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- PDB-7qla: Structure of the Rab GEF complex Mon1-Ccz1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qla
タイトルStructure of the Rab GEF complex Mon1-Ccz1
要素
  • Ccz1
  • Vacuolar fusion protein MON1
キーワードENDOCYTOSIS / guanine nucleotide exchange factor / TLD Rab GEF / longin domains / PIP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protein targeting to vacuole / multivesicular body membrane / vacuolar membrane / vesicle-mediated transport / autophagy
類似検索 - 分子機能
Vacuolar fusion protein Mon1 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar fusion protein MON1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Klink, B.U. / Herrmann, E. / Antoni, C. / Langemeyer, L. / Kiontke, S. / Gatsogiannis, C. / Ungermann, C. / Raunser, S. / Kuemmel, D.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB944-P17 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structure of the Mon1-Ccz1 complex reveals molecular basis of membrane binding for Rab7 activation.
著者: Björn U Klink / Eric Herrmann / Claudia Antoni / Lars Langemeyer / Stephan Kiontke / Christos Gatsogiannis / Christian Ungermann / Stefan Raunser / Daniel Kümmel /
要旨: Activation of the GTPase Rab7/Ypt7 by its cognate guanine nucleotide exchange factor (GEF) Mon1-Ccz1 marks organelles such as endosomes and autophagosomes for fusion with lysosomes/vacuoles and ...Activation of the GTPase Rab7/Ypt7 by its cognate guanine nucleotide exchange factor (GEF) Mon1-Ccz1 marks organelles such as endosomes and autophagosomes for fusion with lysosomes/vacuoles and degradation of their content. Here, we present a high-resolution cryogenic electron microscopy structure of the Mon1-Ccz1 complex that reveals its architecture in atomic detail. Mon1 and Ccz1 are arranged side by side in a pseudo-twofold symmetrical heterodimer. The three Longin domains of each Mon1 and Ccz1 are triangularly arranged, providing a strong scaffold for the catalytic center of the GEF. At the opposite side of the Ypt7-binding site, a positively charged and relatively flat patch stretches the Longin domains 2/3 of Mon1 and functions as a phosphatidylinositol phosphate-binding site, explaining how the GEF is targeted to membranes. Our work provides molecular insight into the mechanisms of endosomal Rab activation and serves as a blueprint for understanding the function of members of the Tri Longin domain Rab-GEF family.
履歴
登録2021年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-14066
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar fusion protein MON1
C: Ccz1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,3522
ポリマ－133,3522
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar fusion protein MON1


分子量: 57571.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0067370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGS3
#2: タンパク質 Ccz1


分子量: 75780.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0067370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rab GEF complex Mon1-Ccz1 / タイプ: COMPLEX / 詳細: CtMon1 aa141-665; CtCcz1 aa1-796delta361-460 / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液pH: 7.3
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPES1
2250 mMNaCl1
31 mMMgCl21
40.5TCEP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 73 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11916
詳細: Images were collected in movie-mode with 4 frames per second
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE
画像スキャン動画フレーム数/画像: 60

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2EPU画像取得
4MotionCorr2CTF補正
9SPHIRE初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
13Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7155250
3次元再構成解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 911674 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036983
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5919467
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.597948
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421076
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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