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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6wa6 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the Chlamydia pneumoniae CdsV protein | ||||||
Components | Low calcium response locus protein D | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Type III secretion / protein secretion / effector secretion | ||||||
| Function / homology | Type III secretion protein HrcV / FHIPEP, domain 1 / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family / protein secretion / plasma membrane / Low calcium response D Function and homology information | ||||||
| Biological species | Chlamydia pneumoniae (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIRAS / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Jensen, J.L. / Spiller, B.W. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2020Title: "The structure of the Type III secretion system export gate with CdsO, an ATPase lever arm". Authors: Jensen, J.L. / Yamini, S. / Rietsch, A. / Spiller, B.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6wa6.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6wa6.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6wa6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6wa6_validation.pdf.gz | 532.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6wa6_full_validation.pdf.gz | 584.7 KB | Display | |
| Data in XML | 6wa6_validation.xml.gz | 105.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 6wa6_validation.cif.gz | 140.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wa6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wa6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 43706.141 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlamydia pneumoniae (bacteria)Gene: lcrD, CP_0434, CPn_0323, BN1224_CV15_B_02600, BN1224_GiD_A_03360, BN1224_H12_DC_00060, BN1224_MUL2216_E_00600, BN1224_Panola_E_01450, BN1224_PB1_B_03220, BN1224_U1271_C_01630, BN1224_UZG1_A_ ...Gene: lcrD, CP_0434, CPn_0323, BN1224_CV15_B_02600, BN1224_GiD_A_03360, BN1224_H12_DC_00060, BN1224_MUL2216_E_00600, BN1224_Panola_E_01450, BN1224_PB1_B_03220, BN1224_U1271_C_01630, BN1224_UZG1_A_03350, BN1224_Wien2_E_01080, BN1224_YK41_BG_00210, CWL029c_C_01630 Plasmid: pET28a / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.45 Å3/Da / Density % sol: 64.35 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 294.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.75 / Details: 100 mM HEPES pH 6.75, 5% w/v PEG 6000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9791 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 9, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.8→126.27 Å / Num. obs: 134510 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Num. unique obs: 13227 / CC1/2: 0.718 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MIRAS / Resolution: 2.8→126.27 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.24
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→126.27 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Chlamydia pneumoniae (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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