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万見
- PDB-7e5z: Dehydrogenase holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e5z
タイトルDehydrogenase holoenzyme
要素
  • Formate dehydrogenase
  • Tungsten-containing formate dehydrogenase beta subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Formate dehydrogenase / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


formate metabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding ...formate metabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Formate dehydrogenase H, molybdopterin-binding domain / Formate dehydrogenase, alpha subunit / Formate dehydrogenase H, N-terminal / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 2. / Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site / Soluble ligand binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / SLBB domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain ...Formate dehydrogenase H, molybdopterin-binding domain / Formate dehydrogenase, alpha subunit / Formate dehydrogenase H, N-terminal / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 2. / Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site / Soluble ligand binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / SLBB domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Nuo51 FMN-binding domain / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Thioredoxin-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-MGD / IRON/SULFUR CLUSTER / : / Tungsten-containing formate dehydrogenase beta subunit / Tungsten-containing formate dehydrogenase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Roh, S.H. / Park, J.S. / Heo, Y.Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2015M3D3A1A01064919 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dehydrogenase holoenzyme
著者: Roh, S.H. / Park, J.S.
履歴
登録2021年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年2月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / struct
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation.title / _struct.title
改定 1.22025年9月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn_type.id
改定 1.12025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Experimental summary / Refinement description
Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate dehydrogenase
B: Tungsten-containing formate dehydrogenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,57012
ポリマ－170,6902
非ポリマー3,87910
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9330 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area53970 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Formate dehydrogenase


分子量: 108292.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: fdh1A, MexAM1_META1p5032
発現宿主: Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
参照: UniProt: C5ATT7, formate dehydrogenase
#2: タンパク質 Tungsten-containing formate dehydrogenase beta subunit


分子量: 62397.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: fdh1B, MexAM1_META1p5031
発現宿主: Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
参照: UniProt: C5ATT6, formate dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 10分子

#3: 化合物 ChemComp-W / TUNGSTEN ION


分子量: 183.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#4: 化合物 ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Formate dehydrogenase from Methylobacterium extorquens AM1 (MeFDH1)COMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Formate dehydrogenase alpha subunit from Methylobacterium extorquens AM1 (MeFDH1)COMPLEX#11RECOMBINANT
3Formate dehydrogenase beta subunit from Methylobacterium extorquens AM1 (MeFDH1)COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.16 MDaYES
210.1 MDaYES
310.07 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)272630
32Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)272630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)272630
32Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)272630
緩衝液pH: 6.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMsodium phosphateNa2HPO41
2100 mMsodium chlorideNacl1
32 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285 K
詳細: Blot time was for 4 seconds with 0 blot force before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 100000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2100 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Residual tilt: 350 mradians
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2683 / 詳細: Images were collected in movie-mode at
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
7ISOLDE1.0.1モデルフィッティングISODE was plugged in UCSF ChimeraX
8UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
10cryoSPARC2.15.0初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.15.0最終オイラー角割当
13cryoSPARC2.15.0３次元再構成
14PHENIX1.19.1モデル精密化
15Coot0.8.9.2モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1471548 / 詳細: Topaz picking facilitated particle picking
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 260910 / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: A initial model was from SWISS modeling using 6TGA as a template. Initial local fitting was done using Chimera and then ISOLDE plugged in ChimeraX for flexible fitting. The model was refined ...詳細: A initial model was from SWISS modeling using 6TGA as a template. Initial local fitting was done using Chimera and then ISOLDE plugged in ChimeraX for flexible fitting. The model was refined by using Phenix and Coot.
原子モデル構築PDB-ID: 6TGA

6tga


Accession code: 6TGA / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 90.64 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.032210494
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.849814303
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.17081573
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00431865
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.70356187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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