+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7boy | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mature bacteriorphage t7 tail nozzle protein gp12 | |||||||||
要素 | Tail tubular protein gp12 | |||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / phage / portal / mature / protein | |||||||||
機能・相同性 | virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / Tail tubular protein gp12 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage T7 (ファージ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, W.Y. / Xiao, H. | |||||||||
資金援助 | 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020 タイトル: Structural changes of a bacteriophage upon DNA packaging and maturation. 著者: Wenyuan Chen / Hao Xiao / Xurong Wang / Shuanglin Song / Zhen Han / Xiaowu Li / Fan Yang / Li Wang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7boy.cif.gz | 803.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7boy.ent.gz | 676.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7boy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7boy_validation.pdf.gz | 722.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7boy_full_validation.pdf.gz | 753.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7boy_validation.xml.gz | 115.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7boy_validation.cif.gz | 177.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7boy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7boy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89480.594 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T7 (ファージ) / 遺伝子: 12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03747 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mature bacteriorphage t7 tail nozzle protein gp12 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T7 (ファージ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 24 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55212 / 対称性のタイプ: POINT |