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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wj2 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the SLC38A9-RagA-RagC-Ragulator complex in the pre-GAP state | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / small GTPase / mTORC1 activation / amino acid signaling / lysosome | ||||||
機能・相同性 | ![]() asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / L-arginine transmembrane transporter activity / L-arginine transmembrane transport / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux ...asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / L-arginine transmembrane transporter activity / L-arginine transmembrane transport / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / L-amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / protein localization to cell junction / regulation of TORC1 signaling / protein localization to lysosome / amino acid transmembrane transporter activity / TORC1 signaling / regulation of TOR signaling / endosome organization / fibroblast migration / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / lysosome localization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein localization to membrane / kinase activator activity / enzyme-substrate adaptor activity / arginine binding / endosomal transport / azurophil granule membrane / regulation of cell size / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / cholesterol binding / lysosome organization / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / regulation of receptor recycling / positive regulation of TOR signaling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / response to amino acid / cellular response to nutrient levels / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of TORC1 signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RAC1 GTPase cycle / cellular response to starvation / cellular response to amino acid starvation / negative regulation of autophagy / viral genome replication / RNA splicing / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of PTEN gene transcription / cholesterol homeostasis / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of cell growth / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / cellular response to amino acid stimulus / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / MAP2K and MAPK activation / response to virus / positive regulation of protein localization to nucleus / GDP binding / protein localization / late endosome / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / GTPase binding / late endosome membrane / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / lysosome / endosome membrane / intracellular signal transduction / protein heterodimerization activity / membrane raft / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / GTPase activity / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Fromm, S.A. / Hurley, J.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mechanism for amino acid-dependent Rag GTPase nucleotide state switching by SLC38A9. 著者: Simon A Fromm / Rosalie E Lawrence / James H Hurley / ![]() 要旨: The Rag GTPases (Rags) recruit mTORC1 to the lysosomal membrane in response to nutrients, where it is then activated in response to energy and growth factor availability. The lysosomal folliculin ...The Rag GTPases (Rags) recruit mTORC1 to the lysosomal membrane in response to nutrients, where it is then activated in response to energy and growth factor availability. The lysosomal folliculin (FLCN) complex (LFC) consists of the inactive Rag dimer, the pentameric scaffold Ragulator, and the FLCN:FNIP2 (FLCN-interacting protein 2) GTPase activating protein (GAP) complex, and prevents Rag dimer activation during amino acid starvation. How the LFC is disassembled upon amino acid refeeding is an outstanding question. Here we show that the cytoplasmic tail of the human lysosomal solute carrier family 38 member 9 (SLC38A9) destabilizes the LFC and thereby triggers GAP activity of FLCN:FNIP2 toward RagC. We present the cryo-EM structures of Rags in complex with their lysosomal anchor complex Ragulator and the cytoplasmic tail of SLC38A9 in the pre- and post-GTP hydrolysis state of RagC, which explain how SLC38A9 destabilizes the LFC and so promotes Rag dimer activation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 225.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Ragulator complex protein ... , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 18325.350 Da / 分子数: 1 / 変異: G2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6IAA8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13645.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y2Q5 |
#3: タンパク質 | 分子量: 13637.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UHA4 |
#4: タンパク質 | 分子量: 10753.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q0VGL1 |
#5: タンパク質 | 分子量: 18178.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0C4DGV4 |
-Ras-related GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 FG
#6: タンパク質 | 分子量: 39362.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7L523 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 44758.336 Da / 分子数: 1 / 変異: D181N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HB90 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 H
#8: タンパク質 | 分子量: 13610.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/L8S.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/L8S.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-GDP / |
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#10: 化合物 | ChemComp-L8S / |
#11: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.17 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.1 sec. / 電子線照射量: 59 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3736: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1419155 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129553 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Accession code: 6NZD / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 6NZD / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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拘束条件 |
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