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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kck | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with AMP-PNP | |||||||||||||||||||||
要素 | Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial | |||||||||||||||||||||
キーワード | CHAPERONE / Hsp90 / TRAP1 | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial intermembrane space ...translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial intermembrane space / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Liu, Y.X. / Agard, D.A. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM reveals the dynamic interplay between mitochondrial Hsp90 and SdhB folding intermediates 著者: Liu, Y.X. / Agard, D.A. / Elnatan, D. / Sun, M. / Myasnikov, A.G. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kck.cif.gz | 231.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kck.ent.gz | 182.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kck_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kck_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kck_validation.xml.gz | 51 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kck_validation.cif.gz | 74.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kck | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74177.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAP1, HSP75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12931 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human Trap1 dimer with AMP-PNP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.147 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: CTFFIND / カテゴリ: CTF補正 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 180584 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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