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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lhh | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E. coli P pilus tip assembly intermediate PapC-PapD-PapK-PapG in the second conformation | |||||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / Cryo-EM / Uropathogenic Escherichia coli / chaperone-usher / P pilus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / chaperone-mediated protein folding / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / cell adhesion / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Du, M. / Yuan, Z. / Werneburg, G. / Henderson, N. / Chauhan, H. / Kovach, A. / Zhao, G. / Johl, J. / Li, H. / Thanassi, D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Processive dynamics of the usher assembly platform during uropathogenic Escherichia coli P pilus biogenesis. 著者: Minge Du / Zuanning Yuan / Glenn T Werneburg / Nadine S Henderson / Hemil Chauhan / Amanda Kovach / Gongpu Zhao / Jessica Johl / Huilin Li / David G Thanassi / 要旨: Uropathogenic Escherichia coli assemble surface structures termed pili or fimbriae to initiate infection of the urinary tract. P pili facilitate bacterial colonization of the kidney and ...Uropathogenic Escherichia coli assemble surface structures termed pili or fimbriae to initiate infection of the urinary tract. P pili facilitate bacterial colonization of the kidney and pyelonephritis. P pili are assembled through the conserved chaperone-usher pathway. Much of the structural and functional understanding of the chaperone-usher pathway has been gained through investigations of type 1 pili, which promote binding to the bladder and cystitis. In contrast, the structural basis for P pilus biogenesis at the usher has remained elusive. This is in part due to the flexible and variable-length P pilus tip fiber, creating structural heterogeneity, and difficulties isolating stable P pilus assembly intermediates. Here, we circumvent these hindrances and determine cryo-electron microscopy structures of the activated PapC usher in the process of secreting two- and three-subunit P pilus assembly intermediates, revealing processive steps in P pilus biogenesis and capturing new conformational dynamics of the usher assembly machine. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lhh.cif.gz | 269.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lhh.ent.gz | 214 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lhh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lhh_validation.pdf.gz | 745.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lhh_full_validation.pdf.gz | 763.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7lhh_validation.xml.gz | 44.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lhh_validation.cif.gz | 66.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/7lhh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/7lhh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88746.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: papC, GE554_23855, HJR83_004260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A773A954 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24589.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: papD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15319 |
#3: タンパク質 | 分子量: 18895.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: papK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62532 |
#4: タンパク質 | 分子量: 37620.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: papG-II, HJS42_005082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A798R8B8 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PapCDKG / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 131650 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |