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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nsu | ||||||
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タイトル | ColicinE9 intact translocation complex | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / bacteriocin complex / import / membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type vitamin B12 transporter activity / colicin transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / cell cycle / cobalamin transport / protein import / porin activity / monoatomic ion channel complex / pore complex / protein homotrimerization ...ABC-type vitamin B12 transporter activity / colicin transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / cell cycle / cobalamin transport / protein import / porin activity / monoatomic ion channel complex / pore complex / protein homotrimerization / transmembrane transporter complex / monoatomic ion channel activity / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / endonuclease activity / killing of cells of another organism / periplasmic space / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / cell division / lipid binding / calcium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||
データ登録者 | Webby, M.N. / Kleanthous, C. / Lukoyanova, N. / Housden, N.G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Porin threading drives receptor disengagement and establishes active colicin transport through Escherichia coli OmpF. 著者: Marie-Louise R Francis / Melissa N Webby / Nicholas G Housden / Renata Kaminska / Emma Elliston / Boonyaporn Chinthammit / Natalya Lukoyanova / Colin Kleanthous / 要旨: Bacteria deploy weapons to kill their neighbours during competition for resources and to aid survival within microbiomes. Colicins were the first such antibacterial system identified, yet how these ...Bacteria deploy weapons to kill their neighbours during competition for resources and to aid survival within microbiomes. Colicins were the first such antibacterial system identified, yet how these bacteriocins cross the outer membrane (OM) of Escherichia coli is unknown. Here, by solving the structures of translocation intermediates via cryo-EM and by imaging toxin import, we uncover the mechanism by which the Tol-dependent nuclease colicin E9 (ColE9) crosses the bacterial OM. We show that threading of ColE9's disordered N-terminal domain through two pores of the trimeric porin OmpF causes the colicin to disengage from its primary receptor, BtuB, and reorganises the translocon either side of the membrane. Subsequent import of ColE9 through the lumen of a single OmpF subunit is driven by the proton-motive force, which is delivered by the TolQ-TolR-TolA-TolB assembly. Our study answers longstanding questions, such as why OmpF is a better translocator than OmpC, and reconciles the mechanisms by which both Tol- and Ton-dependent bacteriocins cross the bacterial outer membrane. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nsu.cif.gz | 756.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nsu.ent.gz | 639.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nsu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nsu_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nsu_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7nsu_validation.xml.gz | 77.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nsu_validation.cif.gz | 115.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37114.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ompF, cmlB, coa, cry, tolF, b0929, JW0912 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02931 #2: タンパク質 | | 分子量: 61707.246 Da / 分子数: 1 / Mutation: A33C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: col, cei / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P09883, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #3: タンパク質 | | 分子量: 46000.285 Da / 分子数: 1 / Mutation: P201C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: tolB, FAZ83_17845 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6D2XIU5 #4: タンパク質 | | 分子量: 66386.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: btuB, bfe, cer, dcrC, b3966, JW3938 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06129 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ColicinE9 intact translocon complex / タイプ: COMPLEX 詳細: Bacteriocin colicinE9 bound to outer membrane protein receptor BtuB and translocator ompF. Disulphide linked to tolB. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.256 MDa |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: PELCO easiGlow, Ted Pella Inc, USA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 92 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: 3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec ...詳細: 3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 47619 X / 倍率(補正後): 47755 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Calibrated defocus min: 1230 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 49 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: data recorded as gain corrected mrc files | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83697 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 198.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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