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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7asp | ||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus 70S after 50 minutes incubation at 37C | ||||||
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![]() | RIBOSOME / H68 / translation / protein synthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | ||||||
![]() | Cimicata, G. / Bashan, A. / Yonath, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Staphylococcus aureus 50S after 30 minutes incubation a 37C 著者: Cimicata, G. / Bashan, A. / Yonath, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 159 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 287.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 YX3
#1: RNA鎖 | 分子量: 946687.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: ...詳細: GAUUAAGUUAUUAAGGGCGCACGGUGGAUGCCUUGGCACUAGAAGCCGAUGAAGGACGUUACUAACGACGAUAUGCUUUGGGGAGCUGUAAGCUUUGAUCCAGAGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGCAUGAGUUAUGUCAUGUUAUCGAUAUGUGAAUACAUAGCAUAUCAGAAGGCACACCCGGAGAACUGAAACAUCUUAGUACCCGGAGGAAGAGAAAGAAAAUUCGAUUCCCUUAGUAGCGGCGAGCGAAACGGGAAGAGCCCAAACCAACAAGCUUGCUUGUUGGGGUUGUAGGACACUCUGUACGGAGUUACAAAGGACGACAUUAGACGAAUCAUCUGGAAAGAUGAAUCAAAGAAGGUAAUAAUCCUGUAGUCGAAAAUGUUGUCUCUCUUGAGUGGAUCCUGAGUACGACGGAGCACGUGAAAUUCCGUCGGAAUCUGGGAGGACCAUCUCCUAAGGCUAAAUACUCUCUAGUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGUGAAAUAGAACCUGAAACCGUGUGCUUACAAGUAGUCAGAGCCCGUUAAUGGGUGAUGGCGUGCCUUUUGUAGAAUGAACCGGCGAGUUACGAUUUGAUGCAAGGUUAAGCAGUAAAUGUGGAGCCGUAGCGAAAGCGAGUCUGAAUAGGGCGUUUAGUAUUUGGUCGUAGACCCGAAACCAGGUGAUCUACCCUUGGUCAGGUUGAAGUUCAGGUAACACUGAAUGGAGGACCGAACCGACUUACGUUGAAAAGUGAGCGGAUGAACUGAGGGUAGCGGAGAAAUUCCAAUCGAACCUGGAGAUAGCUGGUUCUCUCCGAAAUAGCUUUAGGGCUAGCCUCAAGUGAUGAUUAUUGGAGGUAGAGCACUGUUUGGACGAGGGGCCCCUCUCGGGUUACCGAAUUCAGACAAACUCCGAAUGCCAAUUAAUUUAACUUGGGAGUCAGAACAUGGGUGAUAAGGUCCGUGUUCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGCUAAGGUCCCAAAAUAUAUGUUAAGUGGAAAAGGAUGUGGCGUUGCCCAGACAACUAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUAGUCGAGUGACACUGCGCCGAAAAUGUACCGGGGCUAAACAUAUUACCGAAGCUGUGGAUUGUCCUUUGGACAAUGGUAGGAGAGCGUUCUAAGGGCGUUGAAGCAUGAUCGUAAGGACAUGUGGAGCGCUUAGAAGUGAGAAUGCCGGUGUGAGUAGCGAAAGACGGGUGAGAAUCCCGUCCACCGAUUGACUAAGGUUUCCAGAGGAAGGCUCGUCCGCUCUGGGUUAGUCGGGUCCUAAGCUGAGGCCGACAGGCGUAGGCGAUGGAUAACAGGUUGAUAUUCCUGUACCACCUAUAAUCGUUUUAAUCGAUGGGGGGACGCAGUAGGAUAGGCGAAGCGUGCGAUUGGAUUGCACGUCUAAGCAGUAAGGCUGAGUAUUAGGCAAAUCCGGUACUCGUUAAGGCUGAGCUGUGAUGGGGAGAAGACAUUGAGUCUUCGAGUCGUUGAUUUCACACUGCCGAGAAAAGCCUCUAGAUAGAAAAUAGGUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUAGUCAAGAUGAGAAUUCUAAGGUGAGCGAGCGAACUCUCGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGACCCCGGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCUUUAGGGUUAACGCCCAGAAGAGCCGCAGUGAAUAGGCCCAAGCGACUGUUUAUCAAAAACACAGGUCUCUGCUAAACCGUAAGGUGAUGUAUAGGGGCUGACGCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGAGGAGUGGUUAGCUUCUGCGAAGCUACGAAUCGAAGCCCCAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAAGGCGUAACGAUUUGGGCACUGUCUCAACGAGAGACUCGGUGAAAUCAUAGUACCUGUGAAGAUGCAGGUUACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGUAGCCUGAUAUUGAAAUUCGGCACAGCUUGUACAGGAUAGGUAGGAGCCUUUGAAACGUGAGCGCUAGCUUACGUGGAGGCGCUGGUGGGAUACUACCCUAGCUGUGUUGGCUUUCUAACCCGCACCACUUAUCGUGGUGGGAGACAGUGUCAAGCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAGGUAACGGAGGCGCUCAAAGGUUCCCUCAGAAUGGUUGGAAAUCAUUCAUAGAGUGUAAAGGCAUAAGGGAGCUUGACUGCGAGACCUACAAGUCGAGCAGGGUCGAAAGACGGACUUAGUGAUCCGGUGGUUCCGCAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGCUACCCCGGGGAUAACAGGCUUAUCUCCCCCAAGAGUUCACAUCGACGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCGCAUCCUGGGGCUGUAGUCGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGUACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCCGUCGUGGGCGUAGGAAAUUUGAGAGGAGCUGUCCUUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACAUACCUCUGGUGUACCAGUUGUCGUGCCAACGGCAUAGCUGGGUAGCUAUGUGUGGACGGGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCAUGAAGCCCCCCUCAAGAUGAGAUUUCCCAACUUCGGUUAUAAGAUCCCUCAAAGAUGAUGAGGUUAAUAGGUUCGAGGUGGAAGCAUGGUGACAUGUGGAGCUGACGAAUACUAAUCGAUCGAAGACUUAAUCAA 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 502019.