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万見
- PDB-6wj2: CryoEM structure of the SLC38A9-RagA-RagC-Ragulator complex in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wj2
タイトルCryoEM structure of the SLC38A9-RagA-RagC-Ragulator complex in the pre-GAP state
要素
  • (Ragulator complex protein ...) x 5
  • (Ras-related GTP-binding protein ...) x 2
  • Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9
キーワードSIGNALING PROTEIN / small GTPase / mTORC1 activation / amino acid signaling / lysosome
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / L-arginine transmembrane transporter activity / regulation of cholesterol import / L-arginine transmembrane transport / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux ...asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / L-arginine transmembrane transporter activity / regulation of cholesterol import / L-arginine transmembrane transport / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / L-glutamine transmembrane transporter activity / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / glutamine transport / protein localization to cell junction / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / regulation of TORC1 signaling / L-amino acid transmembrane transporter activity / protein localization to lysosome / regulation of TOR signaling / fibroblast migration / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / lysosome localization / endosome organization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TORC1 signaling / amino acid transmembrane transporter activity / kinase activator activity / arginine binding / protein localization to membrane / azurophil granule membrane / endosomal transport / lysosome organization / cholesterol binding / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / regulation of cell size / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / regulation of receptor recycling / positive regulation of TOR signaling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / enzyme-substrate adaptor activity / response to amino acid / cellular response to nutrient levels / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of autophagy / RNA splicing / cellular response to amino acid starvation / viral genome replication / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cholesterol homeostasis / cellular response to starvation / Regulation of PTEN gene transcription / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / cellular response to amino acid stimulus / regulation of cell growth / MAP2K and MAPK activation / response to virus / positive regulation of protein localization to nucleus / GDP binding / late endosome membrane / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / late endosome / intracellular protein localization / glucose homeostasis / GTPase binding / molecular adaptor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endosome membrane / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / membrane raft / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA-templated transcription / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Amino acid transporter, transmembrane domain / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Transmembrane amino acid transporter protein / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting ...LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Amino acid transporter, transmembrane domain / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Transmembrane amino acid transporter protein / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Gtr1/RagA G protein / RagC/D / Gtr1/RagA G protein conserved region / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-L8S / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ras-related GTP-binding protein A / Neutral amino acid transporter 9 / Ras-related GTP-binding protein C / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fromm, S.A. / Hurley, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM111730 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Structural mechanism for amino acid-dependent Rag GTPase nucleotide state switching by SLC38A9.
著者: Simon A Fromm / Rosalie E Lawrence / James H Hurley /
要旨: The Rag GTPases (Rags) recruit mTORC1 to the lysosomal membrane in response to nutrients, where it is then activated in response to energy and growth factor availability. The lysosomal folliculin ...The Rag GTPases (Rags) recruit mTORC1 to the lysosomal membrane in response to nutrients, where it is then activated in response to energy and growth factor availability. The lysosomal folliculin (FLCN) complex (LFC) consists of the inactive Rag dimer, the pentameric scaffold Ragulator, and the FLCN:FNIP2 (FLCN-interacting protein 2) GTPase activating protein (GAP) complex, and prevents Rag dimer activation during amino acid starvation. How the LFC is disassembled upon amino acid refeeding is an outstanding question. Here we show that the cytoplasmic tail of the human lysosomal solute carrier family 38 member 9 (SLC38A9) destabilizes the LFC and thereby triggers GAP activity of FLCN:FNIP2 toward RagC. We present the cryo-EM structures of Rags in complex with their lysosomal anchor complex Ragulator and the cytoplasmic tail of SLC38A9 in the pre- and post-GTP hydrolysis state of RagC, which explain how SLC38A9 destabilizes the LFC and so promotes Rag dimer activation.
履歴
登録2020年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21686
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ragulator complex protein LAMTOR1
B: Ragulator complex protein LAMTOR2
C: Ragulator complex protein LAMTOR3
D: Ragulator complex protein LAMTOR4
E: Ragulator complex protein LAMTOR5
F: Ras-related GTP-binding protein A
G: Ras-related GTP-binding protein C
H: Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,27911
ポリマ－172,2718
非ポリマー1,0083
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21100 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area55810 Å2

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要素

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Ragulator complex protein ... , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / Protein associated with DRMs and endosomes / p27Kip1-releasing factor from RhoA / p27RF-Rho


分子量: 18325.350 Da / 分子数: 1 / 変異: G2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6IAA8
#2: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR2 / Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late ...Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 2 / Mitogen-activated protein-binding protein-interacting protein / MAPBP-interacting protein / Roadblock domain-containing protein 3


分子量: 13645.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y2Q5
#3: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR3 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1 / Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1


分子量: 13637.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UHA4
#4: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 10753.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q0VGL1
#5: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR5 / Hepatitis B virus x interacting protein


分子量: 18178.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, hCG_40252
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0C4DGV4

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Ras-related GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 FG

#6: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein A / RagA / Adenovirus E3 14.7 kDa-interacting protein 1 / FIP-1


分子量: 39362.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7L523
#7: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein C / RagC / GTPase-interacting protein 2 / TIB929


分子量: 44758.336 Da / 分子数: 1 / 変異: D181N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9HB90

-
タンパク質 , 1種, 1分子 H

#8: タンパク質 Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9 / Solute carrier family 38 member 9 / Up-regulated in lung cancer 11


分子量: 13610.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC38A9, URLC11 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NBW4

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非ポリマー , 3種, 3分子

#9: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物 ChemComp-L8S / 9-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(thiophosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-alpha-L-arabinofuranosyl}-3,9-dihydro-1H-purine-2,6-dione


分子量: 540.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N4O14P3S
#11: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of pentameric Ragulator, dimeric Rag GTPases and SLC38A9COMPLEXRagA bound to GDP, RagC bound to XTPgammaS#1-#80MULTIPLE SOURCES
2pentameric RagulatorCOMPLEX#1-#51RECOMBINANT
3dimeric Rag GTPasesCOMPLEX#6-#71RECOMBINANT
4SLC38A9COMPLEX#81RECOMBINANT
分子量値: 0.17 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
34Homo sapiens (ヒト)9606HEK293
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.1 sec. / 電子線照射量: 59 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3736: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1.13CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1419155
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129553 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 6NZD / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 6NZD

6nzd

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1A
2B
3C
4D
5E
6F
7G
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029064
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.43712303
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.7791247
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041447
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031568

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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