PDB-7nt6: CryoEM structure of the Nipah virus nucleocapsid spiral clam-shap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nt6

タイトル

CryoEM structure of the Nipah virus nucleocapsid spiral clam-shaped assembly

要素

Nucleoprotein
RNA (42-MER)
RNA (48-MER)

キーワード

VIRAL PROTEIN / Protein-RNA complex / Nucleocapsid

機能・相同性

機能・相同性情報

negative stranded viral RNA transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nipah virus (ウイルス)

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å

データ登録者

Ker, D.S. / Jenkins, H.T. / Greive, S.J. / Antson, A.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2021
タイトル: CryoEM structure of the Nipah virus nucleocapsid assembly.
著者: De-Sheng Ker / Huw T Jenkins / Sandra J Greive / Alfred A Antson /

要旨: Nipah and its close relative Hendra are highly pathogenic zoonotic viruses, storing their ssRNA genome in a helical nucleocapsid assembly formed by the N protein, a major viral immunogen. Here, we ...

履歴

登録	2021年3月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年7月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-12584 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-12584 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nt6_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nt6_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7nt6_validation.xml.gz	111.6 KB	表示
CIF形式データ	7nt6_validation.cif.gz	198.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/7nt6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/7nt6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	12584MC 12581C 12582C 12583C 7nt5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5334 6338 10689 9400 3696 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (2)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

E: Nucleoprotein

F: Nucleoprotein

G: Nucleoprotein

H: Nucleoprotein

I: Nucleoprotein

J: Nucleoprotein

K: Nucleoprotein

L: Nucleoprotein

M: Nucleoprotein

N: Nucleoprotein

O: Nucleoprotein

X: RNA (48-MER)

Z: RNA (42-MER)

