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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ypu | |||||||||
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タイトル | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / antibiotic / amikacin / translation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Nicholson, D. / Edwards, T.A. / O'Neill, A.J. / Ranson, N.A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Structure of the 70S Ribosome from the Human Pathogen Acinetobacter baumannii in Complex with Clinically Relevant Antibiotics. 著者: David Nicholson / Thomas A Edwards / Alex J O'Neill / Neil A Ranson / 要旨: Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and ...Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and tigecycline are among the limited arsenal of drugs available for treatment of such infections. We present high-resolution structures of the 70S ribosome from A. baumannii in complex with these antibiotics, as determined by cryoelectron microscopy. Comparison with the ribosomes of other bacteria reveals several unique structural features at functionally important sites, including around the exit of the polypeptide tunnel and the periphery of the subunit interface. The structures also reveal the mode and site of interaction of these drugs with the ribosome. This work paves the way for the design of new inhibitors of translation to address infections caused by MDR A. baumannii. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ypu.cif.gz | 815.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ypu.ent.gz | 586.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ypu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ypu_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ypu_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ypu_validation.xml.gz | 73.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ypu_validation.cif.gz | 121.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6ypu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6ypu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 10869MC 6yhsC 6ys5C 6ysiC 6yt9C 6ytfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10406 (タイトル: Motion-corrected micrographs and extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with amikacin Data size: 177.7 Data #1: Motion-corrected micrographs of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with amikacin [micrographs - single frame] Data #2: Extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with amikacin [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 2分子 24
#1: RNA鎖 | 分子量: 500126.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: GenBank: 692328596 |
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-30S ribosomal protein ... , 13種, 13分子 cefgilmpqrsuv
#2: タンパク質 | 分子量: 27680.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modelled without side chains 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0CC74 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 23311.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: residues 23-30 and 43-51 modelled without side chains 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0CD21 |
#4: タンパク質 | 分子量: 17181.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0CD14 |
#5: タンパク質 | 分子量: 14986.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0C5Z0 |
#6: タンパク質 | 分子量: 14250.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0CD11 |
#7: タンパク質 | 分子量: 13558.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0CD20 |
#8: タンパク質 | 分子量: 13797.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0C9P6 |
#9: タンパク質 | 分子量: 10145.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0CAU9 |
#10: タンパク質 | 分子量: 9215.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0CCR5 |
#11: タンパク質 | 分子量: 9543.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0CD06 |
#12: タンパク質 | 分子量: 9009.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0C5Y9 |
#13: タンパク質 | 分子量: 9723.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0C7N1 |
#14: タンパク質 | 分子量: 8474.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 2-36 modelled without side chains 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 参照: UniProt: D0C5Q3 |
-非ポリマー , 2種, 60分子
#15: 化合物 | ChemComp-MG / #16: 化合物 | ChemComp-AKN / ( | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51958 詳細: Multi-body refinement was carried out in RELION 3.0 to obtain the final '30S subunit body' reconstruction. The mask used for this procedure is deposited with this entry. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 6.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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