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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bvr | |||||||||
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Title | DgpB-DgpC complex apo | |||||||||
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![]() | LYASE / C-deglycosylation / sugar phosphate isomerase/epimerase | |||||||||
Function / homology | Domain of unknown function DUF6379 / Domain of unknown function (DUF6379) / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / metal ion binding / : / DUF6379 domain-containing protein / Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mori, T. / He, H. / Abe, I. | |||||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: C-Glycoside metabolism in the gut and in nature: Identification, characterization, structural analyses and distribution of C-C bond-cleaving enzymes. Authors: Takahiro Mori / Takuto Kumano / Haibing He / Satomi Watanabe / Miki Senda / Toshio Moriya / Naruhiko Adachi / Sanae Hori / Yuzu Terashita / Masato Kawasaki / Yoshiteru Hashimoto / Takayoshi ...Authors: Takahiro Mori / Takuto Kumano / Haibing He / Satomi Watanabe / Miki Senda / Toshio Moriya / Naruhiko Adachi / Sanae Hori / Yuzu Terashita / Masato Kawasaki / Yoshiteru Hashimoto / Takayoshi Awakawa / Toshiya Senda / Ikuro Abe / Michihiko Kobayashi / ![]() Abstract: C-Glycosides, in which a sugar moiety is linked via a carbon-carbon (C-C) bond to a non-sugar moiety (aglycone), are found in our food and medicine. The C-C bond is cleaved by intestinal microbes and ...C-Glycosides, in which a sugar moiety is linked via a carbon-carbon (C-C) bond to a non-sugar moiety (aglycone), are found in our food and medicine. The C-C bond is cleaved by intestinal microbes and the resulting aglycones exert various bioactivities. Although the enzymes responsible for the reactions have been identified, their catalytic mechanisms and the generality of the reactions in nature remain to be explored. Here, we present the identification and structural basis for the activation of xenobiotic C-glycosides by heterocomplex C-deglycosylation enzymes from intestinal and soil bacteria. They are found to be metal-dependent enzymes exhibiting broad substrate specificity toward C-glycosides. X-ray crystallographic and cryo-electron microscopic analyses, as well as structure-based mutagenesis, reveal the structural details of these enzymes and the detailed catalytic mechanisms of their remarkable C-C bond cleavage reactions. Furthermore, bioinformatic and biochemical analyses suggest that the C-deglycosylation enzymes are widely distributed in the gut, soil, and marine bacteria. | |||||||||
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Structure visualization
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Data in CIF | ![]() | 93.4 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7bvsC ![]() 7drdSC ![]() 7dreC ![]() 7exbC ![]() 7exzC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
#1: Protein | Mass: 38457.039 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: dgpC / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 16062.067 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: dgpB / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 426 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Chemical | ChemComp-EPE / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 313 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 100 mM Tris (pH 8.5), 24% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 4M / Detector: PIXEL / Date: Nov 10, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→46.89 Å / Num. obs: 67240 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 38.07 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.66 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4482 / CC1/2: 0.821 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7DRD Resolution: 2.6→46.89 Å / SU ML: 0.3184 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.5926 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→46.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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