937 kDa, 17 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	X	7 - 47
2	1	Z	1 - 41
1	2	A	32 - 367
2	2	B	32 - 367
1	3	A	32 - 367
2	3	C	32 - 367
1	4	A	32 - 367
2	4	D	32 - 367
1	5	A	32 - 367
2	5	E	32 - 367
1	6	A	32 - 367
2	6	F	32 - 367
1	7	A	32 - 367
2	7	G	32 - 367
1	8	A	32 - 367
2	8	H	32 - 367
1	9	A	32 - 367
2	9	I	32 - 367
1	10	A	32 - 367
2	10	J	32 - 367
1	11	A	32 - 367
2	11	K	32 - 367
1	12	A	32 - 367
2	12	L	32 - 367
1	13	A	32 - 367
2	13	M	32 - 367
1	14	A	32 - 367
2	14	N	32 - 367
1	15	A	32 - 366
2	15	O	32 - 366
1	16	B	4 - 368
2	16	C	4 - 368
1	17	B	4 - 368
2	17	D	4 - 368
1	18	B	4 - 368
2	18	E	4 - 368
1	19	B	4 - 368
2	19	F	4 - 368
1	20	B	4 - 369
2	20	G	4 - 369
1	21	B	4 - 368
2	21	H	4 - 368
1	22	B	4 - 368
2	22	I	4 - 368
1	23	B	4 - 368
2	23	J	4 - 368
1	24	B	4 - 368
2	24	K	4 - 368
1	25	B	4 - 368
2	25	L	4 - 368
1	26	B	4 - 369
2	26	M	4 - 369
1	27	B	4 - 368
2	27	N	4 - 368
1	28	B	4 - 366
2	28	O	4 - 366
1	29	C	4 - 371
2	29	D	4 - 371
1	30	C	4 - 370
2	30	E	4 - 370
1	31	C	4 - 370
2	31	F	4 - 370
1	32	C	4 - 371
2	32	G	4 - 371
1	33	C	4 - 370
2	33	H	4 - 370
1	34	C	4 - 370
2	34	I	4 - 370
1	35	C	4 - 370
2	35	J	4 - 370
1	36	C	4 - 370
2	36	K	4 - 370
1	37	C	4 - 370
2	37	L	4 - 385
1	38	C	4 - 368
2	38	M	4 - 368
1	39	C	4 - 370
2	39	N	4 - 370
1	40	C	4 - 366
2	40	O	4 - 366
1	41	D	4 - 370
2	41	E	4 - 370
1	42	D	4 - 370
2	42	F	4 - 370
1	43	D	4 - 371
2	43	G	4 - 371
1	44	D	4 - 370
2	44	H	4 - 370
1	45	D	4 - 370
2	45	I	4 - 370
1	46	D	4 - 370
2	46	J	4 - 370
1	47	D	4 - 370
2	47	K	4 - 370
1	48	D	4 - 370
2	48	L	4 - 385
1	49	D	4 - 368
2	49	M	4 - 368
1	50	D	4 - 370
2	50	N	4 - 370
1	51	D	4 - 366
2	51	O	4 - 366
1	52	E	4 - 393
2	52	F	4 - 393
1	53	E	4 - 372
2	53	G	4 - 372
1	54	E	4 - 394
2	54	H	4 - 394
1	55	E	4 - 393
2	55	I	4 - 393
1	56	E	4 - 394
2	56	J	4 - 394
1	57	E	4 - 393
2	57	K	4 - 393
1	58	E	4 - 393
2	58	L	4 - 393
1	59	E	4 - 368
2	59	M	4 - 368
1	60	E	4 - 372
2	60	N	4 - 372
1	61	E	4 - 366
2	61	O	4 - 366
1	62	F	4 - 372
2	62	G	4 - 372
1	63	F	4 - 394
2	63	H	4 - 394
1	64	F	4 - 397
2	64	I	4 - 397
1	65	F	4 - 396
2	65	J	4 - 396
1	66	F	4 - 393
2	66	K	4 - 393
1	67	F	4 - 393
2	67	L	4 - 393
1	68	F	4 - 368
2	68	M	4 - 368
1	69	F	4 - 372
2	69	N	4 - 372
1	70	F	4 - 366
2	70	O	4 - 366
1	71	G	4 - 372
2	71	H	4 - 376
1	72	G	4 - 372
2	72	I	4 - 372
1	73	G	4 - 372
2	73	J	4 - 372
1	74	G	4 - 372
2	74	K	4 - 372
1	75	G	4 - 373
2	75	L	4 - 388
1	76	G	4 - 369
2	76	M	4 - 369
1	77	G	4 - 373
2	77	N	4 - 373
1	78	G	4 - 367
2	78	O	4 - 367
1	79	H	4 - 394
2	79	I	4 - 394
1	80	H	4 - 394
2	80	J	4 - 394
1	81	H	4 - 393
2	81	K	4 - 393
1	82	H	4 - 393
2	82	L	4 - 393
1	83	H	4 - 368
2	83	M	4 - 368
1	84	H	4 - 376
2	84	N	4 - 372
1	85	H	4 - 366
2	85	O	4 - 366
1	86	I	4 - 396
2	86	J	4 - 396
1	87	I	4 - 393
2	87	K	4 - 393
1	88	I	4 - 393
2	88	L	4 - 393
1	89	I	4 - 368
2	89	M	4 - 368
1	90	I	4 - 372
2	90	N	4 - 372
1	91	I	4 - 366
2	91	O	4 - 366
1	92	J	4 - 392
2	92	K	4 - 392
1	93	J	4 - 382
2	93	L	4 - 392
1	94	J	4 - 368
2	94	M	4 - 368
1	95	J	4 - 372
2	95	N	4 - 372
1	96	J	4 - 366
2	96	O	4 - 366
1	97	K	4 - 382
2	97	L	4 - 392
1	98	K	4 - 368
2	98	M	4 - 368
1	99	K	4 - 372
2	99	N	4 - 372
1	100	K	4 - 366
2	100	O	4 - 366
1	101	L	4 - 368
2	101	M	4 - 368
1	102	L	4 - 387
2	102	N	4 - 372
1	103	L	4 - 366
2	103	O	4 - 366
1	104	M	4 - 368
2	104	N	4 - 368
1	105	M	4 - 366
2	105	O	4 - 366
1	106	N	4 - 366
2	106	O	4 - 366

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Protein N / Nucleocapsid protein 分子量: 60609.484 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9IK92
#2: RNA鎖	RNA (48-MER) 分子量: 14650.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: RNA鎖	RNA (42-MER) 分子量: 12814.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	Nipah virus nucleocapsid Protein-RNA complex	COMPLEX	all	0	RECOMBINANT
2	Nucleoprotein	COMPLEX	#1	1	RECOMBINANT
3	RNA (48-MER)	COMPLEX	#2	1	RECOMBINANT
4	RNA (42-MER)	COMPLEX	#3	1	RECOMBINANT

