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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b5h | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the contractile injection system base plate from Anabaena PCC7120 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / contractile tail / injection system / macromolecular machine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nostoc sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Eisenstein, F. / Weiss, G.L. / Pilhofer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022 タイトル: Structure of a thylakoid-anchored contractile injection system in multicellular cyanobacteria. 著者: Gregor L Weiss / Fabian Eisenstein / Ann-Katrin Kieninger / Jingwei Xu / Hannah A Minas / Milena Gerber / Miki Feldmüller / Iris Maldener / Karl Forchhammer / Martin Pilhofer / 要旨: Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 ...Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 secretion systems (T6SSs) are attached to the cytoplasmic membrane and function upon cell-cell contact. Here, we characterized a CIS in the multicellular cyanobacterium Anabaena, with features distinct from extracellular CISs and T6SSs. Cryo-electron tomography of focused ion beam-milled cells revealed that CISs were anchored in thylakoid membrane stacks, facing the cell periphery. Single particle cryo-electron microscopy showed that this unique in situ localization was mediated by extensions of tail fibre and baseplate components. On stress, cyanobacteria induced the formation of ghost cells, presenting thylakoid-anchored CISs to the environment. Functional assays suggest that these CISs may mediate ghost cell formation and/or interactions of ghost cells with other organisms. Collectively, these data provide a framework for understanding the evolutionary re-engineering of CISs and potential roles of these CISs in cyanobacterial programmed cell death. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b5h.cif.gz | 7.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b5h.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7b5h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b5h_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7b5h_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7b5h_validation.xml.gz | 962.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b5h_validation.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/7b5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/7b5h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 10種, 93分子 AAABACBABBBCCACBCCDADBDCEAEBECFAFBFCADBDCDDDEDFDAEAFAGBEBFBG...
#1: タンパク質 | 分子量: 166114.344 Da / 分子数: 18 / 断片: crown protein Cis19 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX8 #2: タンパク質 | 分子量: 154377.031 Da / 分子数: 6 / 断片: baseplate protein Cis12 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX7 #3: タンパク質 | 分子量: 18335.021 Da / 分子数: 18 / 断片: tail fibre protein Cis13 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX6 #4: タンパク質 | 分子量: 139003.422 Da / 分子数: 6 / 断片: baseplate protein Cis11 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX5 #5: タンパク質 | 分子量: 63636.625 Da / 分子数: 3 / 断片: spike protein Cis8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX2 #7: タンパク質 | 分子量: 16764.764 Da / 分子数: 6 / 断片: baseplate protein Cis9 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX4 #8: タンパク質 | 分子量: 27090.568 Da / 分子数: 6 / 断片: tube adapter protein Cis7 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX1 #9: タンパク質 | 分子量: 19204.932 Da / 分子数: 6 / 断片: tube adapter protein Cis5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRW9 #10: タンパク質 | 分子量: 16459.543 Da / 分子数: 6 / 断片: tube protein Cis1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRW8 #11: タンパク質 | 分子量: 53236.160 Da / 分子数: 18 / 断片: sheath protein Cis2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRW7 |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 3分子 ALCLEL
#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5226.893 Da / 分子数: 3 / 断片: spike plug protein Cis6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell culture 由来: (天然) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YRX0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Base plate and spike complex (C3) of the Anabaena PCC7120 contractile injection system タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 19000 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 228163 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36909 / 対称性のタイプ: POINT |