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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nvh | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mycolic acid transporter MmpL3 from M. tuberculosis | |||||||||||||||||||||
要素 | Trehalose monomycolate exporter MmpL3 | |||||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORTER | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphatidylglycerol binding / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell tip / lipopolysaccharide transport / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding ...phosphatidylglycerol binding / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell tip / lipopolysaccharide transport / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding / peptidoglycan-based cell wall / regulation of membrane potential / membrane => GO:0016020 / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Adams, O. / Deme, J.C. / Parker, J.L. / Lea, S.M. / Newstead, S. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 6件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure and resistance landscape of M. tuberculosis MmpL3: An emergent therapeutic target. 著者: Oliver Adams / Justin C Deme / Joanne L Parker / / Philip W Fowler / Susan M Lea / Simon Newstead / 要旨: Tuberculosis (TB) is the leading cause of death from a single infectious agent and in 2019 an estimated 10 million people worldwide contracted the disease. Although treatments for TB exist, continual ...Tuberculosis (TB) is the leading cause of death from a single infectious agent and in 2019 an estimated 10 million people worldwide contracted the disease. Although treatments for TB exist, continual emergence of drug-resistant variants necessitates urgent development of novel antituberculars. An important new target is the lipid transporter MmpL3, which is required for construction of the unique cell envelope that shields Mycobacterium tuberculosis (Mtb) from the immune system. However, a structural understanding of the mutations in Mtb MmpL3 that confer resistance to the many preclinical leads is lacking, hampering efforts to circumvent resistance mechanisms. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of Mtb MmpL3 and use it to comprehensively analyze the mutational landscape of drug resistance. Our data provide a rational explanation for resistance variants local to the central drug binding site, and also highlight a potential alternative route to resistance operating within the periplasmic domain. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nvh.cif.gz | 134.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nvh.ent.gz | 102.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nvh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nvh_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nvh_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7nvh_validation.xml.gz | 38 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nvh_validation.cif.gz | 54.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/7nvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/7nvh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82525.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mmpL3, Rv0206c, MTCY08D5.01c, MTV033.14c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJV5, UniProt: A0A658HT16*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-AV0 / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mycolic acid transporter MmpL3 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 58.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 414082 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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