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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k08 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the nonameric EscV cytosolic domain from the type III secretion system | ||||||||||||
要素 | Translocator EscV | ||||||||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Injectisome / Nonamer / Export Apparatus / Secretion | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli O127:H6 (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Majewski, D.D. / Lyons, B.J.E. / Atkinson, C.E. / Strynadka, N.C.J. | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM analysis of the SctV cytosolic domain from the enteropathogenic E. coli T3SS injectisome. 著者: Dorothy D Majewski / Bronwyn J E Lyons / Claire E Atkinson / Natalie C J Strynadka / 要旨: The bacterial injectisome and flagella both rely on type III secretion systems for their assembly. The syringe-like injectisome creates a continuous channel between the bacterium and the host cell, ...The bacterial injectisome and flagella both rely on type III secretion systems for their assembly. The syringe-like injectisome creates a continuous channel between the bacterium and the host cell, through which signal-modulating effector proteins are secreted. The inner membrane pore protein SctV controls the hierarchy of substrate selection and may also be involved in energizing secretion. We present the 4.7 Å cryo-EM structure of the SctV cytosolic domain (SctV) from the enteropathogenic Escherichia coli injectisome. SctV forms a nonameric ring with primarily electrostatic interactions between its subunits. Molecular dynamics simulations show that monomeric SctV maintains a closed conformation, in contrast with previous studies on flagellar homologue FlhA. Comparison with substrate-bound homologues suggest that a conformational change would be required to accommodate binding partners. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k08.cif.gz | 1000.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k08.ent.gz | 832.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k08.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7k08_validation.pdf.gz | 843.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7k08_full_validation.pdf.gz | 894.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7k08_validation.xml.gz | 88.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7k08_validation.cif.gz | 118.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k08 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39081.633 Da / 分子数: 9 / 断片: cytosolic domain (UNP residues 338-675) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌) 株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: escV, E2348C_3949 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UMA7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EscV Cytosolic Nonamer Ring / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C9 (9回回転対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83566 / 対称性のタイプ: POINT |