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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ojj | |||||||||
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タイトル | Lassa virus L protein with endonuclease and C-terminal domains in close proximity [MID-LINK] | |||||||||
要素 | RNA-directed RNA polymerase L | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Lassa virus RNA-dependent RNA polymerase viral RNA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lassa mammarenavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kouba, T. / Vogel, D. / Thorkelsson, S. / Quemin, E. / Williams, H.M. / Milewski, M. / Busch, C. / Gunther, S. / Grunewald, K. / Rosenthal, M. / Cusack, S. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Conformational changes in Lassa virus L protein associated with promoter binding and RNA synthesis activity. 著者: Tomas Kouba / Dominik Vogel / Sigurdur R Thorkelsson / Emmanuelle R J Quemin / Harry M Williams / Morlin Milewski / Carola Busch / Stephan Günther / Kay Grünewald / Maria Rosenthal / Stephen Cusack / 要旨: Lassa virus is endemic in West Africa and can cause severe hemorrhagic fever. The viral L protein transcribes and replicates the RNA genome via its RNA-dependent RNA polymerase activity. Here, we ...Lassa virus is endemic in West Africa and can cause severe hemorrhagic fever. The viral L protein transcribes and replicates the RNA genome via its RNA-dependent RNA polymerase activity. Here, we present nine cryo-EM structures of the L protein in the apo-, promoter-bound pre-initiation and active RNA synthesis states. We characterize distinct binding pockets for the conserved 3' and 5' promoter RNAs and show how full-promoter binding induces a distinct pre-initiation conformation. In the apo- and early elongation states, the endonuclease is inhibited by two distinct L protein peptides, whereas in the pre-initiation state it is uninhibited. In the early elongation state, a template-product duplex is bound in the active site cavity together with an incoming non-hydrolysable nucleotide and the full C-terminal region of the L protein, including the putative cap-binding domain, is well-ordered. These data advance our mechanistic understanding of how this flexible and multifunctional molecular machine is activated. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ojj.cif.gz | 335.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ojj.ent.gz | 263.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ojj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ojj_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ojj_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ojj_validation.xml.gz | 68.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ojj_validation.cif.gz | 101.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/7ojj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/7ojj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12953MC 7ochC 7oe3C 7oe7C 7oeaC 7oebC 7ojkC 7ojlC 7ojnC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 253656.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa mammarenavirus (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: A0A3S8NV63, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA-directed RNA polymerase L Lassa mammarenavirus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.253346 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 49.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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