PDB-4llf: Crystal structure of Cucumber Necrosis Virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4llf

タイトル

Crystal structure of Cucumber Necrosis Virus

要素

Capsid protein

キーワード

VIRUS / Beta Barrel / Tombusvirus / Viral Beta barrel / Virus Capsid / Extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cucumber necrosis virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8891 Å

データ登録者

Smith, T.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Atomic structure of cucumber necrosis virus and the role of the capsid in vector transmission.
著者: Li, M. / Kakani, K. / Katpally, U. / Johnson, S. / Rochon, D. / Smith, T.J.

履歴

登録	2013年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4llf.cif.gz	846.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4llf.ent.gz	699 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4llf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4llf_validation.pdf.gz	597.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4llf_full_validation.pdf.gz	706.9 KB	表示
XML形式データ	4llf_validation.xml.gz	153.3 KB	表示
CIF形式データ	4llf_validation.cif.gz	207.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/4llf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/4llf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2tbvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2tbv-1 3zx8-1 1d3e-1 6mrl-1 6ab6-1 1opo-1 7dss-1 7bzt-1 6snw-1 2zah-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

D: Capsid protein

E: Capsid protein

F: Capsid protein

G: Capsid protein

H: Capsid protein

I: Capsid protein

J: Capsid protein

K: Capsid protein

L: Capsid protein

M: Capsid protein

N: Capsid protein

O: Capsid protein

P: Capsid protein

ヘテロ分子

615 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein

B: Capsid protein

D: Capsid protein

E: Capsid protein

F: Capsid protein

G: Capsid protein

H: Capsid protein

I: Capsid protein

J: Capsid protein

K: Capsid protein

L: Capsid protein

M: Capsid protein

N: Capsid protein

O: Capsid protein

P: Capsid protein

ヘテロ分子

x 12

complete point assembly
180-MERIC
7.38 MDa, 180 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
point asymmetric unit

3

登録構造と同一（異なる座標系）
point asymmetric unit, std point frame

4

A: Capsid protein

B: Capsid protein

D: Capsid protein

E: Capsid protein

F: Capsid protein

G: Capsid protein

H: Capsid protein

I: Capsid protein

J: Capsid protein

K: Capsid protein

L: Capsid protein

M: Capsid protein

N: Capsid protein

O: Capsid protein

P: Capsid protein

ヘテロ分子

crystal asymmetric unit, crystal frame
615 kDa, 15 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	384.000, 384.000, 384.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	G-401- ZN
2	1	M-401- ZN
3	1	G-503- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
1	2
2	2
3	2
4	2
5	2
1	3
2	3
3	3
4	3
5	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	Chain A
2	1	1	Chain E
3	1	1	chain H
4	1	1	chain K
5	1	1	chain N
1	1	2	Chain B
2	1	2	chain F
3	1	2	chain I
4	1	2	chain L
5	1	2	Chain O
1	1	3	chain D
2	1	3	chain G
3	1	3	chain J
4	1	3	chain M
5	1	3	chain P

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Capsid protein / Coat protein / p41 分子量: 40914.043 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cucumber necrosis virus (ウイルス) / 株: Nicotiana benthamiana / 参照: UniProt: P15183
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Virus concentration was adjusted to 10 mg/ml in 20 mM sodium acetate buffer at pH 5.0. The reservoir contained 0.16 M PIPES buffer and 3.2 M sodium formate, pH 6.0. Drop composed of 10 ...詳細: Virus concentration was adjusted to 10 mg/ml in 20 mM sodium acetate buffer at pH 5.0. The reservoir contained 0.16 M PIPES buffer and 3.2 M sodium formate, pH 6.0. Drop composed of 10 microliters reservoir and virus solutions., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Virus concentration was adjusted to 10 mg/ml in 20 mM sodium acetate buffer at pH 5.0. The reservoir contained 0.16 M PIPES buffer and 3.2 M sodium formate, pH 6.0. Drop composed of 10 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月15日
放射	モノクロメーター: Montel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.889→75.309 Å / Num. all: 140952 / Num. obs: 134159 / % possible obs: 64 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
SAINT		データ削減
SHELX		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2TBV

