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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zxa | ||||||||||||
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タイトル | LH2 complex from Marichromatium purpuratum | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / purple bacteria (紅色細菌) / light harvesting complex / Marichromatium purpuratum / okenone. | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gardiner, A.T. / Naydenova, K. / Castro-Hartmann, P. / Nguyen-Phan, T.C. / Russo, C.J. / Sader, K. / Hunter, C.N. / Cogdell, R.J. / Qian, P. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: The 2.4 Å cryo-EM structure of a heptameric light-harvesting 2 complex reveals two carotenoid energy transfer pathways. 著者: Alastair T Gardiner / Katerina Naydenova / Pablo Castro-Hartmann / Tu C Nguyen-Phan / Christopher J Russo / Kasim Sader / C Neil Hunter / Richard J Cogdell / Pu Qian / 要旨: We report the 2.4 Ångström resolution structure of the light-harvesting 2 (LH2) complex from () determined by cryogenic electron microscopy. The structure contains a heptameric ring that is ...We report the 2.4 Ångström resolution structure of the light-harvesting 2 (LH2) complex from () determined by cryogenic electron microscopy. The structure contains a heptameric ring that is unique among all known LH2 structures, explaining the unusual spectroscopic properties of this bacterial antenna complex. We identify two sets of distinct carotenoids in the structure and describe a network of energy transfer pathways from the carotenoids to bacteriochlorophyll molecules. The geometry imposed by the heptameric ring controls the resonant coupling of the long-wavelength energy absorption band. Together, these details reveal key aspects of the assembly and oligomeric form of purple bacterial LH2 complexes that were previously inaccessible by any technique. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zxa.cif.gz | 248 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zxa.ent.gz | 183.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zxa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/6zxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/6zxa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 11516MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10606 (タイトル: Movies of a heptameric light-harvesting 2 complex from the marine purple bacterium Mch. purpuratum Data size: 12.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of purple bacterial LH2 on HexAuFoil supports [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8015.369 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: W0E6A1 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5554.275 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: W0E5B0 #3: 化合物 | ChemComp-BCL / #4: 化合物 | ChemComp-QS2 / #5: 化合物 | ChemComp-QSE / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Light harvesting complex 2 (LH2) / タイプ: COMPLEX 詳細: The LH2 complex from Mar. purpuratum forms a circular heptameter. Each subunit consists of an alpha/beta pair, in which all pigment molecules, three Bchl a and two carotenoids are bound non-covalently. Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.11 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Marichromatium purpuratum (紅色硫黄細菌) / 株: BN5500 |
緩衝液 | pH: 8 詳細: The final buffer contains 0.02 % n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside (DDM) |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM/L / 名称: Tris.HCl |
試料 | 濃度: 5.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample was mono disperse with detergent beta-DDM. |
試料支持 | 詳細: Fischione 1070 / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blowing time, 10.0 sec. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最低温度: 80 K |
撮影 | 平均露光時間: 0.29 sec. / 電子線照射量: 43.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9543 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1330154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 414511 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 22.55 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Accession code: 1LGH / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 1LGH / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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