分子量

値: 1 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	2	Nipah virus (ウイルス)	121791
2	3	Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)	469008
3	4	Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)	469008

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	2	Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)	469008
2	3	Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)	469008
3	4	Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)	469008

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	Tris	C₄H₁₁NO₃	1
2	300 mM	sodium chloride	NaCl	1

試料

濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 41 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	RELION	3	粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	CTFFIND	4	CTF補正
7	UCSF Chimera	1.13	モデルフィッティング
11	RELION	3.1beta	分類
12	RELION	3.1beta	３次元再構成
19	REFMAC	5.8.0267	モデル精密化
20	PHENIX	1.17	モデル精密化
21	ERRASER	2	モデル精密化
22	ISOLDE	0.9	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 217522

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23029 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT

原子モデル構築

PDB-ID: 7NT5

7nt5

PDB chain-ID: H / Accession code: 7NT5 / Pdb chain residue range: 4-397 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

解像度: 4.3→201.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / SU B: 81.568 / SU ML: 0.79 / ESU R: 0.757
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.27534	-	-
obs	0.27534	155589	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION

原子変位パラメータ

B_iso mean: 113.558 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.36 Å²	2.6 Å²	0.4 Å²
2-	-	5.19 Å²	-7.1 Å²
3-	-	-	-1.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 合計: 24128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.011	0.011	24281
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	1.96	1.538	30887
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	8.138	5	5557
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.123	0.2	360
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	23038
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	19.206	21.259	22303
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	28.663	31.778	27835
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	14.11	23.173	1978
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_refined	35.24		88366
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	X	5720	0.16
1	2	Z	5720	0.16
2	1	A	9520	0.04
2	2	B	9520	0.04
3	1	A	9540	0.04
3	2	C	9540	0.04
4	1	A	9516	0.04
4	2	D	9516	0.04
5	1	A	9490	0.04
5	2	E	9490	0.04
6	1	A	9498	0.05
6	2	F	9498	0.05
7	1	A	9470	0.04
7	2	G	9470	0.04
8	1	A	9536	0.04
8	2	H	9536	0.04
9	1	A	9506	0.04
9	2	I	9506	0.04
10	1	A	9482	0.04
10	2	J	9482	0.04
11	1	A	9524	0.04
11	2	K	9524	0.04
12	1	A	9524	0.04
12	2	L	9524	0.04
13	1	A	9526	0.03
13	2	M	9526	0.03
14	1	A	9498	0.04
14	2	N	9498	0.04
15	1	A	9464	0.04
15	2	O	9464	0.04
16	1	B	10468	0.04
16	2	C	10468	0.04
17	1	B	10482	0.03
17	2	D	10482	0.03
18	1	B	10454	0.04
18	2	E	10454	0.04
19	1	B	10428	0.04
19	2	F	10428	0.04
20	1	B	10272	0.05
20	2	G	10272	0.05
21	1	B	10490	0.04
21	2	H	10490	0.04
22	1	B	10508	0.03
22	2	I	10508	0.03
23	1	B	10430	0.05
23	2	J	10430	0.05
24	1	B	10510	0.04