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: ...詳細: UUUAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGCGAACGGACGAGAAGCUUGCUUCUCUGAUGUUAGCGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGGAUAACCUACCUAUAAGACUGGGAUAACUUCGGGAAACCGGAGCUAAUACCGGAUAAUAUUUUGAACCGCAUGGUUCAAAAGUGAAAGACGGUCUUGCUGUCACUUAUAGAUGGAUCCGCGCUGCAUUAGCUAGUUGGUAAGGUAACGGCUUACCAAGGCAACGAUACGUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAACGCCGCGUGAGUGAUGAAGGUCUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUAUUAGGGAAGAACAUAUGUGUAAGUAACUGUGCACAUCUUGACGGUACCUAAUCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUGGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGCGCGCGUAGGCGGUUUUUUAAGUCUGAUGUGAAAGCCCACGGCUCAACCGUGGAGGGUCAUUGGAAACUGGAAAACUUGAGUGCAGAAGAGGAAAGUGGAAUUCCAUGUGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAGAUAUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUUUCUGGUCUGUAACUGACGCUGAUGUGCGAAAGCGUGGGGAUCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAAGUGUUAGGGGGUUUCCGCCCCUUAGUGCUGCAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGACCGCAAGGUUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAAAUCUUGACAUCCUUUGACAACUCUAGAGAUAGAGCCUUCCCCUUCGGGGGACAAAGUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAAGCUUAGUUGCCAUCAUUAAGUUGGGCACUCUAAGUUGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGAUUUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGACAAUACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGUCAAGCAAAUCCCAUAAAGUUGUUCUCAGUUCGGAUUGUAGUCUGCAACUCGACUACAUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGUAGAUCAGCAUGCUACGGUGAAUACGUUCCCGGGUAUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCUAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 36692.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
+50S ribosomal protein ... , 25種, 26分子 A1B24CDEGHIJKLMNOPQRSTUVWF
-30S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 abcdefghijklmnopq
#8: タンパク質 | 分子量: 9243.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A6H0HKY4 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 12047.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A077UKD6 |
#10: タンパク質 | 分子量: 15189.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: W8U1C6 |
#12: タンパク質 | 分子量: 12843.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: W8U8U6 |
#15: タンパク質 | 分子量: 7186.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A077UGW7 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10503.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: W8U6H8 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9291.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A6K3WEJ9 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9366.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A077VLD5 |
#22: タンパク質 | 分子量: 6574.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A077UZF4 |
#23: タンパク質 | 分子量: 8480.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: W8UXC3 |
#25: タンパク質 | 分子量: 22684.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A077UU26 |
#28: タンパク質 | 分子量: 22849.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: W8TVK2 |
#29: タンパク質 | 分子量: 16522.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: W8TUC9 |
#31: タンパク質 | 分子量: 11239.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: W8TPC6 |
#33: タンパク質 | 分子量: 14622.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: W8U8T8 |
#35: タンパク質 | 分子量: 17695.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A077VHU6 |
#37: タンパク質 | 分子量: 14312.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1Q4GY48 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Z
#45: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5406.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A6K0ZQ16 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 70S / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3845: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 383752 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 192105 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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