2tbv

解像度: 2.8891→75.309 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2418	6793	5.06 %	RANDOM
R_work	0.2127	-	-	-
all	0.2142	140952	-	-
obs	0.2142	134159	64.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8891→75.309 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34345	0	20	61	34426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	35350
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.491	48390
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.256	12395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	5590
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	6320

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	E	2212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.112
1	3	H	2212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.083
1	4	K	2212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	5	N	2212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
2	1	B	2226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	F	2226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.15
2	3	I	2226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.173
2	4	L	2226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.111
2	5	O	2226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.124
3	1	D	2462	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	G	2462	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.145
3	3	J	2462	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.119
3	4	M	2462	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.113
3	5	P	2462	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.142

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8891-2.9219	0.4917	96	0.4846	1876	X-RAY DIFFRACTION	28
2.9219-2.9563	0.4751	121	0.4547	2274	X-RAY DIFFRACTION	35
2.9563-2.9924	0.4579	118	0.4363	2455	X-RAY DIFFRACTION	37
2.9924-3.0302	0.4906	123	0.4311	2562	X-RAY DIFFRACTION	39
3.0302-3.0701	0.4223	138	0.4031	2547	X-RAY DIFFRACTION	39
3.0701-3.1122	0.4648	132	0.3894	2601	X-RAY DIFFRACTION	40
3.1122-3.1566	0.3987	137	0.3576	2698	X-RAY DIFFRACTION	41
3.1566-3.2037	0.3836	138	0.3602	2712	X-RAY DIFFRACTION	41
3.2037-3.2538	0.407	154	0.3361	2772	X-RAY DIFFRACTION	42
3.2538-3.3072	0.3837	171	0.3252	3057	X-RAY DIFFRACTION	47
3.3072-3.3642	0.3219	167	0.2951	3296	X-RAY DIFFRACTION	50
3.3642-3.4254	0.3166	186	0.2897	3550	X-RAY DIFFRACTION	54
3.4254-3.4912	0.3276	202	0.2661	3652	X-RAY DIFFRACTION	55
3.4912-3.5625	0.2992	229	0.2623	4000	X-RAY DIFFRACTION	61
3.5625-3.64	0.2477	208	0.245	4285	X-RAY DIFFRACTION	65
3.64-3.7246	0.2602	243	0.2296	4423	X-RAY DIFFRACTION	67
3.7246-3.8178	0.2744	249	0.2078	4664	X-RAY DIFFRACTION	71
3.8178-3.921	0.2377	257	0.212	4729	X-RAY DIFFRACTION	72
3.921-4.0364	0.2353	274	0.204	4978	X-RAY DIFFRACTION	76
4.0364-4.1666	0.244	287	0.1873	5146	X-RAY DIFFRACTION	78
4.1666-4.3155	0.2032	296	0.1646	5255	X-RAY DIFFRACTION	80
4.3155-4.4883	0.186	296	0.1445	5501	X-RAY DIFFRACTION	84
4.4883-4.6926	0.1784	299	0.1413	5589	X-RAY DIFFRACTION	85
4.6926-4.9399	0.1569	325	0.1373	5724	X-RAY DIFFRACTION	87
4.9399-5.2493	0.168	332	0.146	5787	X-RAY DIFFRACTION	88
5.2493-5.6545	0.176	337	0.1518	5951	X-RAY DIFFRACTION	90
5.6545-6.2233	0.1946	306	0.1644	6084	X-RAY DIFFRACTION	92
6.2233-7.1232	0.2022	339	0.1838	6242	X-RAY DIFFRACTION	94
7.1232-8.9722	0.189	307	0.1789	6489	X-RAY DIFFRACTION	96
8.9722-75.3342	0.1893	326	0.1824	6467	X-RAY DIFFRACTION	94

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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