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- PDB-6wvv: Plasmodium vivax M17 leucyl aminopeptidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wvv
タイトルPlasmodium vivax M17 leucyl aminopeptidase
要素M17 leucyl aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / M17 Leucyl Aminopeptidase / Metalloprotease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like ...Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Leucine aminopeptidase / Leucine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Malcolm, T.R. / Drinkwater, N. / McGowan, S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1185354 オーストラリア
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021
タイトル: Active site metals mediate an oligomeric equilibrium in Plasmodium M17 aminopeptidases.
著者: Tess R Malcolm / Matthew J Belousoff / Hariprasad Venugopal / Natalie A Borg / Nyssa Drinkwater / Sarah C Atkinson / Sheena McGowan /
要旨: M17 leucyl aminopeptidases are metal-dependent exopeptidases that rely on oligomerization to diversify their functional roles. The M17 aminopeptidases from Plasmodium falciparum (PfA-M17) and ...M17 leucyl aminopeptidases are metal-dependent exopeptidases that rely on oligomerization to diversify their functional roles. The M17 aminopeptidases from Plasmodium falciparum (PfA-M17) and Plasmodium vivax (Pv-M17) function as catalytically active hexamers to generate free amino acids from human hemoglobin and are drug targets for the design of novel antimalarial agents. However, the molecular basis for oligomeric assembly is not fully understood. In this study, we found that the active site metal ions essential for catalytic activity have a secondary structural role mediating the formation of active hexamers. We found that PfA-M17 and Pv-M17 exist in a metal-dependent dynamic equilibrium between active hexameric species and smaller inactive species that can be controlled by manipulating the identity and concentration of metals available. Mutation of residues involved in metal ion binding impaired catalytic activity and the formation of active hexamers. Structural resolution of Pv-M17 by cryoelectron microscopy and X-ray crystallography together with solution studies revealed that PfA-M17 and Pv-M17 bind metal ions and substrates in a conserved fashion, although Pv-M17 forms the active hexamer more readily and processes substrates faster than PfA-M17. On the basis of these studies, we propose a dynamic equilibrium between monomer ↔ dimer ↔ tetramer ↔ hexamer, which becomes directional toward the large oligomeric states with the addition of metal ions. This sophisticated metal-dependent dynamic equilibrium may apply to other M17 aminopeptidases and underpin the moonlighting capabilities of this enzyme family.
履歴
登録2020年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M17 leucyl aminopeptidase
B: M17 leucyl aminopeptidase
C: M17 leucyl aminopeptidase
D: M17 leucyl aminopeptidase
E: M17 leucyl aminopeptidase
F: M17 leucyl aminopeptidase
G: M17 leucyl aminopeptidase
H: M17 leucyl aminopeptidase
I: M17 leucyl aminopeptidase
J: M17 leucyl aminopeptidase
K: M17 leucyl aminopeptidase
L: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)706,57896
ポリマ－699,24212
非ポリマー7,33584
水25,9601441
1
A: M17 leucyl aminopeptidase
B: M17 leucyl aminopeptidase
C: M17 leucyl aminopeptidase
D: M17 leucyl aminopeptidase
E: M17 leucyl aminopeptidase
F: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,45460
ポリマ－349,6216
非ポリマー4,83354
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38440 Å2
ΔGint-746 kcal/mol
Surface area99670 Å2
手法PISA
2
G: M17 leucyl aminopeptidase
H: M17 leucyl aminopeptidase
I: M17 leucyl aminopeptidase
J: M17 leucyl aminopeptidase
K: M17 leucyl aminopeptidase
L: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,12436
ポリマ－349,6216
非ポリマー2,50230
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29290 Å2
ΔGint-751 kcal/mol
Surface area94910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.035, 201.549, 166.224
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.013, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
M17 leucyl aminopeptidase


分子量: 58270.199 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVC01_120064700, PVP01_1260800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1G4HHP8, UniProt: A5K3U9*PLUS, leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 5種, 1525分子

#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 17% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 6.5, 0.15 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→48.95 Å / Num. obs: 327356 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 35.02 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 0.54 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 15478 / CC1/2: 0.408 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KQZ

3kqz


解像度: 2.33→44.32 Å / SU ML: 0.2867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4933
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 15699 4.99 %
Rwork0.2054 298718 -
obs0.2073 314417 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43042 0 378 1441 44861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002544121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.497559786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00247576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.90576200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.360.31475350.27889890X-RAY DIFFRACTION99.94
2.36-2.380.29324980.25849942X-RAY DIFFRACTION99.94
2.38-2.410.3144980.26489963X-RAY DIFFRACTION99.94
2.41-2.440.30995270.26149946X-RAY DIFFRACTION99.9
2.44-2.480.28775020.25659978X-RAY DIFFRACTION99.91
2.48-2.510.28585330.25399889X-RAY DIFFRACTION99.88
2.51-2.550.3094840.25549985X-RAY DIFFRACTION99.98
2.55-2.580.29955330.24659875X-RAY DIFFRACTION99.89
2.58-2.620.29525400.23869921X-RAY DIFFRACTION99.88
2.62-2.670.29555150.23719967X-RAY DIFFRACTION99.85
2.67-2.710.28545380.2379936X-RAY DIFFRACTION99.78
2.71-2.760.28615170.23479848X-RAY DIFFRACTION99.45
2.76-2.820.28225450.22159938X-RAY DIFFRACTION99.93
2.82-2.870.27635240.22169960X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.940.26415630.21049910X-RAY DIFFRACTION100
2.94-30.26075320.20689956X-RAY DIFFRACTION100
3-3.080.25134940.21259975X-RAY DIFFRACTION99.98
3.08-3.160.26265050.21489965X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.260.26145030.20979996X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.360.24435820.19619866X-RAY DIFFRACTION99.98
3.36-3.480.23655450.1929945X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.620.24515000.20059973X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.780.23015080.18610003X-RAY DIFFRACTION100
3.78-3.980.21275350.18189952X-RAY DIFFRACTION99.99
3.98-4.230.20195560.16999955X-RAY DIFFRACTION100
4.23-4.560.17985200.16399982X-RAY DIFFRACTION99.99
4.56-5.020.20145500.16749966X-RAY DIFFRACTION99.99
5.02-5.740.23094810.20310068X-RAY DIFFRACTION99.99
5.74-7.230.24035240.216910049X-RAY DIFFRACTION100
7.23-44.320.22385120.203610119X-RAY DIFFRACTION99.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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