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- PDB-7pu7: DNA polymerase from M. tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pu7
タイトルDNA polymerase from M. tuberculosis
要素
  • DNA polymerase III subunit alpha
  • Template
  • primer
キーワードREPLICATION / Inhibitor / DNA Polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain ...Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-82W / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Borsellini, A. / Lamers, M.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2022
タイトル: DNA-Dependent Binding of Nargenicin to DnaE1 Inhibits Replication in .
著者: Melissa D Chengalroyen / Mandy K Mason / Alessandro Borsellini / Raffaella Tassoni / Garth L Abrahams / Sasha Lynch / Yong-Mo Ahn / Jon Ambler / Katherine Young / Brendan M Crowley / David B ...著者: Melissa D Chengalroyen / Mandy K Mason / Alessandro Borsellini / Raffaella Tassoni / Garth L Abrahams / Sasha Lynch / Yong-Mo Ahn / Jon Ambler / Katherine Young / Brendan M Crowley / David B Olsen / Digby F Warner / Clifton E Barry Iii / Helena I M Boshoff / Meindert H Lamers / Valerie Mizrahi /
要旨: Natural products provide a rich source of potential antimicrobials for treating infectious diseases for which drug resistance has emerged. Foremost among these diseases is tuberculosis. Assessment of ...Natural products provide a rich source of potential antimicrobials for treating infectious diseases for which drug resistance has emerged. Foremost among these diseases is tuberculosis. Assessment of the antimycobacterial activity of nargenicin, a natural product that targets the replicative DNA polymerase of , revealed that it is a bactericidal genotoxin that induces a DNA damage response in () and inhibits growth by blocking the replicative DNA polymerase, DnaE1. Cryo-electron microscopy revealed that binding of nargenicin to DnaE1 requires the DNA substrate such that nargenicin is wedged between the terminal base pair and the polymerase and occupies the position of both the incoming nucleotide and templating base. Comparative analysis across three bacterial species suggests that the activity of nargenicin is partly attributable to the DNA binding affinity of the replicative polymerase. This work has laid the foundation for target-led drug discovery efforts focused on DnaE1.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.32024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13654
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit alpha
T: Template
P: primer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,3347
ポリマ－139,6223
非ポリマー7124
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit alpha


分子量: 129479.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: dnaE1, dnaE, C0094_08490, DSI38_14925, E5M05_02710, E5M52_02685, E5M78_02685, ERS007703_00014, ERS007722_00056, ERS013471_00953, ERS094182_01482, F6W99_00105, SAMEA2683035_03173
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A045J099, DNA-directed DNA polymerase

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DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 TP

#2: DNA/RNAハイブリッド Template


分子量: 5944.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA/RNAハイブリッド primer


分子量: 4197.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-82W / [(1~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R},7~{S},8~{R},11~{S},13~{S},16~{S},17~{R},18~{E})-13-methoxy-5,17,19-trimethyl-6-oxidanyl-16-[(1~{R})-1-oxidanylethyl]-14-oxidanylidene-2,15-dioxatetracyclo[9.8.0.0^{1,7}.0^{3,8}]nonadeca-9,18-dien-4-yl] 1~{H}-pyrrole-2-carboxylate


分子量: 515.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H37NO8
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DNA polymerase from M. tuberculosis / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 129.3 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMPIPESC8H18N2O6S21
250 mMpotassium glutammateC5H10KNO41
32 mMDTTC4H10O2S21
40.01 %tween20C58H114O261
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 76 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7Coot9.03モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13REFMAC1.5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 196709 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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