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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k5k | ||||||
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タイトル | Plasmodium vivax M17 leucyl aminopeptidase Pv-M17 | ||||||
要素 | M17 leucyl aminopeptidase, putative | ||||||
キーワード | HYDROLASE / M17 aminopeptidase / leucyl aminopeptidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Malcolm, T.R. / McGowan, S. / Belousoff, M.J. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021 タイトル: Active site metals mediate an oligomeric equilibrium in Plasmodium M17 aminopeptidases. 著者: Tess R Malcolm / Matthew J Belousoff / Hariprasad Venugopal / Natalie A Borg / Nyssa Drinkwater / Sarah C Atkinson / Sheena McGowan / 要旨: M17 leucyl aminopeptidases are metal-dependent exopeptidases that rely on oligomerization to diversify their functional roles. The M17 aminopeptidases from Plasmodium falciparum (PfA-M17) and ...M17 leucyl aminopeptidases are metal-dependent exopeptidases that rely on oligomerization to diversify their functional roles. The M17 aminopeptidases from Plasmodium falciparum (PfA-M17) and Plasmodium vivax (Pv-M17) function as catalytically active hexamers to generate free amino acids from human hemoglobin and are drug targets for the design of novel antimalarial agents. However, the molecular basis for oligomeric assembly is not fully understood. In this study, we found that the active site metal ions essential for catalytic activity have a secondary structural role mediating the formation of active hexamers. We found that PfA-M17 and Pv-M17 exist in a metal-dependent dynamic equilibrium between active hexameric species and smaller inactive species that can be controlled by manipulating the identity and concentration of metals available. Mutation of residues involved in metal ion binding impaired catalytic activity and the formation of active hexamers. Structural resolution of Pv-M17 by cryoelectron microscopy and X-ray crystallography together with solution studies revealed that PfA-M17 and Pv-M17 bind metal ions and substrates in a conserved fashion, although Pv-M17 forms the active hexamer more readily and processes substrates faster than PfA-M17. On the basis of these studies, we propose a dynamic equilibrium between monomer ↔ dimer ↔ tetramer ↔ hexamer, which becomes directional toward the large oligomeric states with the addition of metal ions. This sophisticated metal-dependent dynamic equilibrium may apply to other M17 aminopeptidases and underpin the moonlighting capabilities of this enzyme family. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k5k.cif.gz | 526.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k5k.ent.gz | 433.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k5k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7k5k_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7k5k_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7k5k_validation.xml.gz | 87.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7k5k_validation.cif.gz | 137.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/7k5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/7k5k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60442.328 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) 遺伝子: PVC01_120064700, PVP01_1260800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1G4HHP8, UniProt: A5K3U9*PLUS, leucyl aminopeptidase #2: 化合物 | ChemComp-CO3 / #3: 化合物 | ChemComp-MN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PvM17-hexamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Blot for 3 seconds with blot force of -1. Drain time of 1 second. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 63 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32326 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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