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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7php | ||||||
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タイトル | Structure of Multidrug and Toxin Compound Extrusion (MATE) transporter NorM by NabFab-fiducial assisted cryo-EM | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / NabFab / anti-nanobody Fab / fiducial / NorM / MATE | ||||||
機能・相同性 | Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / Multidrug resistance protein NorM 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae RC385 (コレラ菌) synthetic construct (人工物) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | ||||||
データ登録者 | Bloch, J.S. / Mukherjee, S. / Kowal, J. / Niederer, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Kossiakoff, A.A. / Locher, K.P. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins. 著者: Joël S Bloch / Somnath Mukherjee / Julia Kowal / Ekaterina V Filippova / Martina Niederer / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher / 要旨: With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that ...With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that specifically and tightly bind these nanobodies without disturbing the nanobody-target protein interaction. Here, we describe the development of a synthetic Fab (termed NabFab) that binds the scaffold of an alpaca-derived nanobody with picomolar affinity. We demonstrate that upon complementary-determining region grafting onto this parent nanobody scaffold, nanobodies recognizing diverse target proteins and derived from llama or camel can cross-react with NabFab without loss of affinity. Using NabFab as a fiducial and size enhancer (50 kDa), we determined the high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of nanobody-bound VcNorM and ScaDMT, both small membrane proteins of ∼50 kDa. Using an additional anti-Fab nanobody further facilitated reliable initial three-dimensional structure determination from small cryo-EM test datasets. Given that NabFab is of synthetic origin, is humanized, and can be conveniently expressed in in large amounts, it may be useful not only for structural biology but also for biomedical applications. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins 著者: Bloch, J.S. / Mukherjee, S. / Kowal, J. / Filippova, E.V. / Niederer, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Kossiakoff, A.A. / Locher, K.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7php.cif.gz | 205.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7php.ent.gz | 159.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7php.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7php_validation.pdf.gz | 870 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7php_full_validation.pdf.gz | 879.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7php_validation.xml.gz | 42.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7php_validation.cif.gz | 65.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/7php ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/7php | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-抗体 , 4種, 4分子 HLNK
#2: 抗体 | 分子量: 25684.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#3: 抗体 | 分子量: 23258.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: 抗体 | 分子量: 14356.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#5: 抗体 | 分子量: 13390.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 22分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 52462.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae RC385 (コレラ菌) / 遺伝子: VCRC385_01100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7H904 |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of vibrio cholerae MATE transporter NorM, chimeric nanobody NorM-Nb17_4, NabFab, and anti-Fab nanobody タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 26 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 433995 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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