLMTVNGSSF SLSSNTHSHN MVFGRGDASG HNSSPNWYSP GGGYSQRTDN DTHTHTISGS VS LGRDDIS RQPINTLPPF RAAHIWRRIS

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分子 #3: Adaptor

分子名称: Adaptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
分子量理論値: 28.836395 KDa
配列文字列: MAMPDVQYPI NTYGWLKKAV ALWADRDDDE FVNQIPNFIN FAEKEIYRNL RIPPLEKEVY LDIKDGVAYI PPDYLEAQWM MRAKDGTIF QVTSPEEISY RRQHGTINPS HWNNQPVNFA RFGSRFIFYP SIEADTPYYP DDGSPLIPAE NSVILSYYAD P PEFHEDTD ...文字列:
MAMPDVQYPI NTYGWLKKAV ALWADRDDDE FVNQIPNFIN FAEKEIYRNL RIPPLEKEVY LDIKDGVAYI PPDYLEAQWM MRAKDGTIF QVTSPEEISY RRQHGTINPS HWNNQPVNFA RFGSRFIFYP SIEADTPYYP DDGSPLIPAE NSVILSYYAD P PEFHEDTD TSTILTIAPE LLLYFTLRHA CLFVQDDNGV QKWSALGKAI LDEMVEQNKK QEYSGSPIAI PNNMTRLQSS LP DIYGIRT SRV

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分子 #4: Surface protein

分子名称: Surface protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
分子量理論値: 110.352617 KDa
配列文字列: MALYPIKSLG AVGVIADQAP TDLAPNAFTN AINARFVEQR VFKTGGNAPL SYVDEDKDLT PLSFVSMPFD YYSAGNSFLV VGTNKKLYK LTDESLTDIS RKVATVTKKA SASIKIYPVV SQIVPKESTI SMNFNQTKNL EVSLLPADAN NTNLIWEVSN S SYGSITVD ...文字列:
MALYPIKSLG AVGVIADQAP TDLAPNAFTN AINARFVEQR VFKTGGNAPL SYVDEDKDLT PLSFVSMPFD YYSAGNSFLV VGTNKKLYK LTDESLTDIS RKVATVTKKA SASIKIYPVV SQIVPKESTI SMNFNQTKNL EVSLLPADAN NTNLIWEVSN S SYGSITVD PSDSKLATLT SFEKEGNLVV TISTANESVV AQIAVNIIDG DSGIFLSQDT VTIRKGGTTT LTAVTGKTPV TW SSNNASI VSVTPNANSL TAVITANGEG NVTITADNGT KTASCEIVSI PQIDSISLSQ SDVTVSRGSQ YILTATLSPA NAP NQNITW TSSNPNIATV SGTSTQGTIN ALLAGFTEIT ATTEEGNRVA VCTVRVDLAG RTMRTSAMAF AAPVSESVET QEEE VVTPP ESEETVYFAE PTSGIDTSGM YEGNNFYDYS NVNDIEGFAR ASLLATPLSS VTLDIVSASL DVGEEIVITA TASPE GEYS YQWSVDKTGY VSTTSVTGKS IKLVALRKGE INVTCTVSQM TQKDYDAFDD YPWYHAVISN CAVATTHYET PQVKEF ESE YFVDLPGWGE QTVVDNDGNP SVKKFNWKCE RVRSFNNRLF ALNMREANAS GVTTNYPLRL RWSNFANENK APTLWDD FA YDRVVSSDLA SNIVGQTQAL ENGYAGYIDL ADSNGSLIDI LPLKDYLFVY TEFETYIGSP TNNTYQPLMF KKLFNDSG I LAPECVVEVE GSHFVVTQND VILHNGATKK SIASNRVKNM LINEVCLVNP LATRVHLHQD KKEVWVLYVG PGEPKESFA CTKAAVWNYE FDTWSFRTIP YAQCIGLVDP PVLERGPIWS DFQEITWDDP SIKELVWRKD ATNFRQRVTI VGSFLKGFYQ VDVGALDYF YDRLNDVVIE KPLEMRLERT GIDFDNVTNE WNQKHINRFR PQTTGSGTYI FEAGGSQFSN EYGHPHTSKT Y TIGVDRHV SVRLNHPYLF YNVIDNDVNS NAAINGLTIE FAVGGRR

