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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7akv | |||||||||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of the Vag8-C1 inhibitor complex | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / complex bacterial protein human protein immune system inhibitor | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of complement activation, lectin pathway / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / outer membrane / blood circulation / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...negative regulation of complement activation, lectin pathway / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / outer membrane / blood circulation / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity / blood coagulation / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Bordetella pertussis (百日咳菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Johnson, S. / Lea, S.M. / Deme, J.C. / Furlong, E. / Dhillon, A. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2021 タイトル: Molecular Basis for Bordetella pertussis Interference with Complement, Coagulation, Fibrinolytic, and Contact Activation Systems: the Cryo-EM Structure of the Vag8-C1 Inhibitor Complex. 著者: Arun Dhillon / Justin C Deme / Emily Furlong / Dorina Roem / Ilse Jongerius / Steven Johnson / Susan M Lea / 要旨: Complement, contact activation, coagulation, and fibrinolysis are serum protein cascades that need strict regulation to maintain human health. Serum glycoprotein, a C1 inhibitor (C1-INH), is a key ...Complement, contact activation, coagulation, and fibrinolysis are serum protein cascades that need strict regulation to maintain human health. Serum glycoprotein, a C1 inhibitor (C1-INH), is a key regulator (inhibitor) of serine proteases of all the above-mentioned pathways. Recently, an autotransporter protein, virulence-associated gene 8 (Vag8), produced by the whooping cough pathogen, , was shown to bind to C1-INH and interfere with its function. Here, we present the structure of the Vag8-C1-INH complex determined using cryo-electron microscopy at a 3.6-Å resolution. The structure shows a unique mechanism of C1-INH inhibition not employed by other pathogens, where Vag8 sequesters the reactive center loop of C1-INH, preventing its interaction with the target proteases. The structure of a 10-kDa protein complex is one of the smallest to be determined using cryo-electron microscopy at high resolution. The structure reveals that C1-INH is sequestered in an inactivated state by burial of the reactive center loop in Vag8. By so doing, the bacterium is able to simultaneously perturb the many pathways regulated by C1-INH. Virulence mechanisms such as the one described here assume more importance given the emerging evidence about dysregulation of contact activation, coagulation, and fibrinolysis leading to COVID-19 pneumonia. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7akv.cif.gz | 159 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7akv.ent.gz | 120.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7akv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7akv_validation.pdf.gz | 975.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7akv_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7akv_validation.xml.gz | 50.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7akv_validation.cif.gz | 72.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7akv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7akv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45011.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPING1, C1IN, C1NH / 発現宿主: Drosophila albipalpis (ハエ) / 参照: UniProt: P05155 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 91262.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: vag-8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66044 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vag8:C1 inhibitor complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.1 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 17261358 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 687883 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 103.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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