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万見
- PDB-6yt9: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subuni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yt9
タイトルAcinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit body
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 13
  • 16S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / antibiotic / tigecycline / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / : / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S11 / S4 RNA-binding domain / Ribosomal protein S11 / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nicholson, D. / Edwards, T.A. / O'Neill, A.J. / Ranson, N.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust203743/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure of the 70S Ribosome from the Human Pathogen Acinetobacter baumannii in Complex with Clinically Relevant Antibiotics.
著者: David Nicholson / Thomas A Edwards / Alex J O'Neill / Neil A Ranson /
要旨: Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and ...Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and tigecycline are among the limited arsenal of drugs available for treatment of such infections. We present high-resolution structures of the 70S ribosome from A. baumannii in complex with these antibiotics, as determined by cryoelectron microscopy. Comparison with the ribosomes of other bacteria reveals several unique structural features at functionally important sites, including around the exit of the polypeptide tunnel and the periphery of the subunit interface. The structures also reveal the mode and site of interaction of these drugs with the ribosome. This work paves the way for the design of new inhibitors of translation to address infections caused by MDR A. baumannii.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10914
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 16S ribosomal RNA
4: 16S ribosomal RNA
c: 30S ribosomal protein S2
e: 30S ribosomal protein S4
f: 30S ribosomal protein S5
g: 30S ribosomal protein S6
i: 30S ribosomal protein S8
l: 30S ribosomal protein S11
m: 30S ribosomal protein S12
p: 30S ribosomal protein S15
q: 30S ribosomal protein S16
r: 30S ribosomal protein S17
s: 30S ribosomal protein S18
u: 30S ribosomal protein S20
v: 30S ribosomal protein S21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,182,49271
ポリマ－1,181,13115
非ポリマー1,36156
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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30S ribosomal protein ... , 13種, 13分子 cefgilmpqrsuv

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 27680.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modelled without side chains / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0CC74
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23311.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: residues 23-30 and 43-51 modelled without side chains
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0CD21
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17181.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0CD14
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 14986.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0C5Z0
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14250.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0CD11
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13558.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0CD20
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13797.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0C9P6
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10145.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0CAU9
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9215.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0CCR5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9543.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0CD06
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9009.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0C5Y9
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9723.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0C7N1
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8474.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 2-36 modelled without side chains / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: D0C5Q3

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 58分子 24

#15: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 500126.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: GenBank: 692328596

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit body
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影平均露光時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Gctf1.18CTF補正
7UCSF ChimeraX-0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.17.1-3660モデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 231159
詳細: Multi-body refinement was carried out in RELION 3.0 to obtain the final '30S subunit body' reconstruction. The mask used for this procedure is deposited with this entry.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
15MDZ

5mdz

5MDZ1
25AFI

5afi

w5AFI2
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 11.33 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.009736036
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.793853896
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04856919
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00552986
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.937714100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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