24	2	K	10510	0.04
25	1	B	10494	0.04
25	2	L	10494	0.04
26	1	B	10524	0.03
26	2	M	10524	0.03
27	1	B	10468	0.04
27	2	N	10468	0.04
28	1	B	10358	0.05
28	2	O	10358	0.05
29	1	C	10542	0.04
29	2	D	10542	0.04
30	1	C	10488	0.05
30	2	E	10488	0.05
31	1	C	10476	0.04
31	2	F	10476	0.04
32	1	C	10334	0.04
32	2	G	10334	0.04
33	1	C	10512	0.05
33	2	H	10512	0.05
34	1	C	10520	0.04
34	2	I	10520	0.04
35	1	C	10478	0.05
35	2	J	10478	0.05
36	1	C	10530	0.04
36	2	K	10530	0.04
37	1	C	10494	0.05
37	2	L	10494	0.05
38	1	C	10486	0.03
38	2	M	10486	0.03
39	1	C	10504	0.05
39	2	N	10504	0.05
40	1	C	10360	0.04
40	2	O	10360	0.04
41	1	D	10518	0.04
41	2	E	10518	0.04
42	1	D	10488	0.04
42	2	F	10488	0.04
43	1	D	10318	0.04
43	2	G	10318	0.04
44	1	D	10530	0.04
44	2	H	10530	0.04
45	1	D	10530	0.04
45	2	I	10530	0.04
46	1	D	10488	0.05
46	2	J	10488	0.05
47	1	D	10554	0.04
47	2	K	10554	0.04
48	1	D	10520	0.04
48	2	L	10520	0.04
49	1	D	10506	0.03
49	2	M	10506	0.03
50	1	D	10518	0.04
50	2	N	10518	0.04
51	1	D	10368	0.05
51	2	O	10368	0.05
52	1	E	10696	0.05
52	2	F	10696	0.05
53	1	E	10330	0.04
53	2	G	10330	0.04
54	1	E	10678	0.04
54	2	H	10678	0.04
55	1	E	10752	0.03
55	2	I	10752	0.03
56	1	E	10704	0.06
56	2	J	10704	0.06
57	1	E	10770	0.04
57	2	K	10770	0.04
58	1	E	10600	0.04
58	2	L	10600	0.04
59	1	E	10470	0.04
59	2	M	10470	0.04
60	1	E	10552	0.04
60	2	N	10552	0.04
61	1	E	10348	0.04
61	2	O	10348	0.04
62	1	F	10334	0.05
62	2	G	10334	0.05
63	1	F	10652	0.05
63	2	H	10652	0.05
64	1	F	10760	0.06
64	2	I	10760	0.06
65	1	F	10734	0.06
65	2	J	10734	0.06
66	1	F	10728	0.06
66	2	K	10728	0.06
67	1	F	10562	0.05
67	2	L	10562	0.05
68	1	F	10446	0.04
68	2	M	10446	0.04
69	1	F	10512	0.05
69	2	N	10512	0.05
70	1	F	10350	0.05
70	2	O	10350	0.05
71	1	G	10330	0.04
71	2	H	10330	0.04
72	1	G	10336	0.03
72	2	I	10336	0.03
73	1	G	10294	0.05
73	2	J	10294	0.05
74	1	G	10358	0.04
74	2	K	10358	0.04
75	1	G	10338	0.04
75	2	L	10338	0.04
76	1	G	10288	0.04
76	2	M	10288	0.04
77	1	G	10360	0.04
77	2	N	10360	0.04
78	1	G	10230	0.04
78	2	O	10230	0.04
79	1	H	10724	0.04
79	2	I	10724	0.04
80	1	H	10682	0.06
80	2	J	10682	0.06
81	1	H	10752	0.04
81	2	K	10752	0.04
82	1	H	10646	0.03
82	2	L	10646	0.03
83	1	H	10498	0.04
83	2	M	10498	0.04
84	1	H	10554	0.03
84	2	N	10554	0.03
85	1	H	10386	0.04
85	2	O	10386	0.04
86	1	I	10792	0.06
86	2	J	10792	0.06
87	1	I	10826	0.03
87	2	K	10826	0.03
88	1	I	10628	0.03
88	2	L	10628	0.03
89	1	I	10502	0.03
89	2	M	10502	0.03
90	1	I	10560	0.03
90	2	N	10560	0.03
91	1	I	10362	0.03
91	2	O	10362	0.03
92	1	J	10862	0.06
92	2	K	10862	0.06
93	1	J	10520	0.06
93	2	L	10520	0.06
94	1	J	10440	0.04
94	2	M	10440	0.04
95	1	J	10490	0.06
95	2	N	10490	0.06
96	1	J	10320	0.05
96	2	O	10320	0.05
97	1	K	10618	0.03
97	2	L	10618	0.03
98	1	K	10524	0.03
98	2	M	10524	0.03
99	1	K	10588	0.03
99	2	N	10588	0.03
100	1	K	10382	0.03
100	2	O	10382	0.03
101	1	L	10522	0.03
101	2	M	10522	0.03
102	1	L	10550	0.03
102	2	N	10550	0.03
103	1	L	10388	0.03
103	2	O	10388	0.03
104	1	M	10492	0.04
104	2	N	10492	0.04
105	1	M	10374	0.04
105	2	O	10374	0.04
106	1	N	10398	0.04
106	2	O	10398	0.04

LS精密化シェル

解像度: 4.3→4.412 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0	0	-
R_work	0.576	11513	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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