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分子 #5: Putative tail fiber

分子名称: Putative tail fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
分子量理論値: 83.558227 KDa
配列文字列: MIVYNNQAPD AVNNVGQFGA TEGSIGAYKQ AAEYAADSKY WALLAESKFG TIDDLIAEVE RLYQQGVLMK QDIEDLKQDF KDQDARLMS LIAQTNAAVS DANNAVALIN QKLIEVQNQL DVLLGMSVDV TTLPPGTPAT GSFNPNTGVI SLGIPEGEPG K DGSVKDLD ...文字列:
MIVYNNQAPD AVNNVGQFGA TEGSIGAYKQ AAEYAADSKY WALLAESKFG TIDDLIAEVE RLYQQGVLMK QDIEDLKQDF KDQDARLMS LIAQTNAAVS DANNAVALIN QKLIEVQNQL DVLLGMSVDV TTLPPGTPAT GSFNPNTGVI SLGIPEGEPG K DGSVKDLD TAPTGVPELG DLGFYVDKDD NTVHKTTLEN IANLTPSVRS VSVNGGPALD GEVALTINKE TVGLGNVLNV AQ YSRQEIN DKFDKTTKTY QSKAEAYADA QYRQVGEKVL VWEATKYEFY TVAANKTLTP VKTEGRILTV NSRSPDSSGN IDI TIPTGN PSLYLGEMVM FPYDPSKNIS YPGVLPADGR LVSKESASDL GPSLVSGQLP VVSETEWQSG AKQYFSWGKL ADGI TDADS TNFINIRLPD WTGGEAIRAP DSDKDSQYNG SVQAQKPYVV TVNNQAPDEI TGNVNISRSI LGAASSGANS DITSL SGLT TPLSISQGGT GAKDAASARS NLGLGSVSTL DNVPIASGGT GAGDAAGARF NLGLGNSATM NTGTNSDNVL KVGDFG IGR PDGALVFDTT SQDQLLAGLD TYGLCVFRNN QQIAAPWDIW NYSSNLFFRA GDTYSMISIP FESAGKIKVF GGASGSG WK TSRTVYDTVN TTVDVNGFIK AASPIVKVFH DGSFETNEQS DGVSVKKIST GVYLISGCLG LNSDAGWGGV DGGFEIPI D RNKQPRVWLD YEVKEDGSLL IKTYHRTHST SPAFARNELE GFSDGDPVDI PKDAFISVRV EMPSK

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分子 #6: Putative tail tip fiber protein

分子名称: Putative tail tip fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
分子量理論値: 35.30393 KDa
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MGAGGFRKNT GRNNTTLPYN VGFLNNVQDT ETYNVAVYDE LQKVSTATNQ MFQAIDEIHE EIDVRIKALN AMNLQFDELE NRITTEIET AIADIQTQMG NLSTEDIWDN SVQPPVKLES TVSGFKTSIE GNTTKIQTVE GIVNDQGQEI ALVQTELQNI N GSLSQYMK LSEYEATWGV NSTVNGRYAG VKLTNNGTNS QFQVTANKFI VGDGSSGNTP FVFEGGRARM EFADIKNVNI TT AQIANAR IQWAQIDNVS ISNAQIQNLS ADKITAGSMW GSNWRLTVGG DFVMGGTGGA QLWMNGNRID FYDGSGALRI RIG SW

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分子 #7: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
分子量理論値: 85.055344 KDa
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MAKQKYSEEV LDELRVDLQR RFNYAQGYVD MAVKGYAREA WEYFYGNLPA PVTAGSSSWV DRTVWESVNG TLQDIINVFC SGDEAVTFV ADNQQDSDAA DVATKLVNQI LLRDNPGYNI ISSAAQECLV TRNSFIKYYW DEQTSTQTEE AEGVPPEALA A YVQGLEAG GLKNLEVFTE ENEDGTVDVK VTYEQTVKRV KVEYVPSEQI FVDEHATSFA DAQYFCHRVR RSKEDLVAMG FP KDEIEAF NDWTDTMDTT QSTVAWSRTD WRQDIDADIG TDTEDIASMV WVYEHYIRTG VLDKNKESKL YQVIQAGEHI LHT EEVTHI PFVTFCPYPI PGSFYGQSVY DITKDIQDLR TALVRGYIDN VNNANYGRYK ALVGAYDRRS LLDNRPGGVV EMER QDAID LFPYHNLPQG IDGLLGMSEE LKETRTGVTK LGMGINPDVF KNDNAYATVG LMMNAAQNRL RMVCRNIAHN GMVEL MRGI YNLIRENGEV PIEVQTPRGM IQVNPKQLPA RHNLQVVVAI SPNEKAERAQ KLISLKQLIA ADAQLAPLFG LEQDRY MTA QIFELMGIKD THKYLLPLEQ YQPPEPSPME ILQLEMTKAQ VENVQASSQK MIADAFDQRE RTTFEQQKAA DELSLRQ EE LQFKQENAAD AMTLENRKED NNATLEQAKH KLALMQQQVR QYESVLKELQ MVMSHQVDQE KIVQQARVQD KTLELQKK E ANVTKKEQQA SLKDSRIPGK RLGSKK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンtrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
10.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
10.0 mMCaCl2calcium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細PFU 10^11

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 11780
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: SGD
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 9418
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7z4b:
Bacteriophage SU10 virion (C1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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