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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zqg | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-C | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / 90S pre-ribosome / 40S pre-ribosome / A1 cleavage / Dhr1 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / Noc4p-Nop14p complex / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / nuclear microtubule / regulation of rRNA processing / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity ...18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / Noc4p-Nop14p complex / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / nuclear microtubule / regulation of rRNA processing / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / single-stranded telomeric DNA binding / rRNA primary transcript binding / rRNA base methylation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / rRNA methylation / U3 snoRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / poly(A)+ mRNA export from nucleus / preribosome, small subunit precursor / snoRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / proteasome assembly / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / enzyme activator activity / RNA endonuclease activity / 90S preribosome / nuclear periphery / helicase activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational initiation / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / unfolded protein binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cell cycle / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / rRNA binding / ribosome / RNA helicase / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Cheng, J. / Lau, B. / Venuta, G.L. / Berninghausen, O. / Hurt, E. / Beckmann, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: 90 pre-ribosome transformation into the primordial 40 subunit. 著者: Jingdong Cheng / Benjamin Lau / Giuseppe La Venuta / Michael Ameismeier / Otto Berninghausen / Ed Hurt / Roland Beckmann / 要旨: Production of small ribosomal subunits initially requires the formation of a 90 precursor followed by an enigmatic process of restructuring into the primordial pre-40 subunit. We elucidate this ...Production of small ribosomal subunits initially requires the formation of a 90 precursor followed by an enigmatic process of restructuring into the primordial pre-40 subunit. We elucidate this process by biochemical and cryo-electron microscopy analysis of intermediates along this pathway in yeast. First, the remodeling RNA helicase Dhr1 engages the 90 pre-ribosome, followed by Utp24 endonuclease-driven RNA cleavage at site A, thereby separating the 5'-external transcribed spacer (ETS) from 18 ribosomal RNA. Next, the 5'-ETS and 90 assembly factors become dislodged, but this occurs sequentially, not en bloc. Eventually, the primordial pre-40 emerges, still retaining some 90 factors including Dhr1, now ready to unwind the final small nucleolar U3-18 RNA hybrid. Our data shed light on the elusive 90 to pre-40 transition and clarify the principles of assembly and remodeling of large ribonucleoproteins. | |||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 6zqg.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zqg.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6zqg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 6zqg_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zqg_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zqg_validation.xml.gz | 217.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zqg_validation.cif.gz | 365.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zqg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 13種, 14分子 UBUCUSUXCJCLCMJFJGJHJLJJDFJD
#1: タンパク質 | 分子量: 94463.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99207 | ||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 70364.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12136 | ||||||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 63707.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||||||
#4: タンパク質 | 分子量: 21650.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05498 | ||||||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53941 | ||||||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 135792.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08965 | ||||||||||
#8: タンパク質 | 分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08096 | ||||||||||
#9: タンパク質 | 分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 #10: タンパク質 | | 分子量: 55207.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38333 #11: タンパク質 | | 分子量: 36003.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P41819, 18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase #12: タンパク質 | | 分子量: 30380.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99216 #13: タンパク質 | | 分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26783 #34: タンパク質 | | 分子量: 145171.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04217, RNA helicase |
-U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 2種, 2分子 CKUN
#6: タンパク質 | 分子量: 67042.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47083 |
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#33: タンパク質 | 分子量: 103189.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04500 |
-40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 DQDSDTDcDADEDGDHDIDJDLDNDODZDWDXDYDb
#14: タンパク質 | 分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 16303.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX55 |
#16: タンパク質 | 分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07280 |
#17: タンパク質 | 分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7X9 |
#19: タンパク質 | 分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33442 |
#20: タンパク質 | 分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX35 |
#21: タンパク質 | 分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37 |
#22: タンパク質 | 分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786 |
#23: タンパク質 | 分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX39 |
#24: タンパク質 | 分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13516 |
#25: タンパク質 | 分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX47 |
#26: タンパク質 | 分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756 |
#27: タンパク質 | 分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06367 |
#28: タンパク質 | 分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E792 |
#29: タンパク質 | 分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W1 |
#30: タンパク質 | 分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29 |
#31: タンパク質 | 分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31 |
#32: タンパク質 | 分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997 |
-RNA鎖 , 3種, 3分子 D3D4D5
#18: RNA鎖 | 分子量: 566062.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
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#35: RNA鎖 | 分子量: 7459.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
#36: RNA鎖 | 分子量: 2710.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
-非ポリマー , 3種, 41分子
#37: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#38: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#39: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 90S pre-ribbosome state Dis-C / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#36 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 44 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102097 / 対称性のタイプ: POINT |